用紙包好放在陰涼乾燥的地方就可以了。

菠菜種子果皮厚且堅硬，分為帶刺或不帶刺的，直接種植，由於厚厚的果皮阻擋，吸收水分比較慢，出芽也是均勻不等，比較遲，造成出苗參差不齊，整齊度較差。

將自己選擇留的種子，在對種子處理之前，可以用簸箕簸出重量較輕的癟籽，放在Sunny下晾曬兩天左右，不要將菠菜籽直接放在水泥地面上進行暴曬，避免降低出芽率。

菠菜種子曬乾後放在陰涼的地方，但不能潮溼。

菠菜種子之所以要進行種子處理，主要是有兩個原因：休眠期與外界環境溫度。

休眠期：大部分的植物種子都是有休眠期的，在種子休眠期間，即使外界環境適宜種子也不會發芽。種子的休眠期屬於植物的一種自我保護機制，如果秋天發芽，冬天大部分植物很難生存，所以大部分情況下野外的植物種子都隔年才會發芽。菠菜種子同樣有休眠期，菠菜種子的休眠期一般是三個月左右，所以當年的新種子在夏秋播種發芽率會非常低。

環境溫度：菠菜發芽的最適溫度為10-15℃，高於20℃則發芽不良。夏秋菠菜播種的時間從5、6月開始一直到9月左右，環境溫度比較高，特別是夏季，地溫高於20℃非常容易，所以即使是隔年的種子，在夏秋時節播種發芽率也會受到一定的影響。

處理方法：打破休眠期，低溫催芽。在夏秋播種時，可以先提前將種子用清水浸泡12個小時左右，浸泡以後再將種子進行低溫處理，在4℃的環境下存放24個小時（這步操作可以打破種子的休眠期，可以放在冰箱的冷藏室中），低溫處理以後放置在15-20℃的環境下進行催芽（可以吊在水井上方），3-5天出芽以後就可以進行播種了。

一般保質期是兩年，三年能出一些苗，但是也有很多出不了苗的籽

陳菠菜種發芽率很低，最好不要使用。因為菠菜種儲存時過長（超過1年），在貯藏期內種子進行自身呼吸作新陳代代謝，在代謝過程中消耗了大量的養分和能量，在播種後自身養分和能量源動力不足，所以發芽受到嚴重影響而造成發芽率低或基本不發芽。