九寨溝國家級自然保護區主要保護物件是以大熊貓、金絲猴等珍稀動物及其自然生態環境。區內高等植物中有74種國家保護的珍稀植物，其中國家一級保護植物有銀杏、紅豆杉和獨葉草3種，二級保護植物66種，主要集中在蘭科（43種），列入中國瀕危植物紅皮書的植物5種。有國家一、二級保護動物18種，其中，一級4種、二級14種，代表種有大熊貓、川金絲猴等。包括保護區還有豐富的古生物化石，古冰川地貌十分發育。

四川九寨溝國家地質公園位於四川省阿壩州九寨溝縣境內。九寨溝主景長10餘公里，面積6萬多公頃，主要由岷山山脈中呈“Y”字形分佈的日則溝、則查窪溝、樹正溝三條溝谷構成；溝內可分五大景區：樹正景區、日則景區、長海景區、寶鏡巖景區、原始森林生態景區。2004年1月由國土資源部地質環境司批覆為國家級地質公園。

九寨溝系長江水系嘉陵江上游白水江源頭的一條大支溝，流域面積651.34公里，因溝內有樹正、荷葉、則查窪等九個藏族村寨而得名。九寨溝年均氣溫6-14℃度，冬無嚴寒，夏季涼爽，四季景色各異：仲春樹綠花豔，盛夏幽湖翠山，金秋盡染山林，隆冬冰塑自然。以翠湖、疊瀑、彩林、雪峰、藏情、藍冰“六絕”著稱於世。

九寨溝因處於中國北亞熱帶與青藏高原波密——川西溼潤區的過渡地帶，屬高原溼潤氣候，山頂終年積雪，氣候溫和、冷涼乾燥、降水適中、旱雨季分明的季風氣候。有雪峰數十座，高插雲霄，終年白雪皚皚；有大小湖泊114個，瀑布群17個，鈣華灘流5處，泉水47眼，湍流11段，湖泊小者數平方米，最大的長海長達7公里。湖水終年碧藍澄澈，色彩斑讕，在Sunny照射下，呈現出藍、黃、橙、綠等多種色彩，絢麗奪目。天氣晴朗時，藍天、白雲、雪山、森林倒映湖中，水光浮翠，美麗如畫，並隨季節推移呈現出不同的色彩和風韻，有“九寨歸來不看水”之說。

九寨溝處於四川盆地向青藏高原過渡的邊緣地帶，屬松潘，甘孜地槽區，恰好位於中國第二級地貌階梯的坎前部分，在地貌形態變化最大的裂點線上，地勢南高北胝，有高山，峽谷，湖泊，瀑布，溪流，山間平原等多種形態，其地貌屬高山狹谷型別，山嶺的海拔高度大都為3500-4500米，最高峰嘎爾納峰海拔4764米，最低點羊同海拔2000米。

九寨溝內的動植物資源十分豐富，在300平方公里的原始森林中，自然分佈的原生物種有3553種，有白堊紀末、第三世紀初的孑遺植物獨葉草、星葉草、箭竹等。原始森林也是眾多動物繁衍生息的適宜環境，初步調查有無脊椎動物693種、脊椎動物313種，珍稀動物有大熊貓、金絲猴、小熊貓、羚羊等。

地質變遷

在距今約四億年前的古生代，九寨溝尚是一片汪洋，從第四紀旱更新世紀起，由於喜馬拉雅造山運動的影響，使地殼發生了急劇性的變化，山體在快速的不均衡隆重起過程中，經冰川和流水侵蝕作用，形成了角峰突起，谷深嶺高的地貌形態，另外，由於地震等因素引起巖壁崩塌，滑落花流水，泥石流堆積和石灰溶蝕，鈣華加積等多種地質作用，導致溝谷群湖產生，疊瀑越堤飛出，因此，九寨景觀的雛開早在二、三百萬年前就已形成。

從第四紀晚期世紀後期，九寨溝一帶的許多山地海拔已達到4000米以上，達到了雪線，隨著冰川期氣候的到來，高山上發育了冰川，山谷冰川又伸展到海拔2800米的谷底，留下了多道終磧，側磧，形成堤埂，阻塞流水而形成堰塞湖，長海就是第四紀冰期時形成的堰塞湖，這裡仍儲存著第四紀古冰川的遺蹟，冰斗，冰谷十分典型，懸谷，槽谷獨具風韻。 喀斯特地貌是造就是懸壁，形成瀑布的先決條件。在臺式斷裂的抬升面上，堆積泥石流等堆積物，後經喀斯特作用，鈣華加積，增加瀑布高度，形成今天壯觀的諾日朗瀑布，30多米高的懸崖上，湍急的流水陡然跌落，氣勢雄偉，較發達的冰川地貌和岩溶地貌奠定了九寨風光的基礎。地質工作者們根據九寨溝的冰斗和“U”字谷，認為長海冰川屬冰斗冰川。九寨溝其他地方還有懸冰川以及平頂冰川。

主要保護物件是以大熊貓、金絲猴等珍稀動物及其自然生態環境。