gwas原理：規範點講就是看某個SNP在case和control兩個population間是否有allel frequency的顯著差異。

流程:

1. Filter SNP Call Rate less than 90 % (max missing rate is 0.1)

剔除缺失率在10%以上的位點，一般情況下可以選擇80%，在一些特殊情況下可以設定50%；

2. Filter mult-allelic sites (include only bi-allelic sites)

選擇二等位基因，因為在後面的分析中某些軟體只能使用二等位基因位點；

3. Filter SNP heterozygosity rate more than 0.2

去除具有較高或者較低雜合率的個體

4. Hardy-Weinberg Equilibrium using an exact test pvalue less than 0.0001

分析人類GWAS的時候一般正常群體中將不符合哈迪溫伯格平衡的位點過濾掉，動植物一般不建議使用，但也有一些文章使用此引數進行過濾，所以可以針對不同的物種進行不同的設定，只要結果合理即可。

曼哈頓圖本質上是一個散點圖，用於顯示大量非零大範圍波動數值，最早應用於全基因組關聯分析(GWAS)研究展示高度相關位點。