元始天尊和如來佛祖是兩個教派的，不屬於同一家，無法比較。

如來佛祖是佛教領導者，元始天尊是道教的領袖之一，位列三清。

佛家與道家的領袖是無法比較誰大誰小的，按照神話故事裡的級別，三清地位是極高的，連玉皇大帝都要敬重他們。但在封神榜等神話裡，如來佛祖和三清又是同一級別的。

元始天尊與如來佛祖，元始天尊大。

元始天尊，又名“玉清元始天尊”、“玉清大帝”、“天寶君”，全稱“玉清聖境虛無自然原始天尊”。在“三清”之中位為最尊，也稱原始天王，神仙中的第一位尊神。他是道教開天闢地之神，為上古盤古氏尊謂，稱玉清元始天尊，也稱原始天王。元始天尊生於混沌之前，太無之先，元氣之始，故名“元始”。



元始天尊大。按照洪荒就小說來算的話，元始天尊是由盤古死後的元神，一分為三所化，其中之一，另兩個是老子和通天教主，他們三個後來都成了聖人，不死不滅。天地不存而聖人存。西方教的聖人是準提，接引。而後來的如來佛祖，只是通天教主的大弟子多寶加入西方教後的稱號，如來佛祖不是聖人。

在洪荒神話中，元始天尊比如來佛祖大。元始天尊是盤古正統，一氣化三清，太清，玉清，上清，分別為老子聖人，元始聖人，通天聖人。

後來，元始天尊創立闡教，通天教主創立截教，有一徒弟多寶道人，即未來的如來佛祖，所以如來佛祖應該叫元始天尊師伯。

元始天尊是道教。如來是佛教。屬於中國古代三大教。