最基本的顏色是三種。

人類眼睛虹膜的基色只有三種：褐色、藍色和綠色。其他顏色的虹膜則是這三種顏色的變體。

眼睛顏色與膚色有一定關係，黃種人一般是黑色，比如亞洲的大部分人。

白種人大多數是藍色，像北歐人種如冰島人、芬蘭人和拉脫維亞人約80%以上為藍色眼睛。藍色虹膜在歐洲和北美洲比較常見，但只佔全世界約8%的人口。

綠色虹膜是最罕見的顏色。在歐洲的凱爾特人、日耳曼人和斯拉夫人中比例較高；歐洲以外，一些普什圖人、土耳其人也有綠色虹膜。

研究認為，灰色虹膜是藍色虹膜的變種。還有一種琥珀色虹膜，但在其他動物上較為常見，它比棕色更淺，很少在人類出現，又被稱為貓眼色。

眼睛的顏色，其實顯示的是虹膜的顏色，有褐色、藍色和綠色三種，而其他的顏色都是這幾種顏色的混合體。

虹膜中含有大量的色素，色素含量越多，虹膜顏色越深，色素含量越少，虹膜顏色越淺，色素細胞的不同與人種和面板顏色有關。

東亞人虹膜多為深棕色的，西歐人的虹膜多為藍色，北歐人可見綠色的虹膜，淺灰色、淡金色等虹膜顏色較為少見。

科學家研究發現，我們人類眼球的虹膜由五層組織構成的。它們是內皮細胞層、前界膜、基質層、後界膜和後上皮層。這五層組織中，基質層、前界膜和後上皮層中含有許多色素細胞，在這些細胞中所含色素量的多少就決定了虹膜的顏色。

色素細胞中所含色素越多，虹膜的顏色就越深，眼珠的顏色也就越黑；而色素越少，虹膜的顏色就越淺，則眼珠的顏色就越淡。

色素細胞中的色素含量與面板顏色是一致的，並且與種族的遺傳有關係。東方人是有色人種，虹膜中色素含量多，所以，眼珠看上去呈黑色；西方人是白色人種，虹膜中色素含量少，基質層中分佈有血管，所以，看上去眼珠呈淺藍色。