方孝孺有位兄長方孝聞，他致力學問，舉止淳厚，先於方孝孺去世。弟弟方孝友與方孝孺一同赴刑場，也賦詩一首而死。妻子鄭氏及兩個兒子中憲、中愈事先自縊身亡，兩個女兒跳進秦淮河溺死 。

方孝孺的著作從此也被列為禁書，永樂年間凡藏書者皆為死罪。但是，仍有人冒死藏之，如《侯城集》等，使方孝孺的文章得以傳世。

方孝孺的妻子、兩個兒子上吊死了，兩個女兒投秦淮河而死

歷史上有許許多多慘死的人，最慘的莫過於株連九族，牽涉面之廣，可以說這全族已經差不多被滅了。然而，在明朝的歷史上，有那麼一個人，他被誅十族；他也是一代名儒，叫方孝孺，他也是明朝歷史上死得最慘的人，沒有之一。

方孝孺從小就是個神童，根據《明史·方孝孺傳》記載：“孝孺幼警敏，雙眸炯炯，讀書日盈寸，鄉人目為小韓子。”他小時就讀書破萬卷，別人都稱他為小韓愈。十五歲的時候，跟隨父兄北上，師從宋濂學習。宋濂是誰?那是“開國文臣之首”的翰林學士。名師出高徒，方孝孺不負宋濂的期望，成為宋濂最得意的門生，連許多知名人士都承認，自愧不如。跟隨名師，又有此文學成就，可以說是前途一片光明。

經過許多大學士的推薦，方孝孺來到了皇帝朱元璋面前，他奉旨作《靈芝》、《甘露》二詩，學識淵博，行為又文雅端莊，很合皇帝的心意。如此能人雅士，皇帝想留著給他的子孫以後所用，遂對方孝孺厚禮相待。

過了十年，方孝孺又被別人舉薦到朝廷中去，朱元璋就授予漢中教授的職位，每天給學員教學。到了朱允炆即位，果然把方孝孺調到朝政中任命，根據《明史·方孝孺傳》記載：“及惠帝即位，召為翰林侍講。明年遷侍講學士，國家大政事輒諮之。帝好讀書，每有疑，即召使講解。”無論是天下政事，還是皇帝對文學的疑問，都要經過方孝孺之手，可想而知，那時的方孝孺是多麼的有地位，將來的仕途之路肯定越走越高。

此時，燕王朱棣卻反叛，要揮軍南下。本來，兩軍作戰是最能體現一個人的才能的時候，朝廷議定討伐，詔令、檄文皆出於方孝孺的手筆。根據《明史·方孝孺傳》：孝孺建議曰：“燕兵久頓大名，天暑雨，當不戰自疲。急令遼東諸將入山海關攻永平;真定諸將渡盧溝搗北平，彼必歸救。我以大兵躡其後，可成擒也。今其奏事適至，宜且與報書，往返逾月，使其將士心懈。我謀定勢合，進而蹴之，不難矣。”方孝孺給的策略也是十分完美的，直接攻打燕王的地盤讓他回防，同時，大部隊在後面跟著，並攻打他們，前後夾擊。同時又寫下諭旨數千字，內容大概是隻要燕王乖乖回去，就既往不咎，派人秘密把諭旨傳到燕王計程車兵手中，他們一定軍心大亂。

不過，真是天意弄人，拿諭旨的這個人，卻沒有膽子，不敢拿出示人，於是，燕王也沒有“遵旨”了。

燕王不顧一切打到了皇帝朱允炆身邊，當時，方孝孺一直要皇帝堅持留守到最後一刻。之後，方孝孺被扔進了監獄。

戰前，燕王朱棣的謀士姚廣孝就跟他說，如果攻克了南京，方孝孺肯定不會投降，懇求燕王不要殺了他，否則天下讀書人的種子就滅絕了，燕王當時點頭答應。

然而，燕王想到登基詔書，就找“讀書種子”方孝孺來寫。據《明史·方孝孺傳》記載：“詔天下，非先生草不可”。孝孺投筆於地，且哭且罵曰：“死即死耳，詔不可草。”成祖怒，命磔諸市。

沒想到，方孝孺這麼忠誠，寧願冒犯燕王，也不肯動一下筆，因為，他從心底裡不認同燕王做皇帝，這是謀朝篡位。燕王大罵，要對方孝孺株連九族，更沒想到，方孝孺仍然大放厥詞道:“莫說九族,十族何妨!”株連十族本來沒有，不過在燕王怒髮衝冠的時候，任何不可能都化為了可能，就把朋友門生也列為一族，連同祖宗親戚合為十族。

據《明史·方孝孺傳》記載：“孝孺有兄孝聞，力學篤行，先孝孺死。弟孝友與孝孺同就戮，亦賦詩一章而死。妻鄭及二子中憲、中愈先自經死，二女投秦淮河死。”方孝孺的妻子鄭氏和兩個兒子方中憲、方中愈上吊死了，兩個女兒投秦淮河而死。不僅家人，其他親戚朋友全都抓來受死，有的甚至還故意當著方孝孺的面，千刀萬剮殺死。方孝孺聽到了那些訊息，看到了死在面前的親人，仍然不為所動，即使全部人都死了，還是自己的骨氣尊嚴大於一切，他還做了一首絕命詩，只有看到自己弟弟的時候才落下淚來。

真是聞者傷心，聽者流淚的歷史。株連十族的行動持續多天，殺死了八百七十三人，人數如此之龐大，許多無辜的方姓人士也遭受其害，除此之外，還有充軍流放的超過千人。牽涉面非常廣，全部人都死完了，最後，方孝孺被凌遲磔殺。株連十族可以說是空前絕後，一個不服輸的忠心臣子，連同身邊所有有聯絡的人，就這樣乾乾淨淨地被抹殺掉了。