直接用環狀的質粒跑電泳是很難判斷其分子量的

一般來說要先找到上面的一個相應的酶切位點（這個酶在這個質粒上只有一個識別域）.把質粒完全切開後再跑瓊脂糖凝膠電泳,配合適當的marker就可以比較準確的判斷質粒的分子量.

透過凝膠成像系統拍攝圖片，注意調整對比度。如果是寫報告的話，可以標記出Marker各條帶的分子量以及亮度，詳見說明書；然後說明擴增片段與目的片段大小相同，均為XX；如果影象上有雜帶可以分析一下，比如可能是引物二聚體之類的情況，以便下次實驗可以酌量調整退火溫度或者各成分的用量。

1。有具體化學式表示其組成的分子，可直接由各原子的相對原子質量相加得到相對分子量；2。結構未知但為純淨物的大分子，分為脂類、多糖、核酸及蛋白質四大類。 脂類：利用皂化反應，單位質量的脂類皂化價越小，說明脂類分子分子量越大。

多糖：可使用凝膠排阻色譜技術進行分析，相同上樣條件下，流出時間越長，則分子量越小。 核酸：使用SDS-PAGE或瓊脂糖凝膠電泳進行分離和比較，一定時間內泳動距離越長，分子量越小。 蛋白質：使用SDS-PAGE進行比較，結果分析與核酸相同。

一般是參考對照分子量marker，可以直接肉眼估計，也可以採用凝膠掃描器自帶的分析軟體。