當然有區別，不起訴分為三種：法定不起訴，相對不起訴，存疑不起訴。

法定不起訴：一般是不存在犯罪事實，或不認為是犯罪，或不應追究刑事責任等。相對不起訴：存在犯罪事實，但情節輕微，依照刑法的規定不需要判處刑罰或可以免除刑罰。存疑不起訴：檢察院認為事實不清，證據不足，經過兩次補充偵查，仍然認為證據不足，不足以起訴。

在接受黨紀處理時，法定不起訴和存疑不起訴，因為不存在犯罪的問題，所以不能以犯罪為依據對其進行黨紀處理；而相對不起訴或免於刑事處罰，屬於有犯罪，只是免於處罰，可以以犯罪為依據對其進行黨紀處理。

刑訴法沒有“免於起訴”，只有“不起訴”。 “不起訴”與免予刑事處罰的前提都是構成犯罪，不追究的理由都是犯罪情節輕微。 不同的是，“不起訴”適用於審查起訴階段，應當由檢察院做出；免予刑事處罰適用於審理階段，應當由法院作出判決。