這是明朝中期以前的事。

明代，朱元璋借胡惟庸謀反案針對整個中央行政組織架構進行了顛覆性修訂。之前，國家行政中樞是中書省，中書令就是宰相，負責行使預審奏摺，草擬初步意見，呈遞皇帝審批的職能——如果是五品以下官員任免，則宰相會同吏部就處理了，不透過皇帝稽核。

朱元璋宣佈廢黜中書省，廢除宰相——自己直接領導六部，從而形成皇帝+宰相的政治格局，也就是說，中國通行數千年的宰相沒有了。

然而，皇帝不可能直接處理如此龐大的具體行政事務，因此明成祖時期設定內閣大學士，行使原中書省部分權力——初審分類奏摺，呈遞皇帝審批。

初期，內閣大學士只有正五品，完全屬於皇帝的秘書職責。明憲宗時期，內閣首輔制度基本成熟，內閣大學士不僅位列六部尚書之前，實際享有宰相——中書令職能，預審分類奏摺，草擬意見。許可權內事務直接批覆六部執行，許可權外呈報皇帝決策。

所以，明代內閣等於皇帝秘書處，大學士等於皇帝秘書長，權力很大，哪怕從五品也能令正二品尚書束手。

五品大學士壓制二品尚書是有前提的。

洪武十三年正月（公元1380年），在胡惟庸案爆發後，朱元璋下詔：析中書省之政歸六部，以尚書任天下事。至此便終結了傳承久遠的宰相制度。

中書省被罷黜，六部尚書共為政府首腦，直接向皇帝負責，君權和相權合二為一，皇權得到的空前的集中。

但是皇帝雖然自稱天子，可終究還是人，其精力和才智都是有極限的。當整個中書省的權力機構運作都轉移到皇帝身上，任朱元璋是鐵打的也吃不消。於是在洪武十五年十一月，朱元璋就仿宋朝的大學士制度，任用一些飽讀經書的大儒們為殿閣學士，隨侍皇帝左右，以備顧問。這時候的學士官不過五品，其職責很明確，就是皇帝的機要秘書，並沒有實際政務的決策權，所以明初的大學士和負責各部政事的尚書根本沒有可比性，純粹就是打雜的。

到了明成祖時期，永樂皇帝在殿閣大學士的基礎上，新設立內閣，先後任命解縉、胡廣、楊榮、金幼孜、楊士奇等為文淵閣大學士，參與機務。比起洪武時期，內閣學士的權力大增，不但可以就政務發表意見，供皇帝決策，還要起草詔令敕書上傳下達，已經初步具備當初中書省的職責。

但是內閣學士的職銜還是五品，政治地位仍然不高，永樂皇帝特別要求，內閣“不置官署，不得專制諸司，諸司奏事亦不得相關白”，各部尚書還牢牢掌握著奏議大權，還不是內閣能夠壓制抗衡，可以這樣說永樂時期的內閣更像是為皇權服務的秘書處。

不過永樂以後，轉折開始發生了。因為內閣的楊士奇、楊榮、金幼孜等力保太子朱高熾有功，都各自加拜侍郎銜（楊士奇為禮部侍郎，楊榮太常寺卿，金幼孜戶部侍郎），均為正三品，與各部正二品的尚書，在官品上已經很接近了，這也標誌著閣權的增強。

洪熙元年，朱高熾又在內閣大學士官職的基礎上，為閣臣加官到正二品尚書銜，並贈三孤榮銜（少保、少傅、少師），這已經是從一品高位了。可以說內閣學士本職雖為正五品，可在皇帝加官的基礎上，超過六部尚書，遙遙站立在百官之上，成了大明官場為數不多的高官。而且楊士奇、楊榮還有之後的楊溥，都以多謀善斷著稱，不論是洪熙皇帝還是之後的宣德皇帝，都對他們信任有加，內閣處理政事的權力大增，“閣職漸崇”。以至於正統初年，內閣中三楊輔政，使得內閣開始成為領袖百官的存在。

但三楊相繼離開朝堂後，王振擅權，內閣的地位又再次下降，閣臣的加官也不過是侍郎銜，還是低於六部尚書。等景泰皇帝在土木堡之變後繼位，本就處於弱勢的皇權，為了有意壓制六部重臣的權力，內閣大學士的職銜經過多次加官，又重新和六部持平，甚至憑藉三孤榮銜還高於尚書的品級。更重要的事，反映在朝堂上班次的變化，原本在六部之下的內閣，開始位列六部之上，已經趕超六部。只不過內閣權力雖增，卻一般不能干預部務，這讓內閣和六部在更多的時候是處於勢均力敵的態勢。

天順、成化時期是內閣地位鞏固時期，閣臣新入閣以侍郎銜拜大學士，之後升官尚書，並逐步加太子太保，甚至三孤銜，更為重要的是在正統初年形成的票擬製度，成為慣例，這讓內閣各項職能逐步制度化，已經具備宰相的一些權柄，百官中出現了稱呼內閣首輔為宰相的聲音。

到了弘治朝，內閣超越六部已然成為定局，內閣插手部務十分常見，六部題請、奏準的政務必須經過內閣批打、票擬，事實上內閣成為了中書省的存在，六部的上級部門。而嘉靖年間張璁、夏言、嚴嵩、徐階、高拱、張居正等權相迭出，以內閣首輔之職，“頤指百僚，無敢與抗者”，哪怕貴為一部尚書，正二品大員，也只能對其卑躬屈膝，內閣首輔大學士已然成為了沒有宰相之名的宰相。

因此才會有“內閣之權漸重，無異宰相之設；六部之權漸輕，凡事多樂受內閣風旨而行”的說法。

所以說，大學士的職位雖然不過是五品，但這只是內閣大臣的基礎職位，加在他們身上高於六部堂官的職銜，以及遠高於六部的執政地位，才是他們真正壓制二品尚書的原因。