生態甲魚養殖用水，應是無工業“三廢“及農業、城鎮生活、醫療廢棄物汙染的水源。符合 《 無公害食品淡水養殖用水水質 》 的規定。投種前要求徹底清塘消毒，每畝水深 1 米，用生石灰 250 斤化水全池潑灑。養殖過程中，每 15 -20 天潑灑生石灰，改善水質，一般每畝 40 斤左右。甲魚養殖技術的"三關鍵"和"五原則"

一般情況下甲魚對水質的要求包含PH值、溶解氧、氨氮含量、H2S等方面。PH值：當PH值較高時甲魚分泌物增加，氨氮毒性增強，當PH值較低時，甲魚的呼吸頻率加大，活動降低，水質弱鹼時能夠有效的防止黴菌的生長，通常適宜的PH值為7.5-8.5。

溶解氧：甲魚既可以使用鰓呼吸，也可以使用肺呼吸，當水中溶氧量低時，甲魚必須浮在水面用肺進行呼吸，需要消耗大量的體能，導致甲魚偏瘦，所以為了後期的經濟效益，一般需要保證水中的溶氧量在4mg/L以上，必要情況下使用增氧機進行增氧。

氨氮含量：氨氮含量過高時，容易造成甲魚的急性中毒，影響甲魚的生長，一般情況要求氨氮的含量在10mg/L以下，當氨氮含量過高時需要及時的注入新水。H2S：水中硫化物一般都是以H2S的形式存在，其具有毒性，不利於甲魚的正常生長，需要定期對水體進行消毒降低H2S的含量。

純淨水或者礦泉水，水質好而且有保護裝置的作用。如果沒有條件可以用自來水，但要放兩天才可以。