（1）培養基汙染組成培養基的各種原料，本身不同程度地混有雜菌和雜菌孢子。如果消毒滅菌不徹底，培養5天左右，在培養基表面和內部就會同時發生雜菌。

（2）菌種本身汙染由於母種、原種本身不純，汙染上雜菌。當它們進行轉接時，會造成大批汙染。而且雜菌由轉接種塊上開始蔓延。這樣的菌種堅決不能用。選擇菌種要十分小心，有一點懷疑就不可採用。

（3）操作汙染在確認母種或原種純度較高，而且在培養基已徹底滅菌的情況下，發現被轉接的培養基表面（包括種塊周圍）出現雜菌汙染時，說明接種室（箱）、用具、菌種瓶表面及操作人員的手和工作服等消毒處理得不好，或者違反了接種操作規程。

（4）環境汙染由於培養室消毒不徹底，或者菌種瓶棉塞潮溼，或者瓶口洗得不乾淨，常常造成培養後的雜菌汙染。這種汙染現象是在菌絲體已經長滿斜面或菌種瓶後，在培養料表面出現雜菌，使接種後的菌種發黴，不能長耳

製作菌種常有汙染雜菌的現象發生。菌種培養期間，原種染雜率5%，或栽培種染雜率10%，均屬正常現象，去雜後的菌種可按計劃利用。如果原種染雜率＞10%，栽培種染雜率＞20%，則表示汙染率過高。剩餘菌種雖經認真檢查沒有發現雜菌，但很難肯定確實是無雜菌的純培養物（菌種）。生產實踐表明，原種汙染率過高時，剩餘未發現雜菌的菌種應改變用途，可作為栽培種直接用於生產。當栽培種汙染率過高時，剩餘未發現雜菌的菌種應加大用種量。例如，原來100千克培養料只需20瓶菌種，現在可加至30～40瓶。如果原種汙染率超過15%，栽培種汙染率超過25%，均不宜作為菌種應用於生產，可直接用其栽培出菇或出耳；或全部報廢，將其滅菌後掏出培養料用於食用菌代料栽培。