企業合併，當事各方應按下列規定處理：
1.合併企業應按公允價值確定接受被合併企業各項資產和負債的計稅基礎。
2.被合併企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。
3.被合併企業的虧損不得在合併企業結轉彌補。
三、企業重組同時符合下列條件的，適用特殊性稅務處理規定：
(一)具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的。
(二)被收購、合併或分立部分的資產或股權比例符合本通知規定的比例。
(三)企業重組後的連續12個月內 不改變重組資產原來的實質性經營活動。
(四)重組交易對價中涉及股權支付金額符合本通知規定比例。
(五)企業重組中取得股權支付的原主要股東 ，在重組後連續12個月內，不得轉讓所取得的股權。
四、企業重組符合本通知第五條規定條件的，交易各方對其交易中的股權支付部分，可以按以下規定進行特殊性稅務處理：
企業合併，企業股東在該企業合併發生時取得的股權支付金額不低於其交易支付總額的85%，以及同一控制下且不需要支付對價的企業合併，可以選擇按以下規定處理：
1.合併企業接受被合併企業資產和負債的計稅基礎，以被合併企業的原有計稅基礎確定。
2.被合併企業合併前的相關所得稅事項由合併企業承繼。
3.可由合併企業彌補的被合併企業虧損的限額=被合併企業淨資產公允價值×截至合併業務發生當年年末國家發行的最長期限的國債利率。
4.被合併企業股東取得合併企業股權的計稅基礎，以其原持有的被合併企業股權的計稅基礎確定。
營業稅，免稅。
《國家稅務總局關於納稅人資產重組有關營業稅問題的公告》公告2011年第51號。納稅人在資產重組過程中，透過合併、分立、出售、置換等方式，將全部或者部分實物資產以及與其相關聯的債權、債務和勞動力一併轉讓給其他單位和個人的行為，不屬於營業稅徵收範圍，其中涉及的不動產、土地使用權轉讓，不徵收營業稅。
增值稅，免稅。
《國家稅務總局關於納稅人資產重組有關增值稅問題的公告》公告2011年第13號。納稅人在資產重組過程中，透過合併、分立、出售、置換等方式，將全部或者部分實物資產以及與其相關聯的債權、負債和勞動力一併轉讓給其他單位和個人，不屬於增值稅的徵稅範圍，其中涉及的貨物轉讓，不徵收增值稅。
契稅，免稅。
《財政部國家稅務總局關於企業改制重組若干契稅政策的通知》財稅[2008]175號規定： 兩個或兩個以上的企業，依據法律規定、合同約定，合併改建為一個企業，且原投資主體存續的，對其合併後的企業承受原合併各方的土地、房屋權屬，免徵契稅。
土地增值稅，免稅。
《財政部國家稅務總局關於土地增值稅一些具體問題規定的通知》財稅字〔1995〕48號。 在企業兼併中，對被兼併企業將房地產轉讓到兼併企業中的，暫免徵收土地增值稅。
印花稅，免稅。
《財政部國家稅務總局關於企業改制過程中有關印花稅政策的通知》財稅[2003]183號。以合併或分立方式成立的新企業，其新啟用的資金賬簿記載的資金，凡原已貼花的部分可不再貼花，未貼花的部分和以後新增加的資金按規定貼花; 企業改制前簽訂但尚未履行完的各類應稅合同，改制後需要變更執行主體的，對僅改變執行主體、其餘條款未作變動且改制前已貼花的，不再貼花;企業因改制簽訂的產權轉移書據免予貼花。
以上內容就是相關的回答，如果兩個公司滿足一定的條件，就是可以進行合併的，雖然兩個公司屬於同一個法人，但是滿足這些條件也可以進行合併，在辦理公司合併的時候公司可能會發生一些變化，這個需要進行處理。
企業合併，當事各方應按下列規定處理：
1.合併企業應按公允價值確定接受被合併企業各項資產和負債的計稅基礎。
2.被合併企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。
3.被合併企業的虧損不得在合併企業結轉彌補。
三、企業重組同時符合下列條件的，適用特殊性稅務處理規定：
(一)具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的。
(二)被收購、合併或分立部分的資產或股權比例符合本通知規定的比例。
(三)企業重組後的連續12個月內 不改變重組資產原來的實質性經營活動。
(四)重組交易對價中涉及股權支付金額符合本通知規定比例。
(五)企業重組中取得股權支付的原主要股東 ，在重組後連續12個月內，不得轉讓所取得的股權。
四、企業重組符合本通知第五條規定條件的，交易各方對其交易中的股權支付部分，可以按以下規定進行特殊性稅務處理：
企業合併，企業股東在該企業合併發生時取得的股權支付金額不低於其交易支付總額的85%，以及同一控制下且不需要支付對價的企業合併，可以選擇按以下規定處理：
1.合併企業接受被合併企業資產和負債的計稅基礎，以被合併企業的原有計稅基礎確定。
2.被合併企業合併前的相關所得稅事項由合併企業承繼。
3.可由合併企業彌補的被合併企業虧損的限額=被合併企業淨資產公允價值×截至合併業務發生當年年末國家發行的最長期限的國債利率。
4.被合併企業股東取得合併企業股權的計稅基礎，以其原持有的被合併企業股權的計稅基礎確定。
營業稅，免稅。
《國家稅務總局關於納稅人資產重組有關營業稅問題的公告》公告2011年第51號。納稅人在資產重組過程中，透過合併、分立、出售、置換等方式，將全部或者部分實物資產以及與其相關聯的債權、債務和勞動力一併轉讓給其他單位和個人的行為，不屬於營業稅徵收範圍，其中涉及的不動產、土地使用權轉讓，不徵收營業稅。
增值稅，免稅。
《國家稅務總局關於納稅人資產重組有關增值稅問題的公告》公告2011年第13號。納稅人在資產重組過程中，透過合併、分立、出售、置換等方式，將全部或者部分實物資產以及與其相關聯的債權、負債和勞動力一併轉讓給其他單位和個人，不屬於增值稅的徵稅範圍，其中涉及的貨物轉讓，不徵收增值稅。
契稅，免稅。
《財政部國家稅務總局關於企業改制重組若干契稅政策的通知》財稅[2008]175號規定： 兩個或兩個以上的企業，依據法律規定、合同約定，合併改建為一個企業，且原投資主體存續的，對其合併後的企業承受原合併各方的土地、房屋權屬，免徵契稅。
土地增值稅，免稅。
《財政部國家稅務總局關於土地增值稅一些具體問題規定的通知》財稅字〔1995〕48號。 在企業兼併中，對被兼併企業將房地產轉讓到兼併企業中的，暫免徵收土地增值稅。
印花稅，免稅。
《財政部國家稅務總局關於企業改制過程中有關印花稅政策的通知》財稅[2003]183號。以合併或分立方式成立的新企業，其新啟用的資金賬簿記載的資金，凡原已貼花的部分可不再貼花，未貼花的部分和以後新增加的資金按規定貼花; 企業改制前簽訂但尚未履行完的各類應稅合同，改制後需要變更執行主體的，對僅改變執行主體、其餘條款未作變動且改制前已貼花的，不再貼花;企業因改制簽訂的產權轉移書據免予貼花。
以上內容就是相關的回答，如果兩個公司滿足一定的條件，就是可以進行合併的，雖然兩個公司屬於同一個法人，但是滿足這些條件也可以進行合併，在辦理公司合併的時候公司可能會發生一些變化，這個需要進行處理。