會的。C1D駕照扣分不是分開扣，駕駛機車違章扣的是整個駕照的分。第六十五條 道路交通安全違法行為累積記分週期（即記分週期）為12個月，滿分為12分，從機動車駕駛證初次領取之日起計算。依據道路交通安全違法行為的嚴重程度，一次記分的分值為：12分、6分、3分、2分、1分五種（附件4）。第六十六條 對機動車駕駛人的道路交通安全違法行為，處罰與記分同時執行。機動車駕駛人一次有兩個以上違法行為記分的，應當分別計算，累加分值。第六十九條 機動車駕駛人在一個記分週期內記分未達到12分，所處罰款已經繳納的，記分予以清除；記分雖未達到12分，但尚有罰款未繳納的，記分轉入下一記分週期。第二十三條　公安機關交通管理部門對機動車駕駛人的道路交通安全違法行為除給予行政處罰外，實行道路交通安全違法行為累積記分（以下簡稱記分）制度，記分週期為12個月。對在一個記分週期內記分達到12分的，由公安機關交通管理部門扣留其機動車駕駛證，該機動車駕駛人應當按照規定參加道路交通安全法律、法規的學習並接受考試。考試合格的，記分予以清除，發還機動車駕駛證；考試不合格的，繼續參加學習和考試。應當給予記分的道路交通安全違法行為及其分值，由國務院公安部門根據道路交通安全違法行為的危害程度規定。公安機關交通管理部門應當提供記分查詢方式供機動車駕駛人查詢。第二十五條　機動車駕駛人記分達到12分，拒不參加公安機關交通管理部門通知的學習，也不接受考試的，由公安機關交通管理部門公告其機動車駕駛證停止使用。第二十六條　機動車駕駛人在機動車駕駛證的6年有效期內，每個記分週期均未達到12分的，換髮10年有效期的機動車駕駛證；在機動車駕駛證的10年有效期內，每個記分週期均未達到12分的，換髮長期有效的機動車駕駛證。換髮機動車駕駛證時，公安機關交通管理部門應當對機動車駕駛證進行審驗。