轉基因棉花優勢明顯，轉基因棉花產量的確比非轉基因棉花高，這一點是毋庸置疑的。

轉基因棉花能抗蟲害，中國傳統棉花遭遇多次大面積的棉鈴蟲害（印度很少出現這種蟲害），長期用藥讓這次害蟲早已產生了抗藥性，到了用農藥已經無法解決的局面。

轉基因棉花的弊端：轉基因棉花不是完全不用防治蟲害，在同樣條件下抗蟲棉一般較非抗蟲棉蕾鈴危害可減輕80%左右，防治指標較非抗蟲棉高，一般情況不需防治。但在棉鈴蟲大爆發情況下，棉鈴蟲數量遠遠超過抗蟲棉防治指標時，也需採取輔助防治措施。另外，其只抗棉鈴蟲，不抗蚜蟲、棉葉蟎等類害蟲，當棉田發生其它蟲害時要及時防治。還需注意Bt抗蟲棉也禁止使用Bt農藥，防止棉鈴蟲產生抗性。

到目前為止看來，轉基因棉花比非轉基因棉花優勢太大，中國現在還剩下的4%左右的非轉基因棉花，也必將被徹底淘汰。

其他轉基因作物或轉基因食品相對於同品種的非轉基因品種都更安全一些，沒有發現你所謂的危害。