影片《達·芬奇密碼》根據美國作家丹·布朗的同名懸疑小說改編。哈佛大學的符號學專家羅伯特·蘭登(湯姆·漢克斯 飾)在法國巴黎出差期間的一個午夜接到一個緊急電話，得知盧浮宮博物館年邁的館長被人殺害在盧浮宮的博物館裡，人們在他的屍體旁邊發現了一個難以捉摸的密碼。

蘭登與法國一位頗有天分的密碼破譯專家索菲·奈芙(奧黛麗·塔圖 飾)，在對一大堆怪異的密碼進行整理的過程當中，居然發現一連串的線索就隱藏在達·芬奇的藝術作品當中。

這些線索，大家都清楚可見，然而卻被畫家巧妙地隱藏起來。

蘭登無意中非常震驚地發現，已故的博物館館長（也就是奈芙的祖父）竟然是峋山隱修會（Priory of Sion）的重要成員。峋山隱修會是一個真實存在的秘密組織，其成員包括牛頓、維克多·雨果與達·芬奇等多位歷史名人。

蘭登的直覺告訴他，他和奈芙是在找尋一個石破天驚的歷史秘密……