BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白質資料庫或DNA資料庫中進行相似性比較的分析工具。BLAST程式能迅速與公開資料庫進行相似性序列比較。BLAST結果中的得分是對一種對相似性的統計說明。
NCBI中Blast種類簡介
1． Blast Assembled Genomes
在一個選擇的物種基因組序列中去搜索。
2．Basic Blast
2.1 nucleotide blast--- 用核酸序列到核酸資料庫中進行搜尋，包括3個程式
2.1.1 Blastn----核酸序列（n）到核酸序列資料庫中搜索，是一種標準的搜尋。
2.1.2 megablast----該程式使用“模糊演算法”加快了比較速度,可以用於快速比較兩大系列序列。 可以用來搜尋一匹ESTs序列和大的cDNA或基因組序列, 適用於由於測序或者其他原因形成的輕微的差別的序列之間的比較
2.1.3 discontiguous megablast----與megablast不同的是主要用來比較來自不同物種之間的相似性較低的分歧序列。
2.2 Protein Blast
2.2.1 Blastp ---蛋白質序列到蛋白質序列資料庫中搜索，是一種標準的搜尋。
2.2.2 psi-blast---位點特異迭代BLAST — 用蛋白查詢來搜尋蛋白資料庫的一個程式。所有被BLAST發現的統計有效的對齊被總和起來形成一個多次對齊，從這個對齊，一個位置特異的分值矩陣建立起來。這個矩陣被用來搜尋資料庫，以找到額外的顯著對齊，這個過程可能被反覆迭代一直到沒有新的對齊可以被發現。
2.2.3 PHI-BLAST---以常規的表達模型為特別位置進行PSI - BLAST檢索,找出和待查詢序列具有一樣的表達模型且具有同源性的蛋白質序列。
2.3 Translating BLAST
2.3.1 blastx----先將待查詢的核酸序列按6 種讀框翻譯成蛋白質序列,然後將翻譯出的蛋白質序列與NCBI 蛋白質序列資料庫比較。
2.3.2 tblastn-----先將核酸序列資料庫中的核酸序列按6 種讀框翻譯成蛋白質序列,然後將待查詢的蛋白質序列與翻譯結果進行比較。
2.3.3 tblastx----先將待查詢的
核酸序列和核酸序列資料庫中的核酸序列按6 種讀框翻譯成蛋白質序列,然後再將兩種翻譯結果在蛋白質水平上進行比較
3．Specialized Blast Specialized BLAST pages 可以對特殊生物或特殊研究領域的序列資料庫進行檢索。
BLAST 採用一種區域性的演算法獲得兩個序列中具有相似性的序列。如果您想進一步瞭解BLAST演算法，您可以參考NCBI的BLAST Course ，該頁有BLAST演算法的介紹。
GCG及EMBOSS等軟體包中包含有五種BLAST：
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對一的序列比對。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白庫中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會被翻譯成可能的六條蛋白），再對每一條作一對一的蛋白序列比對。
3、BLASTN是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對一地核酸序列比對。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸庫中的一種查詢。與BLASTX相反，它是將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。此種查詢將庫中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會產生6條可能的蛋白序列），這樣每次比對會產生36種比對陣列。
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白質資料庫或DNA資料庫中進行相似性比較的分析工具。BLAST程式能迅速與公開資料庫進行相似性序列比較。BLAST結果中的得分是對一種對相似性的統計說明。
NCBI中Blast種類簡介
1． Blast Assembled Genomes
在一個選擇的物種基因組序列中去搜索。
2．Basic Blast
2.1 nucleotide blast--- 用核酸序列到核酸資料庫中進行搜尋，包括3個程式
2.1.1 Blastn----核酸序列（n）到核酸序列資料庫中搜索，是一種標準的搜尋。
2.1.2 megablast----該程式使用“模糊演算法”加快了比較速度,可以用於快速比較兩大系列序列。 可以用來搜尋一匹ESTs序列和大的cDNA或基因組序列, 適用於由於測序或者其他原因形成的輕微的差別的序列之間的比較
2.1.3 discontiguous megablast----與megablast不同的是主要用來比較來自不同物種之間的相似性較低的分歧序列。
2.2 Protein Blast
2.2.1 Blastp ---蛋白質序列到蛋白質序列資料庫中搜索，是一種標準的搜尋。
2.2.2 psi-blast---位點特異迭代BLAST — 用蛋白查詢來搜尋蛋白資料庫的一個程式。所有被BLAST發現的統計有效的對齊被總和起來形成一個多次對齊，從這個對齊，一個位置特異的分值矩陣建立起來。這個矩陣被用來搜尋資料庫，以找到額外的顯著對齊，這個過程可能被反覆迭代一直到沒有新的對齊可以被發現。
2.2.3 PHI-BLAST---以常規的表達模型為特別位置進行PSI - BLAST檢索,找出和待查詢序列具有一樣的表達模型且具有同源性的蛋白質序列。
2.3 Translating BLAST
2.3.1 blastx----先將待查詢的核酸序列按6 種讀框翻譯成蛋白質序列,然後將翻譯出的蛋白質序列與NCBI 蛋白質序列資料庫比較。
2.3.2 tblastn-----先將核酸序列資料庫中的核酸序列按6 種讀框翻譯成蛋白質序列,然後將待查詢的蛋白質序列與翻譯結果進行比較。
2.3.3 tblastx----先將待查詢的
核酸序列和核酸序列資料庫中的核酸序列按6 種讀框翻譯成蛋白質序列,然後再將兩種翻譯結果在蛋白質水平上進行比較
3．Specialized Blast Specialized BLAST pages 可以對特殊生物或特殊研究領域的序列資料庫進行檢索。
BLAST 採用一種區域性的演算法獲得兩個序列中具有相似性的序列。如果您想進一步瞭解BLAST演算法，您可以參考NCBI的BLAST Course ，該頁有BLAST演算法的介紹。
GCG及EMBOSS等軟體包中包含有五種BLAST：
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對一的序列比對。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白庫中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會被翻譯成可能的六條蛋白），再對每一條作一對一的蛋白序列比對。
3、BLASTN是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對一地核酸序列比對。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸庫中的一種查詢。與BLASTX相反，它是將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。此種查詢將庫中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會產生6條可能的蛋白序列），這樣每次比對會產生36種比對陣列。