公元418年年底，劉裕派人暗殺了晉安帝，同時立晉安帝的弟弟司馬德文為帝，就是歷史的晉恭帝，晉安帝和晉恭帝一樣，都只是傀儡。

公元419年，劉裕逼迫晉恭帝封他為宋王，他的封國-宋國的封地也擴大到了20個郡，年底，晉恭帝由下詔允許劉裕使用天子的儀仗和規制。

劉裕稱帝后，建立了南朝第一個朝代-宋，劉裕就是宋武帝。

晉恭帝退位以後，劉裕降封他為零陵王，表面上對晉恭帝可客氣，如允許他奉東晉為正朔，可以使用天子儀仗等，但是劉裕對晉恭帝是非常不放心的。

在晉恭帝的零陵王府邸，劉裕專門派了一支部隊看管晉恭帝，如果晉恭帝的妻子生了男嬰，劉裕的手下會立刻殺掉男嬰，以絕後患。劉裕的手下還多次試圖下毒毒死晉恭帝，但被沒有成功。

使者沒有跟晉恭帝多廢話，命人用被子把晉恭帝活活悶死，晉恭帝時年36歲。

劉裕稱帝的前前後後，司馬家族還活著的男性，基本都被劉裕殺掉了，而女性則安然無恙。

自此以後，南朝宋齊樑陳更迭，退位的皇帝鮮有善終。最明顯的例子，就報應在劉裕的子孫身上，南朝劉宋的最後一任皇帝宋順帝，被迫禪位於權臣蕭道成，他哭著說，“願生生世世不要投胎在帝王之家”。

蕭道成當上皇帝后一個月，命人將15歲的宋順帝暗殺。

劉裕為什麼要殺掉晉恭帝，向來有多種解讀。我分析有二：

1.劉裕嚴重高估司馬家族的勢力

在劉裕看來，雖然晉恭帝退位了，但是司馬家族仍然有著強大的支援勢力，這些勢力很可能會擁立晉恭帝復位，把劉裕好不容易打下來的江山，又奪了回去。這顯然是劉裕不願意看到的，也是他不允許的。

為了讓司馬家族的背後的支援勢力死心，劉裕乾脆殺掉晉恭帝，以絕後患，對司馬家族的男性成員，也痛下殺手，也一個不留。

2.劉裕沒有接受良好的儒家教育

劉裕常年帶兵作戰，雖然立下了赫赫戰功，但是也殺人如麻。從內心上講，劉裕是信仰殺伐的。凡是可能會威脅自己或自己後代的，劉裕一定會強力清除。至於這麼做，會引起什麼後果，劉裕看不見。

你讓一個本來就沒讀多少書，而且常年南征北戰，從底層爬上帝位的人，去信仰儒家思想，顯然有點滑稽。

其實晉朝之前的魏對漢朝的皇帝還是不錯的，曹丕篡漢以後，封漢獻帝為山陽公，允許他們祭祀，也沒有對漢獻帝動手，這建立在魏國穩定的基礎上，所以漢獻帝貨到了最後，但是後面就發生了很多變化，首先司馬昭就殺了魏國的一個皇帝雖說是迫不得已，但殺了就是殺了，這跟當時的環境有關。

魏晉南北朝，可以說是中國的一個大亂世，這個時期，少數民族大舉入侵中原，對北方造成毀滅性打擊。原先大統一的王朝西晉也被打的退向了南方，建立了東晉，與北方的少數民族政權形成對峙局面。但東晉有著收復北方的願望，像桓溫、劉裕都是東晉北伐的著名將領，為東晉北伐立下了汗馬功勞。可歷史上有個規律，就是大將權力過大的話，大將會取而代之，自立為王。劉裕就是這樣，在掌握東晉軍政大權後，取代了司馬氏，建立起了宋。那麼，他是怎麼對待前朝的司馬氏？

有一句老話“天道好輪迴蒼天饒過誰”，司馬氏是取代曹魏獲得政權的，劉裕也是取代司馬氏建立宋朝的，他先後殺掉了東晉的兩位皇帝才登上帝位。劉裕在建立宋朝後，按照歷史規律，他不可能放過司馬氏，劉裕對司馬氏是趕盡殺絕，在南方的司馬氏可以說是被滅族了，但是也有個別逃向了北方。劉裕這可沒司馬家族做的厚道，蜀漢劉禪、東吳孫皓投降的時候，司馬氏都是禮遇，到劉裕時就把司馬氏徹底滅了。

劉裕這樣做是正常的，因為劉裕出身寒門，他是靠自己一步步努力當上皇帝的，當時，他的政治基礎還沒有鞏固，可以說是暗潮湧動。要是不把司馬氏趕盡殺絕，以司馬氏為首的士族會起來反抗他，為了自己與子孫後代著想，劉裕只能滅了司馬氏，他可不能養虎為患。

劉裕代晉之後，派人以棉被悶死已經被廢為零陵王的東晉末代皇帝司馬德文，其實代晉之前，司馬德文的哥哥晉安帝司馬德宗極大可能也是被劉裕所殺。

後人多論司馬氏皇族被劉裕趕盡殺絕，基本屠戮殆盡，這個說法不是很準確，撇開司馬休之等逃奔北方的司馬家族成員、嫁給劉裕兒子宋少帝劉義符司馬德文和恭思皇后褚靈媛之女司馬茂英等司馬家族女性成員這樣的例外，其實司馬家族也還是有很多生存下來的。

這些生存下來的司馬家族成員，有的改姓司、馬、同、仝、馮等單姓，但也有繼續保持司馬複姓的，以後世的司馬家族名人論，道教上清派茅山宗第十二代宗師、唐代著名道士司馬承禎是司馬懿四弟司馬馗的後人，宋代名臣、歷史學家司馬光是司馬懿三弟司馬孚的後人，由此可見，司馬家族並沒有被劉裕一網打盡是顯然的。

東晉王朝南渡以來，延續世家豪族把持大政的方針，並明顯君弱臣強，王與馬共天下注定開始就是悲劇，但皇家與世家聯手統治，打壓下層的方式，對陷入五胡之亂的華夏大地，也算阻住頹勢，勉強維持，隨著南北形勢的不斷髮展，流民進入，叛亂時現，司馬皇族艱難撐持了百年的江左王朝，在桓溫桓玄父子的輪番衝擊下終於不支倒地，東晉王朝接住桓玄臨門一腳後，改朝換代已然到來，下層代表人物、軍官劉裕通過軍功和鎮壓叛亂起家，420年代晉自立，建立宋朝，史稱南朝宋或劉宋。

公元420年，衣冠南渡之後苟延殘喘的東晉王朝被劉裕取代，至此中國歷史進入南北朝時代。劉裕取代東晉與曹魏取代東漢和西晉取代曹魏一樣都是通過逼迫皇帝禪位而完成，不過東晉末帝晉恭帝司馬德文退位後的待遇相比於上兩個末代帝王那是一個天上一個地下。

原本晉恭帝的皇后褚皇后給他生下一個兒子，劉裕得知後命人將其害死。後來為了永絕後患，劉裕命令親兵攜毒酒一瓶，前去秣陵鴆殺司馬德文。司馬德文得知是毒酒後不肯喝，士兵為了完成命令，用被子將司馬德文悶死，就這樣一代末帝在掙扎中去世。