用元素符號和短線表示化合物(或單質)分子中原子的排列和結合方式的式子.

如甲烷的分子結構式可以表示為：

H H

╲ ╱

C

╱ ╲

H H

結構式用—、＝、≡分別表示1、2、3對共用電子；用→表示1對配位電子，箭頭符號左方是提供孤對電子的一方，右方是具有空軌道、接受電子的一方。

結構式可以在一定程度上反映真正的分子結構和性質，但不能表示空間構型，如甲烷分子是正四面體，而結構式所示的碳原子和四個氫原子卻都在同一平面上。

確定一個化合物的結構是一件相當艱鉅而有意義的工作．測定有機化合物的方法有化學方法和物理方法．化學方法是把分子打成“碎片”，然後再從它們的結構去推測原來分子是如何由“碎片”拼湊起來的．這是人類用宏觀的手段以窺測微觀的分子世界．50年代前只用化學方法確定結構確實是較困難的．例如，很出名的麻醉藥東莨菪鹼，是由植物曼陀丹中分離出來的一種生物鹼，早在1892年就分離得到，並且確定其分子式為C17H21O4N．但它的結構式直到1951年才肯定下來．按照現在水平來看，這個結構並不太複雜．近年來，應用現代物理方法如X衍射、各種光譜法、核磁共振譜和質譜等，能夠準確、迅速地確定有機化合物的結構，大大豐富了鑑定有機化合物的手段，明顯地提高了確定結構的水平．

分子結構包括了分子的構造、構型和構象．構造是分子中原子成鍵的順序和鍵性．以前叫做結構，根據國際純粹和應用化學聯合會的建議改為“構造”．表示化合物的化學式叫做構造式．

由於有機化合物中存在著同分異構現象，因此一個分子式可能代表兩種或兩種以上具有不同結構的物質．在這種情況下，知道了某一物質的分子式，常常可利用該物質的特殊性質，透過定性或定量實驗來確定其結構式．

結構式不同而化學式相同不一定是同一種物質，其性質也往往不一樣嗎。比如各種有機物的同分異構體，化學式相同，但是結構式不一樣，就顯示出性質的差異。更不必說相同化學式的不同類物質，比如二甲醚和乙醇的分子式均為C2H6O,但其結構不同。