這個問題要分成這樣幾個部分來回答：

1，不是所有的飛機的引擎都是放在機翼下面，也有放在機身裡面的。這個我就不詳細舉例了，其他的回答裡面提到了很多種發動機的安裝方式，尤其是現代戰鬥機為了獲得最好的氣動外形，都會選擇在機身內部安裝發動機。

2，為什麼有些飛機沒有把發動機安裝在機身上，而是要安裝在機身的兩側（在機翼上或者在機身尾部的兩側——比如下圖所示的三叉戟飛機）?

↑三叉戟飛機的發動機位於機身尾部 ↑

有一些飛機由於承擔有客運、貨運的任務，機身的空間很寶貴，所以不會選擇把所有發動機安裝在機身內部。

3，如果飛機要把發動機安裝在機身的兩側，為什麼不跟機翼設計成一體的？

首先，曾經出現過發動機與機翼融為一體的飛機，最典型的是美國的B-2隱形轟炸機（實際上發動機在機翼上還是會突出出來）。

↑發動機與機翼融合的B-2隱形轟炸機↑

非典型的發動機與機翼融合的例子有其他回答問題的答主提到了，德哈維蘭彗星機型。但是，這樣的發動機與機翼融合的結構有很大的不便與隱患：

a，上文也提到了，這些選擇將發動機安裝在機翼位置的飛機一般是客機或者貨機，所以一般面臨長時間的飛行任務，對發動機可靠性要求較高，所以對發動機檢修較為頻繁，如果是外接發動機，那麼簡單的外場檢修很容易就可以完成，如下圖所示，甚至於只需要開啟短艙蓋就可以進行發動機的檢修工作。如果採用安裝在內部的發動機方案，無疑是增加了難度，沒有很高的經濟性與便捷性；

b，客機/貨機對發動機的經濟性要求很高，簡單的說就是要省油，所以一般採用大涵道比渦扇發動機——最簡單的說，就是發動機直徑非常大，如果還是要將發動機埋入到機翼內部，那麼無疑飛機的機翼也要做的非常厚，這麼一來，不僅要將機翼做的更重，而且還要考慮到這麼厚的機翼產生的阻力也是很可觀的，此消彼長，發動機-機翼一體化結構帶來的氣動效能的改善就不那麼明顯了；

c，與很多人想象的不一樣，飛機的翅膀不是一個實心的大鐵片，甚至於可以說機翼內是空蕩蕩的。如下圖所示，機翼的內部結構簡單說，就是幾根主要的骨頭外面蒙上一層皮而已。並且可以注意到，裡面有一個叫做“翼梁”的結構，其作用基本上跟房子的大梁是一個意思，這根梁是非常重要、決定了機翼的強度的。如果要在機翼內安裝發動機，那麼無疑要把這根梁打斷。好比方說，你要在你家房子的大梁上掛個吊燈，沒有問題，多重的都行，但是如果你要把這個燈裝到大梁裡面，你看看哪個施工隊敢給你幹這個活兒？

↑飛機機翼的內部結構↑

4，是不是發動機吊在機翼的下方就一點兒缺點沒有呢？

這當然也不是的，發動機放在機翼下方確實是一塊阻力，如果可以消除掉這塊阻力對於飛機而言也有很多好處，但是跟要付出的代價相比，還是有點兒得不償失的。飛機的設計本質上是一個系統工程，不能只看一方面的好處，二是要綜合考慮各個因素，才有可能獲得最好的設計。

誰說沒有在機身裡面的？殲五，殲六，殲七還有殲八I二，殲十，F16，梟龍等等不都是裝在機身裡面嗎，客機裡三發飛機有一臺發動機也是裝在機身裡面的，像波音727，圖154，MD10，就是。