木堡之變對明代軍事影響最大的，莫過於明代的軍制。從傳統觀念來看，土木堡明軍的潰退使明軍開始從衛所軍制向募兵制轉變。但是細節遠沒有這麼簡單。這次慘敗摧毀了明朝的中央軍，即京師或京營(也被稱為三大營，包括五營、三千營和神機營)，當時京師勁甲精騎均陷落。所剩無幾計程車兵不到十萬。人們驚慌失措，上下沒有定力。”在打贏北京保衛戰後，于謙著手重建京軍，成立團營。

正統十四年(1449)十二月，于謙將京營計程車卒分為三等，挑選出十萬餘人進行餘立營訓練。景泰二年(1451)四月，于謙進一步改革，選精兵六萬，分作三個營進行訓練。它使團營初具規模。12月，于謙又上了《建軍節五團營規》，把三個營擴大為五個營，仍然每一個營兩萬人，共兩萬人，團營基本確定。三大營留下的老弱病殘，叫做“老巢”。

在景泰三年(1452)十二月，團營士官增至15萬人(其中五營選8萬人，神機營選5萬人，三千營選2萬人)，分10個營訓練，每營15000人，時稱10個團營。十團營長一人，總兵一人，監內臣一人，提督一人，掌管軍務。各部分設都督(1員，統15000人)、統指揮(3員，統5000人)、統帥(15員，統1000人)、統帥(30員，統500人)、統帥(150員，統100人)、統帥(300員，統50人)六級管理。

這是于謙對明代兵制的一次重大變革，也是他對明代兵制的一次重大變革。據《明史·兵志》記載：“于謙創立團營，簡精銳，一步一個腳印，兵將相學，其法頗善”；“京軍之制也。于謙的團營，可以說改變了以往衛所軍強弱混雜的局面，打破了練兵之官、領兵之將分離的弊端，統一了軍令，加強了訓練紀律，從制度上為改變明朝衛所兵制的弱點邁出了堅實的一步，是對明朝軍隊軍制改革非常成功的一步。

然而，所有這些努力，都伴隨著“奪門之變”、英宗復辟、于謙被殺等事件。英宗罷團營，天順初年。立憲皇帝，復團營舊制。成化二年(1466)復置，三年期復置，並增為十二團，其名稱是奮、耀、練、顯四武營，敢、果、效、鼓四勇營，立、伸、揚、振四威營。12團的營由12個侯分掌，佐以都指揮，監內臣。每一個營又分為五軍，三千人，神機三營。

現在人們稱它為選鋒。可是幾次失敗的團營，也只剩下名字了，和于謙時代的精銳是分不開的。由於權力的隱居，使憲宗朝的表現最為明顯，京營缺額超過75700人。截至孝宗弘治十八年(1505)七月，十二團的營部僅剩精銳60574人，稍弱25346人，殘破283人，合計不足86203人，缺額33797人。三大營，被稱為“故居”，有154287人，“意外事故者共九萬四千三百四十人”，已不堪一戰。

武家也曾試圖重建京營，為此設立了選才用才的東西兩廳。正德七年(1512)，武宗在邊將江彬的建議下，將宣府、大同、遼東、延綏四鎮調到京，稱為“外鄉四鎮”，又稱“外鄉四鎮”。所有的努力，都隨著明武宗的一次大敗而亡，此後，京營“按藉三十八萬有奇，存者不足十四萬，中選者僅二萬餘”，全軍覆沒，從此于謙為重建明帝國中央軍所作的努力，就完全失敗了。

于謙的軍事改革成功了。于謙陳言十事，除了關係到民生問題外，還提到了軍事類的問題，當時，明帝國已經初步完善了班軍制度，這個制度是針對長期戍邊屯種的衛所軍缺乏訓練而制定的，同時也可以讓訓練強度高的京軍有用武之地，於是就達成了一年春秋兩季京軍和班軍輪換值守的規定。