親和層析是一種吸附層析，抗原（或抗體）和相應的抗體（或抗原）發生特異性結合，而這種結合在一定的條件下又是可逆的。

所以將抗原（或抗體）固相化後，就可以使存在液相中的相應抗體（或抗原）選擇性地結合在固相載體上，藉以與液相中的其他蛋白質分開，達到分離提純的目的。此法具有高效、快速、簡便等優點。

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親和層析過程中的注意事項

1、上樣

親和層析純化生物大分子通常採用柱層析的方法。親和層析柱一般很短，通常10cm左右。上樣時應注意選擇適當的條件，包括上樣流速、緩衝液種類、pH、離子強度、溫度等，以使待分離的物質能夠充分結合在親和吸附劑上。

2、洗脫

親和層析的另一個重要的步驟就是要選擇合適的條件使待分離物質與配體分開而被洗脫出來。親和層析的洗脫方法可以分為兩種：特異性洗脫和非特異性洗脫。

由於親和吸附達到平衡比較慢，所以特異性洗脫往往需要較常的時間和較大的洗脫條件，可以透過適當的改變其它條件，如選擇親和力強的物質洗脫、加大洗脫液濃度等等，來縮小洗脫時間和洗脫體積。

非特異性洗脫選擇洗脫液的pH、離子強度時應注意儘量不影響待分離物質的活性，而且洗脫後應注意中和酸鹼，透析去除離子，以免待分離物質喪失活性。

親和配基就是親和層析的核心物質，在分離中起特異性吸附與分離物的作用。