如果同時持有機車駕照和汽車駕照，騎機車違章就只扣機車駕照的分，不影響汽車駕照。如果沒有機車駕照，只有汽車駕照，那麼就屬於準駕不符，扣汽車駕照12分。

依據如下：

《道路交通安全違法記分分值》規定

一、機動車駕駛人有下列違法行為之一，一次記12分：

（一）駕駛與準駕車型不符的機動車的；

（二）飲酒後駕駛機動車的；

（三）駕駛營運客車（不包括公共汽車）、校車載人超過核定人數20％以上的；

（四）造成交通事故後逃逸，尚不構成犯罪的；

（五）上道路行駛的機動車未懸掛機動車號牌的，或者故意遮擋、汙損、不按規定安裝機動車號牌的；

（六）使用偽造、變造的機動車號牌、行駛證、駕駛證、校車標牌或者使用其他機動車號牌、行駛證的；

（七）駕駛機動車在高速公路上倒車、逆行、穿越中央分隔帶掉頭的；

（八）駕駛營運客車在高速公路車道內停車的；

（九）駕駛中型以上載客載貨汽車、校車、危險物品運輸車輛在高速公路、城市快速路上行駛超過規定時速20％以上或者在高速公路、城市快速路以外的道路上行駛超過規定時速50％以上，以及駕駛其他機動車行駛超過規定時速50%以上的；

（十）連續駕駛中型以上載客汽車、危險物品運輸車輛超過4小時未停車休息或者停車休息時間少於20分鐘的；

（十一）未取得校車駕駛資格駕駛校車的。