該寺建於明代萬曆年間，由中國歷史上禪宗高僧了塵施工建造。神宗之母李豔妃多次親往朝拜，巍巍然三座古塔便是明代帝王嬪妃禮拜後所賜贈建造。大清年間，從寧波而來的一代高僧貢嘎上師支援黃教領袖寺廟菩薩頂後，又將三塔寺修葺一新，三塔寺便成為五臺山黃教道場，並深受康熙、雍正兩位皇帝重視。一九八六年，照圓法師開始住持該寺。

該寺住東向西，與三泉寺，壽寧寺，西壽寺同為中臺勝景靈蹟。三塔寺因寺內三塔而得名，此三塔為明代遺物，中間為文殊舍利，兩側分別為普賢、觀音舍利。到了清代，有一位從寧波來的喇嘛住持菩薩頂，把三塔寺作為自己靜修的地方，藏教文化便開始滲入該寺，地藏舍利也就應運而生。

三塔寺位於安徽滁州市全椒縣。

相傳全椒神山乃東方神話系統中男仙領袖東王公和女仙領袖西王母相會之所，全椒所轄東王鄉、西王鄉乃東王公和西王母住處的簡稱。

又傳說西王母的侍女許飛瓊在全椒植白花兩株，一株植在六鎮，人皆不識品種，故以許飛瓊之名，稱之“瓊花”。一株植在六鎮鎮東王山區，為白色牡丹。全椒自此有“六丈瓊花”和“東王牡丹”之芳名，這些在明清時的《全椒縣誌》中可見端倪。

相傳當年許飛瓊在六丈鎮植瓊花時，還建有一座巨大的瓊花池，因為瓊花來自仙家，所以愈發的枝繁葉茂，花團錦簇。到了隋朝，隋煬帝聞訊後移瓊花於揚州土祠後，揚州始有瓊花。

隋朝滅亡後，全椒鄉邑、北宋參知政事張躁在所作《瓊花池》中，曾用“此花已去不須嗟，亡國亡家總為他。父老不知前日事，逢人口口道瓊花”來慨嘆這一段歷史的塵埃。

宋以後移植瓊花於汴梁（開封）、杭州皆不得活，回植揚州又能復活，坊間說其是有情之物。宋亡元興的那一年，揚州瓊花突然死去。是否這花也有情，而為大宋王朝的滅亡悲傷呢？

今天的揚州瓊花乃元至正三十三年，道土金丙瑞，以“聚八仙”（一植物俗名）補種在揚州瓊花觀，後人稱瓊花者，實是“聚八仙”，真正的瓊花早已沒了蹤跡。

相傳隋煬帝移植瓊花的時候，在六鎮的瓊花池邊便建了寺廟，以取天地靈氣，只是當時的寺名已不可考，但建寺的時間倒是與歷代方誌所載建於隋大業（605-618）年間相契合。

北宋徽宗大觀元年（1107年），後人在寺前建塔三座，古寺因之更名為“三塔寺”。到了明代洪武年間，因皇子皇孫要去盱眙（古泗州所轄）、鳳陽祭拜明祖陵和明皇陵，出南京城渡江後有水相隔，於是拆了三塔，把磚塊運到江浦境內修建毛垣橋（位於今天的滁寧公路上），三塔盡毀，古寺元氣大傷。直到明天啟年間，三塔寺得到重新修繕，時楊宏宇作有《重修三塔寺記》，原存於殿後，惜毀於抗戰時期。清代曾經有白衣道人方定國居此，杭州知府、鄉賢薛時雨作有《白衣道人行》詩存世，三塔寺更加知名。

現存三塔寺諸建築，基本上是民國時期僧了明募建的。了明俗姓餘，原籍和州，剃度於琅琊山達修僧。民國十五年（1926）前後，主持三塔寺，當時古寺迭經兵燹，斷垣殘壁，了明四處化緣，招集工匠，建窯燒磚，歷時十年，古寺重見新顏。

了明在重修三塔寺時，在二進正殿東首，建了一座大悲樓，雕樑畫棟，几淨窗明，以供遊人休憩。現由主持僧闢為唸佛堂，兼作接待各界人士之用。

1944年前後，國民黨新桂系軍隊駐紮在古河，拆廟毀宇建築碉堡，三塔寺危在旦夕，眾僧萬分焦急。一天，代理皖東指揮官曹茂宗巡視途經三塔寺，在佛像前停立良久，住持僧了明得知曹信佛教，忙上前施禮，抓住時機，殷勤款待，並一直尾隨曹到古河，取得一張“佛教聖寺，嚴加保護”的告示，張掛寺前，倖免拆毀。

解放前夕，全椒籍民主人士一度利用該寺房地產興辦了“全椒縣農業職業初級中學”。

在文化大革命時期，三塔寺毀壞嚴重，一度被糧站佔用，雖然儲存了建築物，但佛像、石刻、部分詩聯蕩然無存。

1981年6月，全椒縣人民政府公佈三塔寺為縣級重點文物保護單位，1986年被定為省級重點保護寺觀。三塔寺重歸宗教部門管理，省民委撥來專款，重新修葺，重塑佛像，從琅琊寺聘請僧覺慧來寺主持，1987年元月對外開放，每年正月十五廟會期間，更是香火不斷，人流如織。

三塔寺現存殿宇五進，廊房回曲，古色古香，各殿均有佛像。一進為山門殿，二大金剛守護寺院；二進為天王殿，正面端坐著彌勒佛，背面是韋馱立像，兩廂是“護世四天王”威立；三進為大雄寶殿，正中蓮花臺上端坐著佛祖釋迦牟尼，迦葉、阿難兩大弟子立於兩邊。背面是南海觀音，龍女和善財童子分列左右。

大殿兩邊是十八羅漢；四進為地藏殿，供奉著地藏菩薩。五進為三世殿，供奉著三尊佛，中為釋迦牟尼佛，左為藥師佛，右為阿彌陀佛。五進後面，新修了一個大殿，亦已封頂。

三塔寺院內曾有古松一株，廣十餘圍，高四、五丈，傳有白鶴棲於上，為颶風所毀，伐之有異香。大悲樓前有一小庭院，昔有千年黃楊一株和絕世牡丹百餘株。每年花開之時，文人雅士多會於此，喚做“牡丹詩會”，留下頗多風流詩文。

明進士吳國龍《三塔寺》詩云：“偶過蕭關息，悠悠爽到秋。鳥為松子下，我以樹香留。冗底觀松簡，囂餘覺寺幽。更欣新再足，恰稱小溪流”，清代的薛時雨、吳山尊，近代的王宗沂、魯光華、張汝舟、劉子善等許多文人都在此留有匾額聯語詩書文字。

修建三塔，除了佛家所宣揚的可以成佛外，還有一個重要的原因，是大理古為“澤國多水患”。

古籍《金石萃編》中記載：“世傳龍性敬塔而畏鵬，大理舊為龍澤，故為此鎮之。”相傳古時修建三塔，採用墊一層土修一層塔的方法，塔修好以後，才將土逐層挖去，讓塔顯現出來，故有“堆土建塔”與“挖土現塔”之說。

建塔時所搭的橋，高如山丘，長達10餘里。修塔時運力不足，還用山羊來馱磚，如今大理的銀橋村，古時稱為“塔橋村”。古籍記載修三塔，“役工匠七百七十萬，耗四萬餘金，歷時八年建成”。修建三塔後，又建了規模弘大的崇聖寺。

崇聖寺及三塔建成後，寺院儲存較好。元武宗時曾“降聖旨”封釋覺性為住持僧，保護寺產，免徵糧稅。元代亦曾加以維修，使得“殿廡煥然復興，三塔峙立，金碧交輝，巨麗與山坪（大致相等）”。明代，李元陽重修，亦有“三閣、七樓、九殿、百廈”。當時寺中有五寶：三塔、巨鍾、雨銅觀音、證道歌碑和佛都匾。

至徐霞客到大理時，仍見崇聖寺前“三塔鼎立，……塔四旁皆高松參天。其西由山門而入，有鐘樓與三塔相對，勢極雄壯”，樓後為正殿，正殿後為“雨珠觀音殿，乃立像，鑄銅而成者，高三丈”（《徐霞客遊記《滇遊日記八》）。據說，寺中的鴻鍾，為“建極十二年”（公元871年）造，“徑可丈餘，而厚及尺”，“其聲聞可八十里”。

“萬古雲霄三塔影，諸天風雨一樓鍾”，歷來為人所樂道。雨銅觀音，莊嚴靜美，細腰跣足，造型精美，為南詔遺物。然世事滄桑，巨鍾已毀於清，雨銅觀音毀於十年動亂，證道歌碑與佛都匾連同寺院一起，今已無存。