據《姓纂》記載：“齊太公封於營丘，支孫以地名為姓，代居扶風”。《後漢書烏桓傳》提到“烏桓有丘氏”。　　從這些文獻可以知道過去的“邱”姓有兩個來源，第一支是周朝初年姜太公呂尚的後裔，由於他們的始祖受封於營丘（今山東省昌樂縣東南），而以地為姓，後來到陝西省扶風縣一帶繁衍，併成為當地的望族。第二支則是南北朝五胡亂華時，外族的丘敦氏改姓為“丘”。　　追溯起來，姜、呂、丘、邱同出一源，因為姜太公的祖先伯夷本姓“姜”，他幫助大禹治水，封為呂侯，後人以“呂”為姓。　　至於“丘”姓與“邱”的出現是270年前的事。邱氏族人本來是姓“丘”，清朝雍正三年（1725年），雍正皇帝頒發詔諭指示，孔子是至聖，孔子名“丘”，為了尊敬先師，後人必須避諱。於是朝廷的文官開會討論，議決凡是姓“丘”的人，必須在’丘”字的右旁加上“耳朵”成為“邱”，地名如有“丘”字則改為其他名字。　　文官們把議決案向雍正皇帝上奏獲得批准，從此，“丘”姓族人都奉旨改姓“邱”。到了民國初年（1912年）丘逢甲提出：“姜太公是周朝初年人，孔子是東周春秋時人，沒有前人避後人諱的道理。避諱是封建意識，現在是民主時代，不必避諱。”　　經過丘逢甲登高一呼，主張恢復姓“丘”，於是，福建、廣東一帶很多邱姓族人，尤其是與丘逢甲同屬一個方言群的客家人恢復“丘”姓，但是仍有不少邱姓族人繼續姓“邱”。　　邱（丘）姓歷史悠久，人才輩出，丘逢甲（1864—1912）是其中的佼佼者。丘逢甲被譽為民族英雄及愛國詩人，他誕生於臺灣彰化，曾在臺中、臺南各書院講學。1884年7月甲午戰爭爆發，他預料日本會侵略臺灣，便召集鄉民進行軍事訓練，防備日本侵略。　　同年9月丘逢甲奉旨組織團練（民兵），他捐出自己的財產作為軍糧費用，以“守土拒倭”為號召，組織鄉民，把全臺灣的團練編成192營。1885年中國戰敗，滿清政府與日本簽訂《馬關條約》，割讓臺灣，他三次刺血上書，要求再戰。　　眼看朝廷無意再戰，丘逢甲只好發起建立臺灣民主國，致電清廷：“臺灣士民，義不臣倭，願為島國，永戴聖清”。表示臺灣永遠屬於中國。1885年，日軍進入臺灣，他率領義軍抵抗，血戰20多天，糧盡彈缺，他只好撤退，回到祖籍廣東鎮平（今蕉嶺縣）。　　回返中國大陸後，他創辦學校，推行新教育，曾任廣東教育總會會長，廣東諮詢局局長。民國成立，他到南京，被推舉為參議院參議員，因病回返家鄉便去世。　　此外，南朝文學家丘遲，曾任交趾太守，以安定荒域而著名，後來歸順唐太宗李世民，而被封為交州大都督的丘和。貞觀年間討伐高昌有功，被封為天水郡公的丘行恭，明朝的英殿大學士丘■，明朝的政治家丘浚，有“星洲大才子”之稱的邱菽園都是邱（丘）氏族人的傑出人才。

先秦時期，丘氏活動的地區主要在山東，後向西進入陝西。姜子牙封於齊而都營丘（今山東臨淄，一說今山東昌樂），其支庶（支孫 /子孫）居於營丘者，遂以丘為氏，世居扶風，其歷史至少有3000年。

最早見於古籍的丘姓先祖是《孔子家語》中長事齊君、後為孝子代稱的丘吾（又稱丘吾子、吾丘子），接著見於古籍的丘姓先祖是邾（今山東曲阜東南）大夫丘弱。魯左史左丘明後有丘姓。