第一條 為了防治畜禽養殖汙染，推進畜禽養殖廢棄物的綜合利用和無害化處理，保護和改善環境，保障公眾身體健康，促進畜牧業持續健康發展，制定本條例。
第二條 本條例適用於畜禽養殖場、養殖小區的養殖汙染防治。
畜禽養殖場、養殖小區的規模標準根據畜牧業發展狀況和畜禽養殖汙染防治要求確定。
牧區放牧養殖汙染防治，不適用本條例。
第三條 畜禽養殖汙染防治，應當統籌考慮保護環境與促進畜牧業發展的需要，堅持預防為主、防治結合的原則，實行統籌規劃、合理佈局、綜合利用、激勵引導。
第四條 各級人民政府應當加強對畜禽養殖汙染防治工作的組織領導，採取有效措施，加大資金投入，扶持畜禽養殖汙染防治以及畜禽養殖廢棄物綜合利用。
第五條 縣級以上人民政府環境保護主管部門負責畜禽養殖汙染防治的統一監督管理。
縣級以上人民政府農牧主管部門負責畜禽養殖廢棄物綜合利用的指導和服務。
縣級以上人民政府迴圈經濟發展綜合管理部門負責畜禽養殖迴圈經濟工作的組織協調。
縣級以上人民政府其他有關部門依照本條例規定和各自職責，負責畜禽養殖汙染防治相關工作。
鄉鎮人民政府應當協助有關部門做好本行政區域的畜禽養殖汙染防治工作。
第六條 從事畜禽養殖以及畜禽養殖廢棄物綜合利用和無害化處理活動，應當符合國家有關畜禽養殖汙染防治的要求，並依法接受有關主管部門的監督檢查。
第七條 國家鼓勵和支援畜禽養殖汙染防治以及畜禽養殖廢棄物綜合利用和無害化處理的科學技術研究和裝備研發。各級人民政府應當支援先進適用技術的推廣，促進畜禽養殖汙染防治水平的提高。
第八條 任何單位和個人對違反本條例規定的行為，有權向縣級以上人民政府環境保護等有關部門舉報。接到舉報的部門應當及時調查處理。
對在畜禽養殖汙染防治中作出突出貢獻的單位和個人，按照國家有關規定給予表彰和獎勵。
第二章 預 防
第九條 縣級以上人民政府農牧主管部門編制畜牧業發展規劃，報本級人民政府或者其授權的部門批准實施。畜牧業發展規劃應當統籌考慮環境承載能力以及畜禽養殖汙染防治要求，合理佈局，科學確定畜禽養殖的品種、規模、總量。
第十條 縣級以上人民政府環境保護主管部門會同農牧主管部門編制畜禽養殖汙染防治規劃，報本級人民政府或者其授權的部門批准實施。畜禽養殖汙染防治規劃應當與畜牧業發展規劃相銜接，統籌考慮畜禽養殖生產佈局，明確畜禽養殖汙染防治目標、任務、重點區域，明確汙染治理重點設施建設，以及廢棄物綜合利用等汙染防治措施。
第十一條 禁止在下列區域內建設畜禽養殖場、養殖小區：
（一）飲用水水源保護區，風景名勝區；
（二）自然保護區的核心區和緩衝區；
（三）城鎮居民區、文化教育科學研究區等人口集中區域；
（四）法律、法規規定的其他禁止養殖區域。
第十二條 新建、改建、擴建畜禽養殖場、養殖小區，應當符合畜牧業發展規劃、畜禽養殖汙染防治規劃，滿足動物防疫條件，並進行環境影響評價。對環境可能造成重大影響的大型畜禽養殖場、養殖小區，應當編制環境影響報告書；其他畜禽養殖場、養殖小區應當填報環境影響登記表。大型畜禽養殖場、養殖小區的管理目錄，由國務院環境保護主管部門商國務院農牧主管部門確定。
環境影響評價的重點應當包括：畜禽養殖產生的廢棄物種類和數量，廢棄物綜合利用和無害化處理方案和措施，廢棄物的消納和處理情況以及向環境直接排放的情況，最終可能對水體、土壤等環境和人體健康產生的影響以及控制和減少影響的方案和措施等。
第十三條 畜禽養殖場、養殖小區應當根據養殖規模和汙染防治需要，建設相應的畜禽糞便、汙水與雨水分流設施，畜禽糞便、汙水的貯存設施，糞汙厭氧消化和堆漚、有機肥加工、製取沼氣、沼渣沼液分離和輸送、汙水處理、畜禽屍體處理等綜合利用和無害化處理設施。已經委託他人對畜禽養殖廢棄物代為綜合利用和無害化處理的，可以不自行建設綜合利用和無害化處理設施。
未建設汙染防治配套設施、自行建設的配套設施不合格，或者未委託他人對畜禽養殖廢棄物進行綜合利用和無害化處理的，畜禽養殖場、養殖小區不得投入生產或者使用。
畜禽養殖場、養殖小區自行建設汙染防治配套設施的，應當確保其正常執行。
第十四條 從事畜禽養殖活動，應當採取科學的飼養方式和廢棄物處理工藝等有效措施，減少畜禽養殖廢棄物的產生量和向環境的排放量。
第三章 綜合利用與治理
第十五條 國家鼓勵和支援採取糞肥還田、製取沼氣、製造有機肥等方法，對畜禽養殖廢棄物進行綜合利用。
第十六條 國家鼓勵和支援採取種植和養殖相結合的方式消納利用畜禽養殖廢棄物，促進畜禽糞便、汙水等廢棄物就地就近利用。
第十七條 國家鼓勵和支援沼氣製取、有機肥生產等廢棄物綜合利用以及沼渣沼液輸送和施用、沼氣發電等相關配套設施建設。
第十八條 將畜禽糞便、汙水、沼渣、沼液等用作肥料的，應當與土地的消納能力相適應，並採取有效措施，消除可能引起傳染病的微生物，防止汙染環境和傳播疫病。
第十九條 從事畜禽養殖活動和畜禽養殖廢棄物處理活動，應當及時對畜禽糞便、畜禽屍體、汙水等進行收集、貯存、清運，防止惡臭和畜禽養殖廢棄物滲出、洩漏。
第二十條 向環境排放經過處理的畜禽養殖廢棄物，應當符合國家和地方規定的汙染物排放標準和總量控制指標。畜禽養殖廢棄物未經處理，不得直接向環境排放。
第二十一條 染疫畜禽以及染疫畜禽排洩物、染疫畜禽產品、病死或者死因不明的畜禽屍體等病害畜禽養殖廢棄物，應當按照有關法律、法規和國務院農牧主管部門的規定，進行深埋、化制、焚燒等無害化處理，不得隨意處置。
第二十二條 畜禽養殖場、養殖小區應當定期將畜禽養殖品種、規模以及畜禽養殖廢棄物的產生、排放和綜合利用等情況，報縣級人民政府環境保護主管部門備案。環境保護主管部門應當定期將備案情況抄送同級農牧主管部門。
第二十三條 縣級以上人民政府環境保護主管部門應當依據職責對畜禽養殖汙染防治情況進行監督檢查，並加強對畜禽養殖環境汙染的監測。
鄉鎮人民政府、基層群眾自治組織發現畜禽養殖環境汙染行為的，應當及時制止和報告。
第二十四條 對汙染嚴重的畜禽養殖密集區域，市、縣人民政府應當制定綜合整治方案，採取組織建設畜禽養殖廢棄物綜合利用和無害化處理設施、有計劃搬遷或者關閉畜禽養殖場所等措施，對畜禽養殖汙染進行治理。
第二十五條 因畜牧業發展規劃、土地利用總體規劃、城鄉規劃調整以及劃定禁止養殖區域，或者因對汙染嚴重的畜禽養殖密集區域進行綜合整治，確需關閉或者搬遷現有畜禽養殖場所，致使畜禽養殖者遭受經濟損失的，由縣級以上地方人民政府依法予以補償。
第四章 激勵措施
第二十六條 縣級以上人民政府應當採取示範獎勵等措施，扶持規模化、標準化畜禽養殖，支援畜禽養殖場、養殖小區進行標準化改造和汙染防治設施建設與改造，鼓勵分散飼養向集約飼養方式轉變。
第二十七條 縣級以上地方人民政府在組織編制土地利用總體規劃過程中，應當統籌安排，將規模化畜禽養殖用地納入規劃，落實養殖用地。
國家鼓勵利用廢棄地和荒山、荒溝、荒丘、荒灘等未利用地開展規模化、標準化畜禽養殖。
畜禽養殖用地按農用地管理，並按照國家有關規定確定生產設施用地和必要的汙染防治等附屬設施用地。
第二十八條 建設和改造畜禽養殖汙染防治設施，可以按照國家規定申請包括汙染治理貸款貼息補助在內的環境保護等相關資金支援。
第二十九條 進行畜禽養殖汙染防治，從事利用畜禽養殖廢棄物進行有機肥產品生產經營等畜禽養殖廢棄物綜合利用活動的，享受國家規定的相關稅收優惠政策。
第三十條 利用畜禽養殖廢棄物生產有機肥產品的，享受國家關於化肥運力安排等支援政策；購買使用有機肥產品的，享受不低於國家關於化肥的使用補貼等優惠政策。
畜禽養殖場、養殖小區的畜禽養殖汙染防治設施執行用電執行農業用電價格。
第三十一條 國家鼓勵和支援利用畜禽養殖廢棄物進行沼氣發電，自發自用、多餘電量接入電網。電網企業應當依照法律和國家有關規定為沼氣發電提供無歧視的電網接入服務，並全額收購其電網覆蓋範圍內符合併網技術標準的多餘電量。
利用畜禽養殖廢棄物進行沼氣發電的，依法享受國家規定的上網電價優惠政策。利用畜禽養殖廢棄物製取沼氣或進而製取天然氣的，依法享受新能源優惠政策。
第三十二條 地方各級人民政府可以根據本地區實際，對畜禽養殖場、養殖小區支出的建設專案環境影響諮詢費用給予補助。
第三十三條 國家鼓勵和支援對染疫畜禽、病死或者死因不明畜禽屍體進行集中無害化處理，並按照國家有關規定對處理費用、養殖損失給予適當補助。
第三十四條 畜禽養殖場、養殖小區排放汙染物符合國家和地方規定的汙染物排放標準和總量控制指標，自願與環境保護主管部門簽訂進一步削減汙染物排放量協議的，由縣級人民政府按照國家有關規定給予獎勵，並優先列入縣級以上人民政府安排的環境保護和畜禽養殖發展相關財政資金扶持範圍。
第三十五條 畜禽養殖戶自願建設綜合利用和無害化處理設施、採取措施減少汙染物排放的，可以依照本條例規定享受相關激勵和扶持政策。
第五章 法律責任
第三十六條 各級人民政府環境保護主管部門、農牧主管部門以及其他有關部門未依照本條例規定履行職責的，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員依法給予處分；直接負責的主管人員和其他直接責任人員構成犯罪的，依法追究刑事責任。
第三十七條 違反本條例規定，在禁止養殖區域內建設畜禽養殖場、養殖小區的，由縣級以上地方人民政府環境保護主管部門責令停止違法行為；拒不停止違法行為的，處3萬元以上10萬元以下的罰款，並報縣級以上人民政府責令拆除或者關閉。在飲用水水源保護區建設畜禽養殖場、養殖小區的，由縣級以上地方人民政府環境保護主管部門責令停止違法行為，處10萬元以上50萬元以下的罰款，並報經有批准權的人民政府批准，責令拆除或者關閉。
第三十八條 違反本條例規定，畜禽養殖場、養殖小區依法應當進行環境影響評價而未進行的，由有權審批該專案環境影響評價檔案的環境保護主管部門責令停止建設，限期補辦手續；逾期不補辦手續的，處5萬元以上20萬元以下的罰款。
第三十九條 違反本條例規定，未建設汙染防治配套設施或者自行建設的配套設施不合格，也未委託他人對畜禽養殖廢棄物進行綜合利用和無害化處理，畜禽養殖場、養殖小區即投入生產、使用，或者建設的汙染防治配套設施未正常執行的，由縣級以上人民政府環境保護主管部門責令停止生產或者使用，可以處10萬元以下的罰款。
第四十條 違反本條例規定，有下列行為之一的，由縣級以上地方人民政府環境保護主管部門責令停止違法行為，限期採取治理措施消除汙染，依照《中華人民共和國水汙染防治法》、《中華人民共和國固體廢物汙染環境防治法》的有關規定予以處罰：
（一）將畜禽養殖廢棄物用作肥料，超出土地消納能力，造成環境汙染的；
（二）從事畜禽養殖活動或者畜禽養殖廢棄物處理活動，未採取有效措施，導致畜禽養殖廢棄物滲出、洩漏的。
第四十一條 排放畜禽養殖廢棄物不符合國家或者地方規定的汙染物排放標準或者總量控制指標，或者未經無害化處理直接向環境排放畜禽養殖廢棄物的，由縣級以上地方人民政府環境保護主管部門責令限期治理，可以處5萬元以下的罰款。縣級以上地方人民政府環境保護主管部門作出限期治理決定後，應當會同同級人民政府農牧等有關部門對整改措施的落實情況及時進行核查，並向社會公佈核查結果。
第四十二條 未按照規定對染疫畜禽和病害畜禽養殖廢棄物進行無害化處理的，由動物衛生監督機構責令無害化處理，所需處理費用由違法行為人承擔，可以處3000元以下的罰款。
第一條 為了防治畜禽養殖汙染，推進畜禽養殖廢棄物的綜合利用和無害化處理，保護和改善環境，保障公眾身體健康，促進畜牧業持續健康發展，制定本條例。
第二條 本條例適用於畜禽養殖場、養殖小區的養殖汙染防治。
畜禽養殖場、養殖小區的規模標準根據畜牧業發展狀況和畜禽養殖汙染防治要求確定。
牧區放牧養殖汙染防治，不適用本條例。
第三條 畜禽養殖汙染防治，應當統籌考慮保護環境與促進畜牧業發展的需要，堅持預防為主、防治結合的原則，實行統籌規劃、合理佈局、綜合利用、激勵引導。
第四條 各級人民政府應當加強對畜禽養殖汙染防治工作的組織領導，採取有效措施，加大資金投入，扶持畜禽養殖汙染防治以及畜禽養殖廢棄物綜合利用。
第五條 縣級以上人民政府環境保護主管部門負責畜禽養殖汙染防治的統一監督管理。
縣級以上人民政府農牧主管部門負責畜禽養殖廢棄物綜合利用的指導和服務。
縣級以上人民政府迴圈經濟發展綜合管理部門負責畜禽養殖迴圈經濟工作的組織協調。
縣級以上人民政府其他有關部門依照本條例規定和各自職責，負責畜禽養殖汙染防治相關工作。
鄉鎮人民政府應當協助有關部門做好本行政區域的畜禽養殖汙染防治工作。
第六條 從事畜禽養殖以及畜禽養殖廢棄物綜合利用和無害化處理活動，應當符合國家有關畜禽養殖汙染防治的要求，並依法接受有關主管部門的監督檢查。
第七條 國家鼓勵和支援畜禽養殖汙染防治以及畜禽養殖廢棄物綜合利用和無害化處理的科學技術研究和裝備研發。各級人民政府應當支援先進適用技術的推廣，促進畜禽養殖汙染防治水平的提高。
第八條 任何單位和個人對違反本條例規定的行為，有權向縣級以上人民政府環境保護等有關部門舉報。接到舉報的部門應當及時調查處理。
對在畜禽養殖汙染防治中作出突出貢獻的單位和個人，按照國家有關規定給予表彰和獎勵。
第二章 預 防
第九條 縣級以上人民政府農牧主管部門編制畜牧業發展規劃，報本級人民政府或者其授權的部門批准實施。畜牧業發展規劃應當統籌考慮環境承載能力以及畜禽養殖汙染防治要求，合理佈局，科學確定畜禽養殖的品種、規模、總量。
第十條 縣級以上人民政府環境保護主管部門會同農牧主管部門編制畜禽養殖汙染防治規劃，報本級人民政府或者其授權的部門批准實施。畜禽養殖汙染防治規劃應當與畜牧業發展規劃相銜接，統籌考慮畜禽養殖生產佈局，明確畜禽養殖汙染防治目標、任務、重點區域，明確汙染治理重點設施建設，以及廢棄物綜合利用等汙染防治措施。
第十一條 禁止在下列區域內建設畜禽養殖場、養殖小區：
（一）飲用水水源保護區，風景名勝區；
（二）自然保護區的核心區和緩衝區；
（三）城鎮居民區、文化教育科學研究區等人口集中區域；
（四）法律、法規規定的其他禁止養殖區域。
第十二條 新建、改建、擴建畜禽養殖場、養殖小區，應當符合畜牧業發展規劃、畜禽養殖汙染防治規劃，滿足動物防疫條件，並進行環境影響評價。對環境可能造成重大影響的大型畜禽養殖場、養殖小區，應當編制環境影響報告書；其他畜禽養殖場、養殖小區應當填報環境影響登記表。大型畜禽養殖場、養殖小區的管理目錄，由國務院環境保護主管部門商國務院農牧主管部門確定。
環境影響評價的重點應當包括：畜禽養殖產生的廢棄物種類和數量，廢棄物綜合利用和無害化處理方案和措施，廢棄物的消納和處理情況以及向環境直接排放的情況，最終可能對水體、土壤等環境和人體健康產生的影響以及控制和減少影響的方案和措施等。
第十三條 畜禽養殖場、養殖小區應當根據養殖規模和汙染防治需要，建設相應的畜禽糞便、汙水與雨水分流設施，畜禽糞便、汙水的貯存設施，糞汙厭氧消化和堆漚、有機肥加工、製取沼氣、沼渣沼液分離和輸送、汙水處理、畜禽屍體處理等綜合利用和無害化處理設施。已經委託他人對畜禽養殖廢棄物代為綜合利用和無害化處理的，可以不自行建設綜合利用和無害化處理設施。
未建設汙染防治配套設施、自行建設的配套設施不合格，或者未委託他人對畜禽養殖廢棄物進行綜合利用和無害化處理的，畜禽養殖場、養殖小區不得投入生產或者使用。
畜禽養殖場、養殖小區自行建設汙染防治配套設施的，應當確保其正常執行。
第十四條 從事畜禽養殖活動，應當採取科學的飼養方式和廢棄物處理工藝等有效措施，減少畜禽養殖廢棄物的產生量和向環境的排放量。
第三章 綜合利用與治理
第十五條 國家鼓勵和支援採取糞肥還田、製取沼氣、製造有機肥等方法，對畜禽養殖廢棄物進行綜合利用。
第十六條 國家鼓勵和支援採取種植和養殖相結合的方式消納利用畜禽養殖廢棄物，促進畜禽糞便、汙水等廢棄物就地就近利用。
第十七條 國家鼓勵和支援沼氣製取、有機肥生產等廢棄物綜合利用以及沼渣沼液輸送和施用、沼氣發電等相關配套設施建設。
第十八條 將畜禽糞便、汙水、沼渣、沼液等用作肥料的，應當與土地的消納能力相適應，並採取有效措施，消除可能引起傳染病的微生物，防止汙染環境和傳播疫病。
第十九條 從事畜禽養殖活動和畜禽養殖廢棄物處理活動，應當及時對畜禽糞便、畜禽屍體、汙水等進行收集、貯存、清運，防止惡臭和畜禽養殖廢棄物滲出、洩漏。
第二十條 向環境排放經過處理的畜禽養殖廢棄物，應當符合國家和地方規定的汙染物排放標準和總量控制指標。畜禽養殖廢棄物未經處理，不得直接向環境排放。
第二十一條 染疫畜禽以及染疫畜禽排洩物、染疫畜禽產品、病死或者死因不明的畜禽屍體等病害畜禽養殖廢棄物，應當按照有關法律、法規和國務院農牧主管部門的規定，進行深埋、化制、焚燒等無害化處理，不得隨意處置。
第二十二條 畜禽養殖場、養殖小區應當定期將畜禽養殖品種、規模以及畜禽養殖廢棄物的產生、排放和綜合利用等情況，報縣級人民政府環境保護主管部門備案。環境保護主管部門應當定期將備案情況抄送同級農牧主管部門。
第二十三條 縣級以上人民政府環境保護主管部門應當依據職責對畜禽養殖汙染防治情況進行監督檢查，並加強對畜禽養殖環境汙染的監測。
鄉鎮人民政府、基層群眾自治組織發現畜禽養殖環境汙染行為的，應當及時制止和報告。
第二十四條 對汙染嚴重的畜禽養殖密集區域，市、縣人民政府應當制定綜合整治方案，採取組織建設畜禽養殖廢棄物綜合利用和無害化處理設施、有計劃搬遷或者關閉畜禽養殖場所等措施，對畜禽養殖汙染進行治理。
第二十五條 因畜牧業發展規劃、土地利用總體規劃、城鄉規劃調整以及劃定禁止養殖區域，或者因對汙染嚴重的畜禽養殖密集區域進行綜合整治，確需關閉或者搬遷現有畜禽養殖場所，致使畜禽養殖者遭受經濟損失的，由縣級以上地方人民政府依法予以補償。
第四章 激勵措施
第二十六條 縣級以上人民政府應當採取示範獎勵等措施，扶持規模化、標準化畜禽養殖，支援畜禽養殖場、養殖小區進行標準化改造和汙染防治設施建設與改造，鼓勵分散飼養向集約飼養方式轉變。
第二十七條 縣級以上地方人民政府在組織編制土地利用總體規劃過程中，應當統籌安排，將規模化畜禽養殖用地納入規劃，落實養殖用地。
國家鼓勵利用廢棄地和荒山、荒溝、荒丘、荒灘等未利用地開展規模化、標準化畜禽養殖。
畜禽養殖用地按農用地管理，並按照國家有關規定確定生產設施用地和必要的汙染防治等附屬設施用地。
第二十八條 建設和改造畜禽養殖汙染防治設施，可以按照國家規定申請包括汙染治理貸款貼息補助在內的環境保護等相關資金支援。
第二十九條 進行畜禽養殖汙染防治，從事利用畜禽養殖廢棄物進行有機肥產品生產經營等畜禽養殖廢棄物綜合利用活動的，享受國家規定的相關稅收優惠政策。
第三十條 利用畜禽養殖廢棄物生產有機肥產品的，享受國家關於化肥運力安排等支援政策；購買使用有機肥產品的，享受不低於國家關於化肥的使用補貼等優惠政策。
畜禽養殖場、養殖小區的畜禽養殖汙染防治設施執行用電執行農業用電價格。
第三十一條 國家鼓勵和支援利用畜禽養殖廢棄物進行沼氣發電，自發自用、多餘電量接入電網。電網企業應當依照法律和國家有關規定為沼氣發電提供無歧視的電網接入服務，並全額收購其電網覆蓋範圍內符合併網技術標準的多餘電量。
利用畜禽養殖廢棄物進行沼氣發電的，依法享受國家規定的上網電價優惠政策。利用畜禽養殖廢棄物製取沼氣或進而製取天然氣的，依法享受新能源優惠政策。
第三十二條 地方各級人民政府可以根據本地區實際，對畜禽養殖場、養殖小區支出的建設專案環境影響諮詢費用給予補助。
第三十三條 國家鼓勵和支援對染疫畜禽、病死或者死因不明畜禽屍體進行集中無害化處理，並按照國家有關規定對處理費用、養殖損失給予適當補助。
第三十四條 畜禽養殖場、養殖小區排放汙染物符合國家和地方規定的汙染物排放標準和總量控制指標，自願與環境保護主管部門簽訂進一步削減汙染物排放量協議的，由縣級人民政府按照國家有關規定給予獎勵，並優先列入縣級以上人民政府安排的環境保護和畜禽養殖發展相關財政資金扶持範圍。
第三十五條 畜禽養殖戶自願建設綜合利用和無害化處理設施、採取措施減少汙染物排放的，可以依照本條例規定享受相關激勵和扶持政策。
第五章 法律責任
第三十六條 各級人民政府環境保護主管部門、農牧主管部門以及其他有關部門未依照本條例規定履行職責的，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員依法給予處分；直接負責的主管人員和其他直接責任人員構成犯罪的，依法追究刑事責任。
第三十七條 違反本條例規定，在禁止養殖區域內建設畜禽養殖場、養殖小區的，由縣級以上地方人民政府環境保護主管部門責令停止違法行為；拒不停止違法行為的，處3萬元以上10萬元以下的罰款，並報縣級以上人民政府責令拆除或者關閉。在飲用水水源保護區建設畜禽養殖場、養殖小區的，由縣級以上地方人民政府環境保護主管部門責令停止違法行為，處10萬元以上50萬元以下的罰款，並報經有批准權的人民政府批准，責令拆除或者關閉。
第三十八條 違反本條例規定，畜禽養殖場、養殖小區依法應當進行環境影響評價而未進行的，由有權審批該專案環境影響評價檔案的環境保護主管部門責令停止建設，限期補辦手續；逾期不補辦手續的，處5萬元以上20萬元以下的罰款。
第三十九條 違反本條例規定，未建設汙染防治配套設施或者自行建設的配套設施不合格，也未委託他人對畜禽養殖廢棄物進行綜合利用和無害化處理，畜禽養殖場、養殖小區即投入生產、使用，或者建設的汙染防治配套設施未正常執行的，由縣級以上人民政府環境保護主管部門責令停止生產或者使用，可以處10萬元以下的罰款。
第四十條 違反本條例規定，有下列行為之一的，由縣級以上地方人民政府環境保護主管部門責令停止違法行為，限期採取治理措施消除汙染，依照《中華人民共和國水汙染防治法》、《中華人民共和國固體廢物汙染環境防治法》的有關規定予以處罰：
（一）將畜禽養殖廢棄物用作肥料，超出土地消納能力，造成環境汙染的；
（二）從事畜禽養殖活動或者畜禽養殖廢棄物處理活動，未採取有效措施，導致畜禽養殖廢棄物滲出、洩漏的。
第四十一條 排放畜禽養殖廢棄物不符合國家或者地方規定的汙染物排放標準或者總量控制指標，或者未經無害化處理直接向環境排放畜禽養殖廢棄物的，由縣級以上地方人民政府環境保護主管部門責令限期治理，可以處5萬元以下的罰款。縣級以上地方人民政府環境保護主管部門作出限期治理決定後，應當會同同級人民政府農牧等有關部門對整改措施的落實情況及時進行核查，並向社會公佈核查結果。
第四十二條 未按照規定對染疫畜禽和病害畜禽養殖廢棄物進行無害化處理的，由動物衛生監督機構責令無害化處理，所需處理費用由違法行為人承擔，可以處3000元以下的罰款。