1、程式設計難度增加。三軸加工中心在加工時，刀軸方向是不會改變的，運動方式也有限，程式設計相對簡單。五軸加工，由於刀具和工件的相互位置在加工過程中隨時調整，刀軸方向不斷改變，要注意干涉。

2、現在一般都用專門的程式設計軟體進行輔助程式設計，我這裡以UG為例。相對三軸，五軸加工程式設計很重要的兩點：驅動方法和刀軸，這兩項的設定很重要。另外，為完整切削要加工的面，避免過切或切削不完整，“指定部件”和“指定檢查”也很重要。

3、後處理，五軸比三軸複雜，要考慮的引數更多。

　　ug,mastercam,POWERMILL，WORKNC，GibbsCAM， 全部可以，不過以ug的使用者多，並且是在模具行業多，要求用兩年三軸經驗才可以學習，如果你是從事零件加工一般用mastercam就比較方便，而且不需要太長時間經驗，不管用哪個軟體還要會更改後處理，因為不象三軸一次做好與機床相適應的後處理就可以，而五軸是要經常更改後處理，另外，3加2的五軸和五軸聯動加工中心在程式設計上是有所不同的！

5軸比3軸多了2個旋轉軸（AB.AC或BC)ABC是對應於XYZ的旋轉軸。用軟體程式設計需要特定的後處理器。5軸後處理器可以處理3軸的程式,3軸的後處理器不能處理5軸的程式。