三眼瑪瑙手串的價格需要根據具體的品質進行判斷。

三眼瑪瑙手串其實是三眼天珠瑪瑙手串，因為天珠含有玉質及瑪瑙的成分，而在市場中天然的三眼天珠瑪瑙手串價值就比較高，在市場中價格通常在幾百元到幾千元不等。如果三眼天珠瑪瑙是人工製作而成，那麼其價格也是在百元到幾百元左右。而天然的三眼瑪瑙手串指使用純天然材料僅經過打磨而成的天珠，不是人工燒製而成的三眼瑪瑙手串。

天然天珠是指使用純天然材料僅經過打磨而成的天珠，一種是由海螺化石打磨而成的天珠，叫法螺天珠；另一種是由含玉質及瑪瑙成分的九眼石頁岩打磨而成的天珠，叫九眼石頁岩天珠，也叫天眼天珠。這兩種天然老天珠由於當時原材料的稀缺數量稀少，流傳下來的極其罕見，最著名的就是供奉在西藏大昭寺的國寶九眼法螺天珠王。

而在市場中的三眼瑪瑙手串水分比較多，通常都是人工燒製而成的比較多。因此這種人工燒製而成的三眼瑪瑙手串在市場中價值不高，通常在百元到幾百元左右。如果是純天然打磨而成的三眼瑪瑙手串，其價格在幾百元到幾千元不等。這是因為天然打磨而成的三眼瑪瑙手串又稱之為三眼天珠瑪瑙手串，不過在目前的市場中大部分都是人工燒製而成。

通常在西藏地區真的三眼天珠瑪瑙手串也比較少，更不用說在一些普通市場中的三眼瑪瑙手串的。而最早的天然天珠是由海螺化石打磨而成，後來由於化石的稀缺，古西藏人開始採用一種含玉質及瑪瑙成分的沉積岩打磨天珠，這種沉積岩有極強的磁場，天然形成的規則圖案，以眼球為主，輔以三角形、四邊形等，據稱可辟邪。琢磨後的成品凸顯眼球妝紋飾，是價格無法估量的佛教聖物—天珠。現如今隨著藏傳佛教的興起人們開始大批加工天珠，人工天珠多數採用含鉛的塗料畫的眼睛，然後在高溫燒製。