首先，藥學是從醫學中獨立出來的一個學科。至今為止，絕大部分藥學專業的碩士仍然授予醫學碩士學位。醫學跟藥學的關係是密不可分的，沒有醫學藥學存在就無意義，沒有藥學醫學就不能稱之為醫學。

兩個學科有不同也有交叉，醫學側重點在疾病，藥學則側重於藥物。側重點不一樣而已，但最終的目的都是治病救

跟臨床醫學比，藥學在專業基礎課上與之重疊的不多而且要更簡單，比如生理學，解剖學，但也很不一樣，要簡單得多。

其它臨床醫學的基礎專業課基本都不學，比如病理學、組織胚胎學。但生物化學、藥理學之類要比臨床醫學的難很多。臨床醫學專業科目通通不學，比如內科學、。臨床醫學無法學到的藥學特有科目有藥物化學、生藥學、藥用植物學，中藥化學，分析化學等等。

臨床醫學的培養目標單一，就是臨床醫生，藥學培養目標是藥劑科人員、藥廠技術人員這些領域。

一、領域不同

醫學，是透過科學或技術的手段處理人體的各種疾病或病變。它是生物學的應用學科，分基礎醫學、臨床醫學。從解剖層面和分子遺傳層面來處理人體疾病的高階科學。醫學是系統掌握人體疾病治療、臨床疾病治療、以及怎麼樣手術等，即通常所說的看病的學問。

藥學是連線健康科學和化學科學的醫療保健行業，它承擔著確保藥品的安全和有效使用的職責。主要任務是不斷提供更有效的藥物和提高藥物質量，保證用藥安全，使病患得以以傷害最小，效益最大的方式治療或治癒疾病。

二、培養目標不同

醫學是系統掌握人體疾病治療、臨床疾病治療、以及怎麼樣手術等，即通常所說的看病的學問，從事這方面工作的，叫醫師。它是一個從預防到治療疾病的系統學科，研究領域大方向包括基礎醫學、臨床醫學、法醫學、檢驗醫學、預防醫學、保健醫學、康復醫學等。

藥學專業是培養具備藥學學科基本理論、基本知識和實驗技能，能在藥品生產、檢驗、流通、使用和研究與開發領域從事鑑定、藥物設計、一般藥物製劑及臨床合理用藥等方面工作的高階科學技術人才。從事此方面工作的，叫藥師或藥劑師。

三、特質不同

藥學主要根據藥品的藥理、藥劑、生產過程、生產加工等，研究和使用藥品來給人們治療的學問，從事此方面工作的，叫藥師或藥劑師。

通俗的講，醫學是使用藥物治療疾病，注重的是治療疾病。藥學是研究疾病研製藥物，注重的是研製藥物。

擴充套件資料：

醫學以治療預防生理疾病和提高人體生理機體健康為目的。狹義的醫學只是疾病的治療和機體有效功能的恢復，廣義的醫學還包括中國養生學和由此衍生的西方的營養學。

世界上醫學主要有西方微觀西醫學和東方宏觀中醫學兩大系統體系。醫學的科學性在於應用基礎醫學的理論不斷完善和實踐的驗證，例如生化、生理、微生物學、解剖、病理學、藥理學、統計學、流行病學，中醫學及中醫技能等，來治療疾病與促進健康。

雖然東西方由於思維方式的不同導致研究人體健康與外界聯絡及病理機制的宏觀微觀順序不同，但在不遠的將來中西醫實踐的豐富經驗的積累和理論的形成必將誕生新的醫學——人類醫學。

醫學可分為現代醫學（即通常說的西醫學）和傳統醫學（包括中（漢）醫、藏醫、蒙醫、維醫、朝醫、彝醫、壯醫、苗醫、傣醫等）多種醫學體系。不同地區和民族都有相應的一些醫學體系，宗旨和目的不相同。印度傳統醫學系統也被認為很發達。