微生物學的研究方法和技術有：

顯微技術，純種培養技術，無菌技術，純種分離純化技術和微生物保藏技術。

顯微技術（microscopy）：顯微技術是利用光學系統或電子光學系統裝置，觀察肉眼所不能分辨的微小物體形態結構及其特性的技術。包括：①各種顯微鏡的基本原理、操作和應用的技術；②顯微鏡樣品的製備技術；③觀察結果的記錄、分析和處理的技術。

純培養：純培養最重要的是在於微生物的生理研究，方法是依靠滅菌和分離，是由巴斯德（L．Pasteur）和柯赫（R．Koch）建立起來的。在自然界中，有的培養條件很困難，特別是具有密切共生關係的生物及進行寄生性營養的生物；也有一些在理論上不可能進行純粹培養的生物。純培養(pure culture)——微生物學中把從一個細胞或一群相同的細胞經過培養繁殖而得到的後代,稱純培養。

無菌技術：無菌技術是在醫療護理操作過程中，保持無菌物品、無菌區域不被汙染、防止病原微生物 侵入人體的一系列操作技術。無菌技術（aseptic technique） 是指在執行醫療、護理技術過程中，防止一切微生物侵入機體和保持無菌物品及無菌區域不被汙染的操作技術和管理方法。

純化：純化是將多糖混合物分離為單一多糖的過程。在進行菌種鑑定時，所用的微生物一般均要求為純的培養物。得到純培養的過程稱為分離純化

微生物學（microbiology）生物學的分支學科之一。它是在分子、細胞或群體水平上研究各類微小生物（細菌、放線菌、真菌、病毒、立克次氏體、支原體、衣原體、螺旋體原生動物以及單細胞藻類）的形態結構、生長繁殖、生理代謝、遺傳變異、生態分佈和分類進化等生命活動的基本規律，並將其應用於工業發酵、醫學衛生和生物工程等領域的科學。

　①微生物學的基礎理論與技能；

　　②臨床微生物學的基本知識；

　　③各類與臨床有關的微生物特性；

　　④病原學診斷和抗菌藥物敏感性的報告；

　　⑤臨床診斷、治療和預防提供科學依據。

微生物包括 細菌、 病毒、 真菌、和少數 藻類等。（但有些微生物是肉眼可以看見的，像屬於 真菌的 蘑菇、 靈芝等。）

病毒是一類由核酸和蛋白質等少數幾種成分組成的“非細胞生物”，但是它的生存必須依賴於活細胞。根據存在的不同環境分為 空間微生物、海洋微生物等，按照細胞機構分類分為原核微生物和真核微生物。

微生物生態學是研究微生物與其環境相互作用過程及其規律的科學。由於微生物的特性決定了不可能對微生物生態系統中所有的微生物逐個進行分析和研究，而是要有目的地分析和研究其中某些型別的微生物，包括其數量、特性、功能等的研究，有些甚至要進行純培養，才能對它們進行研究。

根據這些目的和特點，人們在長期的研究和實踐中積累了些行之有效的方法和技術手段。

如樣品的採集、富集培養和分離，直接計數(顯微計數等)，活菌計數(CFU法)，最大或然值計數(MPN法)等等。