根據黨的十九大和十九屆三中全會部署，深化黨和國家機構改革的總體要求是，全面貫徹黨的十九大精神，堅持以馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論、“三個代表”重要思想、科學發展觀、習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，適應新時代中國特色社會主義發展要求，堅持穩中求進工作總基調，堅持正確改革方向，堅持以人民為中心，堅持全面依法治國，以加強黨的全面領導為統領，以國家治理體系和治理能力現代化為導向，以推進黨和國家機構職能最佳化協同高效為著力點，改革機構設定，最佳化職能配置，深化轉職能、轉方式、轉作風，提高效率效能，為決勝全面建成小康社會、開啟全面建設社會主義現代化國家新徵程、實現中華民族偉大復興的中國夢提供有力制度保障。
深化國務院機構改革，要著眼於轉變政府職能，堅決破除制約使市場在資源配置中起決定性作用、更好發揮政府作用的體制機制弊端，圍繞推動高質量發展，建設現代化經濟體系，加強和完善政府經濟調節、市場監管、社會管理、公共服務、生態環境保護職能，結合新的時代條件和實踐要求，著力推進重點領域和關鍵環節的機構職能最佳化和調整，構建起職責明確、依法行政的政府治理體系，提高政府執行力，建設人民滿意的服務型政府。
這次國務院機構改革的具體方案如下。
一、關於國務院組成部門調整
(一)組建自然資源部。將國土資源部的職責，國家發展和改革委員會的組織編制主體功能區規劃職責，住房和城鄉建設部的城鄉規劃管理職責，水利部的水資源調查和確權登記管理職責，農業部的草原資源調查和確權登記管理職責，國家林業局的森林、溼地等資源調查和確權登記管理職責，國家海洋局的職責，國家測繪地理資訊局的職責整合，組建自然資源部，作為國務院組成部門。自然資源部對外保留國家海洋局牌子。
不再保留國土資源部、國家海洋局、國家測繪地理資訊局。
(二)組建生態環境部。將環境保護部的職責，國家發展和改革委員會的應對氣候變化和減排職責，國土資源部的監督防止地下水汙染職責，水利部的編制水功能區劃、排汙口設定管理、流域水環境保護職責，農業部的監督指導農業面源汙染治理職責，國家海洋局的海洋環境保護職責，國務院南水北調工程建設委員會辦公室的南水北調工程專案區環境保護職責整合，組建生態環境部，作為國務院組成部門。生態環境部對外保留國家核安全域性牌子。
不再保留環境保護部。
(三)組建農業農村部。將農業部的職責，以及國家發展和改革委員會的農業投資專案、財政部的農業綜合開發專案、國土資源部的農田整治專案、水利部的農田水利建設專案等管理職責整合，組建農業農村部，作為國務院組成部門。
將農業部的漁船檢驗和監督管理職責劃入交通運輸部。
不再保留農業部。
(四)組建文化和旅遊部。將文化部、國家旅遊局的職責整合，組建文化和旅遊部，作為國務院組成部門。
不再保留文化部、國家旅遊局。
(五)組建國家衛生健康委員會。將國家衛生和計劃生育委員會、國務院深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室、全國老齡工作委員會辦公室的職責，工業和資訊化部的牽頭《菸草控制框架公約》履約工作職責，國家安全生產監督管理總局的職業安全健康監督管理職責整合，組建國家衛生健康委員會，作為國務院組成部門。
保留全國老齡工作委員會，日常工作由國家衛生健康委員會承擔。民政部代管的中國老齡協會改由國家衛生健康委員會代管。國家中醫藥管理局由國家衛生健康委員會管理。
不再保留國家衛生和計劃生育委員會。不再設立國務院深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室。
(六)組建退役軍人事務部。將民政部的退役軍人優撫安置職責，人力資源和社會保障部的軍官轉業安置職責，以及中央軍委政治工作部、後勤保障部有關職責整合，組建退役軍人事務部，作為國務院組成部門。
(七)組建應急管理部。將國家安全生產監督管理總局的職責，國務院辦公廳的應急管理職責，公安部的消防管理職責，民政部的救災職責，國土資源部的地質災害防治、水利部的水旱災害防治、農業部的草原防火、國家林業局的森林防火相關職責，中國地震局的震災應急救援職責以及國家防汛抗旱總指揮部、國家減災委員會、國務院抗震救災指揮部、國家森林防火指揮部的職責整合，組建應急管理部，作為國務院組成部門。
中國地震局、國家煤礦安全監察局由應急管理部管理。公安消防部隊、武警森林部隊轉制後，與安全生產等應急救援隊伍一併作為綜合性常備應急骨幹力量，由應急管理部管理。
不再保留國家安全生產監督管理總局。
(八)重新組建科學技術部。將科學技術部、國家外國專家局的職責整合，重新組建科學技術部，作為國務院組成部門。科學技術部對外保留國家外國專家局牌子。
國家自然科學基金委員會改由科學技術部管理。
(九)重新組建司法部。將司法部和國務院法制辦公室的職責整合，重新組建司法部，作為國務院組成部門。
不再保留國務院法制辦公室。
(十)最佳化水利部職責。將國務院三峽工程建設委員會及其辦公室、國務院南水北調工程建設委員會及其辦公室併入水利部。
不再保留國務院三峽工程建設委員會及其辦公室、國務院南水北調工程建設委員會及其辦公室。
(十一)最佳化審計署職責。將國家發展和改革委員會的重大專案稽察、財政部的中央預算執行情況和其他財政收支情況的監督檢查、國務院國有資產監督管理委員會的國有企業領導幹部經濟責任審計和國有重點大型企業監事會的職責劃入審計署，構建統一高效審計監督體系。
不再設立國有重點大型企業監事會。
(十二)監察部併入新組建的國家監察委員會。國家預防腐敗局併入國家監察委員會。
不再保留監察部、國家預防腐敗局。
改革後，除國務院辦公廳外，國務院設定組成部門26個：
1.中華人民共和國外交部
2.中華人民共和國國防部
3.中華人民共和國國家發展和改革委員會
4.中華人民共和國教育部
5.中華人民共和國科學技術部
6.中華人民共和國工業和資訊化部
7.中華人民共和國國家民族事務委員會
8.中華人民共和國公安部
9.中華人民共和國國家安全部
10.中華人民共和國民政部
11.中華人民共和國司法部
12.中華人民共和國財政部
13.中華人民共和華人力資源和社會保障部
14.中華人民共和國自然資源部
15.中華人民共和國生態環境部
16.中華人民共和國住房和城鄉建設部
17.中華人民共和國交通運輸部
18.中華人民共和國水利部
19.中華人民共和國農業農村部
20.中華人民共和國商務部
21.中華人民共和國文化和旅遊部
22.中華人民共和國國家衛生健康委員會
23.中華人民共和國退役軍人事務部
24.中華人民共和國應急管理部
25.華人民銀行
26.中華人民共和國審計署
根據國務院組織法規定，國務院組成部門的調整和設定，提請全華人民代表大會審議批准。
根據黨的十九大和十九屆三中全會部署，深化黨和國家機構改革的總體要求是，全面貫徹黨的十九大精神，堅持以馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論、“三個代表”重要思想、科學發展觀、習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，適應新時代中國特色社會主義發展要求，堅持穩中求進工作總基調，堅持正確改革方向，堅持以人民為中心，堅持全面依法治國，以加強黨的全面領導為統領，以國家治理體系和治理能力現代化為導向，以推進黨和國家機構職能最佳化協同高效為著力點，改革機構設定，最佳化職能配置，深化轉職能、轉方式、轉作風，提高效率效能，為決勝全面建成小康社會、開啟全面建設社會主義現代化國家新徵程、實現中華民族偉大復興的中國夢提供有力制度保障。
深化國務院機構改革，要著眼於轉變政府職能，堅決破除制約使市場在資源配置中起決定性作用、更好發揮政府作用的體制機制弊端，圍繞推動高質量發展，建設現代化經濟體系，加強和完善政府經濟調節、市場監管、社會管理、公共服務、生態環境保護職能，結合新的時代條件和實踐要求，著力推進重點領域和關鍵環節的機構職能最佳化和調整，構建起職責明確、依法行政的政府治理體系，提高政府執行力，建設人民滿意的服務型政府。
這次國務院機構改革的具體方案如下。
一、關於國務院組成部門調整
(一)組建自然資源部。將國土資源部的職責，國家發展和改革委員會的組織編制主體功能區規劃職責，住房和城鄉建設部的城鄉規劃管理職責，水利部的水資源調查和確權登記管理職責，農業部的草原資源調查和確權登記管理職責，國家林業局的森林、溼地等資源調查和確權登記管理職責，國家海洋局的職責，國家測繪地理資訊局的職責整合，組建自然資源部，作為國務院組成部門。自然資源部對外保留國家海洋局牌子。
不再保留國土資源部、國家海洋局、國家測繪地理資訊局。
(二)組建生態環境部。將環境保護部的職責，國家發展和改革委員會的應對氣候變化和減排職責，國土資源部的監督防止地下水汙染職責，水利部的編制水功能區劃、排汙口設定管理、流域水環境保護職責，農業部的監督指導農業面源汙染治理職責，國家海洋局的海洋環境保護職責，國務院南水北調工程建設委員會辦公室的南水北調工程專案區環境保護職責整合，組建生態環境部，作為國務院組成部門。生態環境部對外保留國家核安全域性牌子。
不再保留環境保護部。
(三)組建農業農村部。將農業部的職責，以及國家發展和改革委員會的農業投資專案、財政部的農業綜合開發專案、國土資源部的農田整治專案、水利部的農田水利建設專案等管理職責整合，組建農業農村部，作為國務院組成部門。
將農業部的漁船檢驗和監督管理職責劃入交通運輸部。
不再保留農業部。
(四)組建文化和旅遊部。將文化部、國家旅遊局的職責整合，組建文化和旅遊部，作為國務院組成部門。
不再保留文化部、國家旅遊局。
(五)組建國家衛生健康委員會。將國家衛生和計劃生育委員會、國務院深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室、全國老齡工作委員會辦公室的職責，工業和資訊化部的牽頭《菸草控制框架公約》履約工作職責，國家安全生產監督管理總局的職業安全健康監督管理職責整合，組建國家衛生健康委員會，作為國務院組成部門。
保留全國老齡工作委員會，日常工作由國家衛生健康委員會承擔。民政部代管的中國老齡協會改由國家衛生健康委員會代管。國家中醫藥管理局由國家衛生健康委員會管理。
不再保留國家衛生和計劃生育委員會。不再設立國務院深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室。
(六)組建退役軍人事務部。將民政部的退役軍人優撫安置職責，人力資源和社會保障部的軍官轉業安置職責，以及中央軍委政治工作部、後勤保障部有關職責整合，組建退役軍人事務部，作為國務院組成部門。
(七)組建應急管理部。將國家安全生產監督管理總局的職責，國務院辦公廳的應急管理職責，公安部的消防管理職責，民政部的救災職責，國土資源部的地質災害防治、水利部的水旱災害防治、農業部的草原防火、國家林業局的森林防火相關職責，中國地震局的震災應急救援職責以及國家防汛抗旱總指揮部、國家減災委員會、國務院抗震救災指揮部、國家森林防火指揮部的職責整合，組建應急管理部，作為國務院組成部門。
中國地震局、國家煤礦安全監察局由應急管理部管理。公安消防部隊、武警森林部隊轉制後，與安全生產等應急救援隊伍一併作為綜合性常備應急骨幹力量，由應急管理部管理。
不再保留國家安全生產監督管理總局。
(八)重新組建科學技術部。將科學技術部、國家外國專家局的職責整合，重新組建科學技術部，作為國務院組成部門。科學技術部對外保留國家外國專家局牌子。
國家自然科學基金委員會改由科學技術部管理。
(九)重新組建司法部。將司法部和國務院法制辦公室的職責整合，重新組建司法部，作為國務院組成部門。
不再保留國務院法制辦公室。
(十)最佳化水利部職責。將國務院三峽工程建設委員會及其辦公室、國務院南水北調工程建設委員會及其辦公室併入水利部。
不再保留國務院三峽工程建設委員會及其辦公室、國務院南水北調工程建設委員會及其辦公室。
(十一)最佳化審計署職責。將國家發展和改革委員會的重大專案稽察、財政部的中央預算執行情況和其他財政收支情況的監督檢查、國務院國有資產監督管理委員會的國有企業領導幹部經濟責任審計和國有重點大型企業監事會的職責劃入審計署，構建統一高效審計監督體系。
不再設立國有重點大型企業監事會。
(十二)監察部併入新組建的國家監察委員會。國家預防腐敗局併入國家監察委員會。
不再保留監察部、國家預防腐敗局。
改革後，除國務院辦公廳外，國務院設定組成部門26個：
1.中華人民共和國外交部
2.中華人民共和國國防部
3.中華人民共和國國家發展和改革委員會
4.中華人民共和國教育部
5.中華人民共和國科學技術部
6.中華人民共和國工業和資訊化部
7.中華人民共和國國家民族事務委員會
8.中華人民共和國公安部
9.中華人民共和國國家安全部
10.中華人民共和國民政部
11.中華人民共和國司法部
12.中華人民共和國財政部
13.中華人民共和華人力資源和社會保障部
14.中華人民共和國自然資源部
15.中華人民共和國生態環境部
16.中華人民共和國住房和城鄉建設部
17.中華人民共和國交通運輸部
18.中華人民共和國水利部
19.中華人民共和國農業農村部
20.中華人民共和國商務部
21.中華人民共和國文化和旅遊部
22.中華人民共和國國家衛生健康委員會
23.中華人民共和國退役軍人事務部
24.中華人民共和國應急管理部
25.華人民銀行
26.中華人民共和國審計署
根據國務院組織法規定，國務院組成部門的調整和設定，提請全華人民代表大會審議批准。