很久很久以前，奇幻大陸的統治者大魔王，為了達到統治整個宇宙的狼子野心，四處興風作浪，掠奪資源，在他的帶領下，黑暗軍團將黑手伸往地球，妄圖將地球的寶貴資源佔為己有。
但是，卻遭到了地球力量的頑強抗爭，最終，以元氣勇士為代表的正義聯盟（第一部神龍拯救隊之元氣星魂），經過一番浴血奮戰，打敗了黑暗軍團，黑暗軍團被趕回奇幻大陸，元氣勇士將邪惡首領大魔王封印禁錮在奇蹟大陸的XXX塔令其思悔過錯，人類恢復了平靜的生活。
日新月異，時代變遷，邪惡首領大魔王獲得新的力量開始甦醒，其餘黨爪牙為使首領早日擺脫禁錮，四處作惡，傳播黑暗能量。
從此，奇幻大陸的族人人心惶惶不可終日。
負責看守禁地的貓族族長深知，如果不能阻止黑暗負能量的漫廷，大魔王將會擺脫封印變得更加強大，無疑將會再次為整個宇宙帶來危機和災難。
事關重大，刻不容緩。
貓族族長派出自己的女兒—美雅，逃離奇幻大陸前往地球，令其必須儘快找到元氣勇士的後人，阻止邪惡首領的陰謀。
以此同時，大魔王的得力爪牙大祭司也深知此事重大，急忙派出手下追捕美雅，企圖破壞和阻止美雅的計劃。
在一次敵人的追擊行動中，美雅結識了少年翔天。
翔天是一名愛好打不平、崇尚正義的熱血少年，和所有的男孩子一樣崇尚英雄，正氣凜然。
機緣巧合之下，美雅發現翔天正是她苦苦追尋的元氣勇者的後人之一。
危急關頭，世代流淌在翔天身上的元氣因子開始爆發，翔天與守護夥伴挺身而出，及時阻止了大魔王的惡行，翔天得知自己的使命之後，深深為自己前輩的正義行為而感到驕傲，毅然地答應幫助美雅，決心繼承重擔和使命，將前輩那種不畏艱難，熱愛和平、堅韌不拔的典範發揚光大。
由於力量懸殊，翔天與美雅一路逃避黑暗勢力的追擊，必須儘快共同尋找到其他兩位與自己具有相使命的元氣勇者。
結果踏破鐵鞋無覓處，得來全不費功夫，在翔天的學校裡找到了另外兩位元氣勇者——一個熱心助人性格憨厚的亞樹和開朗Sunny的奈奈，三位勇者集結後跟隨美雅啟程去奇幻大陸……。
樹木枯萎、火山爆發、奇異大陸的環境荒蕪惡劣、人們變得懦弱、冷漠無情，原來，這一切全因為黑暗勢力橫行霸道，四處充斥黑暗負能量的緣故。
接踵而來的謎團逐一揭開黑暗勢力的神秘面紗。
在美雅的帶領下，他們一行開始向被大祭司黑暗勢力控制的荒蕪區、聖獸區、神龜島、寒凍區等地區進發，遇到了重重困難，但勇士們團結一心、不言放棄、越挫越勇，逐一擊敗了妄想阻止他們前行的黑暗勢力，將善心、友愛、信心……正能量再次灑滿大地，成功地解救了那些地區生活得苦不堪言的人們。
多次失敗的大祭司惱羞成怒，一面暗中安排吸收能量加緊幫助邪魔神的步驟，一面又部署更多的力量和陷阱，妄圖阻止他們繼續前行，面對著種種的風險和挑戰，在威逼和利誘面前，三位元氣小英雄不為所動，他們同心協力、團結友愛、不屈不撓、抱著使命必達的堅定信念，運來他們的知識、智慧和頑強的拼搏精神，一次又一次地粉碎了黑暗勢力的陰謀。
與此同時，翔天等人在途中相繼獲得勇氣之石、信任之環、神聖之風等能量。
同時，他們勇於擔當的正義行為也獲得了奇幻大陸其他的抵抗力量的認同，紛紛加入了保衛家園的使得元氣勇者的力量倍增。
他們在艱苦中地成長成熟，他們滿懷信心，向著最終目標，封印邪魔神的地方——黑暗塔繼續前行。
然而，他們的任務並非一帆風順，狡猾陰險的三幹部並不甘於失敗，當翔天和他的夥伴們來到黑暗塔時，大祭司將計就計，並透過脅持美雅的母親，將他們引入一個精心設計的陷阱中，並利用元氣勇者的力量解開了邪魔神的封印。
計劃失敗了，最讓人擔心的情況還是發生了，更可怕的是邪魔神吸收了更多的能量，力量強大無比，恐怖的力量再次籠罩了整個奇幻大陸，形勢急轉直下和岌岌可危。
就在這一關鍵時刻，各地元氣勇者趕來相助，最後，眾人齊心協力、眾志成城，再次將邪惡的打敗。
本片以科幻故事為題材，以創意動畫為形式，透過弘揚正義，少年勵志的情節，展示了青春飛揚、團結友愛的精神，以實際行動譜寫“自古英雄出少年”的豪邁故事。
同時故事跌宕起伏，人物形象生動飽滿，情感豐富細膩，頌揚善良、關愛，友情，勇敢正義，劇情無處不詮釋著正能量的意義。