大體上可以說是由麴黴和毛酶兩種黴菌發酵的，它們的蛋白酶和脂肪酶可對豆腐進行分解，發酵，同時，菌絲構成臭豆腐表面的一層膜。當然，還有其他的黴菌可用於制臭豆腐，但應用的次數很少啦。

比較常見的發酵菌種應該是乳酸菌、芽孢桿菌及黴菌。黃香華等人分離出兩種優勢菌種為乳桿菌屬短乳桿菌和芽孢桿菌屬環狀芽孢桿菌；盧義博等人認為熒光假單孢菌是臭豆腐發酵過程中的優勢菌種，還有少量黴菌；郭華等人分離到了桿菌和球菌；李裡在他的論文裡主要鑑定出發酵乳桿菌、枯草芽孢桿菌、植物乳桿菌、解澱粉芽孢桿菌四種優勢菌

主要的是毛酶兩黴菌發酵的。

其實多種微生物參與了豆腐的發酵，如青黴、酵母、麴黴、毛黴等，但起主要作用的是毛黴。毛黴是一種絲狀真菌。毛黴等微生物產生的蛋白酶能將豆腐中的蛋白質分解成小分子的肽和氨基酸；脂肪酶可將脂肪水解為甘油和脂肪酸，透過蛋白酶和脂肪酶可對豆腐進行分解，發酵，同時，菌絲構成臭豆腐表面的一層膜。

臭豆腐發酵前期是用毛黴菌種，發酵後期易受其他細菌汙染，其中還有致病菌。因此，臭豆腐一次不要吃得太多，以免引起胃腸道疾病。建議，吃臭豆腐，最好購買正規廠家出產的；少吃臭豆腐，在吃臭豆腐時，最好多吃新鮮的蔬菜和水果，因為新鮮的蔬菜和水果富含維生素，特別是富含維生素C，可阻斷亞硝胺的生成。

細菌有兩種。有益菌和有害菌，臭豆腐上的黴絲屬於有益菌。人類食用臭豆腐已有一千多年的歷史。除了臭豆腐外，豆豉也需要發酵，發酵過程產生的黴絲也是有益菌。

《浙江紹興臭豆腐滷液中微生物菌群的分析》表明，細菌主要是芽孢桿菌屬；乳酸菌有乳桿菌屬、鏈球菌屬、明串珠菌屬3個屬；酵母菌有漢遜酵母屬、酵母屬、假絲酵母屬、地黴屬、紅酵母屬5個屬；黴菌有犁頭黴屬、青黴屬2個屬。

臭豆腐中的微生物非常多，在高溫炸制過程必須充分才能使有害菌死亡，避免對人體造成傷害。