基礎醫學（Basic Science of Medicine）是以現代自然科學理論為基礎，應用生物學及其他自然科學方法解決醫學問題的一系列醫學分支學科的總稱。基礎醫學的內容很多，包括細胞學、解剖學、生理學、生物化學、藥理學、病理生理學等門類等。臨床醫學是研究疾病的病因、診斷、治療和預後，提高臨床治療水平，促進人體健康的科學。臨床”即“親臨病床”之意，它根據病人的臨床表現，從整體出發結合研究疾病的病因、發病機理和病理過程，進而確定診斷，透過預防和治療以最大程度上減弱疾病、減輕病人痛苦、恢復病人健康、保護勞動力。臨床醫學是直接面對疾病、病人，對病人直接實施治療的科學。基礎醫學是對醫學基礎學科的研究，日後一般是在科研機構或者大學研究所中任教或者從事研究，而臨床醫學是屬於應用型學科，日後一般是在醫療機構中負責疾病診療、科研和教學等任務。

醫學考研基礎研究生更側重於科研能力的培養，研究生三年時間大部分都在實驗室從事科學研究，而臨床研究生更注重的是臨床工作能力的培養，三年時間大部分都在醫院從事臨床工作。相對而言，基礎研究生更容易出論文，有大把的時間來搞科研，而臨床研究生還必須參加國家規範化培訓，大部分時間都在醫院規培轉科，臨床的知識掌握更紮實一些。