並不是不見了，而是倭寇沒有了生存的空間。

明朝的倭寇真倭只有一二成，其它的是”自己人“，且這些人的主業並不是搶劫，而是海上貿易，能做生意賺錢就不會去打劫。而這些”人“的背後金主就是沿海邊的地方豪強，這些人背後的關係可以追溯到明朝的高層，比如明朝啟用朱紈提督浙江、福建海防軍務，也就斷了這些人的財路。

於是兵部侍郎詹榮（福建尤溪縣人）、巡按福建御史陳九德、兵部尚書翁萬建等人相繼彈劾朱紈擅自殺戮，將朱紈搞死。而且明朝嘉靖時的首輔徐階（松江府華亭縣人）家的子弟，也參入過海上貿易。

明朝搞不定海盜，就是因為內部的利益集團與海盜的聯絡。但清朝不一樣，揚州十日等等，直接將這些人鎮住了，用最直接辦法——殺。倭寇（海盜）們沒有金主的支援，力量自然就弱了。

二是，清朝為對付鄭經，將大陸離海五十里的地方全部清空——人為製造五十里的無區，也就是遷海令。

清順治至康熙 (1644—1683) 年間關於東南沿海各省人民內遷30—50裡的詔令，清朝規定“凡有反抗不遷者殺之。”沿海百姓的強制遷走，造成鄭經勢力實力大減，無法從沿海獲取貿易，得到利益，對一些海盜們也一樣。

三是，日本於1600年關原之戰，德川幕府統一日本，1615年大坂陷落，日本豐臣氏滅亡。德川幕府也搞的“閉關鎖國”政策。1644年清軍入關，時間上，海上已沒有大量的真倭。

所以進入清朝，海上已經沒有強大的力量。

說什麼倭亂貫穿整個大明朝，實際我們所說的倭亂就是嘉靖起，隆慶結束。

其底層邏輯是，嘉慶斷絕一切朝貢貿易，海商沒有飯吃，所以跟你鬧，隆慶一開關，就啥問題沒有了。

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真正的倭寇這個問題，挺複雜的。有廣義與狹義之分，廣義的倭寇，就是日本武士下海劫掠當海盜，因為太出名，包括後來近古時代整個東亞各國的海盜，都寄託倭寇名下，縱橫四海。

狹義的倭寇概念有兩個，第一個概念是，純日本人在幕府的支援下，下海劫掠。開始是松浦黨，即平源合戰的失敗者一黨，被趕下海，被迫營業。後來蒙古人兩打日本，松浦黨在海上給鎌倉幕府出了不少力，為戰勝蒙古人做出了貢獻，戰後就洗白了，鎌倉幕府許以對馬島，鼓勵倭寇對大陸進行劫掠，作為對蒙古人的報復。

之後日本南北朝，山頭林立，後來室町幕府統一後，大批武士落魄，被迫下海，倭寇猖獗一時。（日本武士體制顯然是有問題的，沒有供養體制，一旦發生變故，就大批武士破產。）

這時中國大概是元朝及元明之交。倭寇主要禍禍還是北韓，到中國不多，主要是遼東半島膠東半島，南方更少。但於華人，倭寇這個品牌算是豎起來了。

到了後來日本就開始了轟轟烈烈的戰國時代，就是織田信長、豐臣秀吉、德川家康那一波，海上各路破產武士又紛紛看到了功成名就的出路，回國參戰，這個概念的倭寇，基本就告一段落了。

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另一個狹義倭寇，是中國方面的，指嘉靖時猖獗一時，禍禍明朝東南沿海，後來被胡宗憲戚繼光俞大猷打敗的倭寇。這批人，雖然也以日本為基地，中間間或也有幾個日本人，但是十有八九，都是華人了。當時有所謂四大倭寇，即汪直徐海陳東麻葉，你瞅瞅有日本人麼？當然，他們也是倭寇打扮，但主要一方面日本在戰亂中，方便他們操作，寄居、僱傭日本人也是題中應有之意；另一方面，倭寇已經橫行了兩個世紀，借倭寇的名義行事，也有拉大旗作虎皮的意思。

至於這波人的來歷，要追溯到明開國。當時朱八下江南，滅了張士誠、方國珍，張、方與民甚善，得民死力，故許多餘部逃到海上，朱八待江南甚苛，於是雙方死磕。最後朱八並無太好方法，就下令靖海，片帆不許下海，開創了中國閉關鎖國的先例。（為了一己私利，不惜損壞害國家利益，朱八也是沒誰了。）那波人就逃到戰亂的日本，建立基地。

明朝斷絕了海上貿易與海上生營，沿海小民自然哭爹喊娘，海商們也無可奈何，最後不少也加入了這一概念所謂的倭寇。不過明朝雖然禁絕了民間海貿，還留著一絲門縫，即朝貢貿易，就是國家間的官方貿易。所以後來，各路海商讀都冒充朝貢，倭寇雖然不挺停，但也沒有為禍劇烈。

到了嘉靖年間，發生了兩夥日本商團爭恭貢事件，嘉靖一怒之下，斷絕朝貢貿易。最後一絲門縫關上，走投無路的海商紛紛加入了這一概念的倭寇，於是倭亂愈演愈烈，禍亂東南。

多虧了胡宗憲戚繼光俞大猷奮力搏殺、縱橫捭闔，總算抑制了倭寇的猖獗。但到了嘉靖完蛋隆慶上臺，宣佈解除海禁，史稱隆慶開關，倭寇之禍居然一夜之間煙消雲散了。。。

當然，倭寇事實上不可能全部消失，但海上貿易重啟，海盜搶船肯定更方便，沒有必要上岸，倭寇為禍東南的局面是一夜之間消失了。

之後的海盜如顏思齊、李旦、鄭芝龍等，其實也是以日本為基地，搶佔中國沿海島嶼，但一般不上岸，所以一般人也不以倭寇視之。問題是他們與汪直徐海等沒有本質的不同啊。

到了明清之交，海盜們反而加入了反清復明的行列，著這大概也是一件令人滴笑皆非的事。並逐漸洗白，成了國姓爺了，抵抗滿清韃子的主力。。。

而此時，東洋倭寇已陷入低潮，西洋浪人又來，大航海的浪潮不可阻擋。中國的海寇們及時改換門庭，不再掛倭寇的名頭，實在是明智之舉。基地也漸漸移至了南洋。。。

到了清朝，南方還是到處海寇橫行，那波人與明朝的倭寇是一脈相承的。說清朝沒有海寇，是不符合歷史的，只不過他們不再自稱倭寇罷了。

如果一定要說，明朝有倭寇清朝沒有，那也僅僅是因為，有那麼一波人，他們在明朝稱倭寇，在清朝不稱倭寇了而已。