1913年中華民國國會大選，國民黨大獲全勝，宋教仁正欲循歐洲“內閣制”慣例，以黨首身份組閣之際，袁世凱惶恐不安，策劃構陷宋教仁，未果之下，在1913年3月20日指使洪述祖派刺客武士英將宋教仁暗殺於上海火車站，子彈從後背射入體內，射中其右肋，斜入腹部，兇手開槍後逃逸。宋教仁疼痛難忍，趴倒在一張椅子上，用手把于右任的頭拉到胸口，喘息地說：“吾痛甚，殆將不起……”，當時在火車站送行的黃興、于右任、廖仲愷等將宋教仁送往滬寧鐵路醫院急救。在醫院中他向于右任留下遺囑：

今以三事奉告：一、所有在南京、北京及東京寄存之書籍，悉捐入南京圖書館；二、我本寒家，老母尚在，如我死後，請克強與公及諸故人為我照料；三、諸公皆當勉力進行，勿以我為念，而放棄責任心。我為調和南北事費盡心力，造謠者及一班人民不知原委，每多誤解，我受痛苦也是應當，死亦何悔？

他並授意黃興代擬電報給袁世凱，講述自己的中彈經過和革命生涯，最後希望袁世凱能夠竭力保障民權，自己則雖死猶生。

手術後，情況沒有好轉，大小便中出血嚴重；21日下午，宋教仁再次被送進手術室，延至22日凌晨4時48分不治身亡，年僅31歲。身故後，範鴻仙拍下宋教仁遺體的照片，今宋教仁墓安於上海市閘北公園。

1913年3月20日，中國近代民主革命家、時任中華民國臨時政府農林部長的國民黨領袖宋教仁，在上海北站遇刺身亡，兇手迅速逃逸，雖然後經多方搜捕查證，嫌疑人卻又一個個離奇死亡或失蹤，致使此案至今仍是撲朔迷離，成了百年難解的一樁懸案。

受袁世凱邀請，宋教仁與若干國會議員打算北上北京，在步入上海車站（老北站，現上海鐵路博物館）時，遭殺手襲擊，腰部中彈，兇手開槍後逃逸。宋教仁不治身亡，年僅31歲。

在火車站送行的黃興、于右任、廖仲愷等，將宋教仁送往滬寧鐵路醫院急救。在醫院他授意黃興電報袁世凱，原文如下：“北京袁大總統鑑：仁本夜乘滬寧車赴京，敬謁鈞座。十時四十五分在車站突被奸人自背後施槍彈，由腰上部入腹下部，勢必至死。竊思仁自受教以來，即束身自愛，雖寡過之未獲，從未結怨於私人。清政不良，起任改革，亦重人道、守公理，不敢有毫權之見存。

今國基未固，民福不增，遽爾撒手，死有餘恨。伏冀大總統開誠心、布公道，竭力保障民權；俾國家得確定不拔之憲法，則雖死之日，猶生之年。臨死哀言，尚祈見納。宋教仁。”

1913年3月20日晚10點45分，奉袁世凱電召北上的宋教仁在上海北站檢票口突遭槍擊，22日凌晨不治身亡。接下來案件的破獲，竟出乎意料的順利。待真相大白於天下，幕後黑手竟然是袁世凱身邊的親信。宋教仁是中國近代歷史民國時期的革命者，一生都在位革命而奮鬥這，為當時的社會做出了非常多的貢獻。

後來宋教仁在火車站被人暗殺後，對當時的社會也是有著非常濃烈的影響的。

1913年3月20日晚10點，被尊稱“中國憲政之父”的宋教仁和黃興、廖仲愷等人抵達車站候車。宋教仁此時出現在此，是因為他受了袁世凱的邀請，欲前往北京組織革命黨內閣。

10點45分，宋教仁一行離開了專供議員休息的接待室，他們將前往車站入口檢票上車。因為宋教仁從來不覺得自己會遭受任何不測，所以，他的身邊隨行人員皆是“徒手”。

走到車站入口檢票處，宋教仁剛剛伸出手去拿檢票員檢過的車票時，突然響起一聲槍響，緊接著是第二聲、第三聲。第一聲槍響後，宋教仁便搖晃了一下，並倒在了旁邊的鐵椅上。

很快，宋教仁便被送達了鐵路醫院。因為宋教仁身份特殊且情況極其緊急，院方請到了醫術最高的格爾本醫師和比林哈斯醫生會診。

手術時，醫生用鉗子從宋教仁小腹成功取出了子彈，這顆子彈斜射入他的腎臟，此時他的傷口失血並不多。然而，他們很快發現了一個糟糕的事實：子彈有毒。

21日凌晨兩點，宋教仁遇刺3個小時後。院方再次組織了五名外科醫生對他進行第二次開刀。這次開刀，他們對他的腸進行了縫補洗滌，並取出腸內的食物和汙血，然後再次合上。

3月22日凌晨，即宋教仁遇刺28小時後，他的病情出現惡化。

22日凌晨4點，即宋教仁遇刺29小時後，他已經不能言語了。

23日下午3點，宋教仁遇刺64小時後，黃興、陳其美等為宋教仁進行了大殮。而此時，宋教仁遇刺身亡的訊息已經震驚了全國。舉國關注之下，“刺宋案”引起了警方的高度重視。

23日晚7點左右，即宋教仁遇刺68小時後，刺宋案主使人應夔丞被抓捕，隨後，警方又在上海公共租界抓住了兇手武士英。接著，警方在應夔丞家裡搜出了其餘內務部秘書洪述祖及國務總理趙秉鈞的往來電報和信件。

自此，“刺宋案”基本告破。此時，距離宋教仁被刺僅僅過去了81個小時。

4月13日，宋教仁辭世後的第三週，國民黨人在上海為他舉行了隆重的追悼大會。追悼會上，自發前來為宋教仁送行者竟然達2萬餘人。

1913年3月20日晚，上海火車北站，國民黨創始人之一的宋教仁和朋友黃興、于右任等人作別，準備登上火車去北京面見袁世凱。就在這個時候，突然從人群中竄出一個黑影，“砰砰砰”幾聲槍響過後，宋教仁倒在了血泊中，于右任趕忙將宋教仁送往醫院，其他人留在案發現場希望能夠抓住兇手，然而兇手趁亂逃脫了。

醫生從宋教仁體內取出了子彈，卻發現子彈頭有毒，為了防止傷勢進一步惡化，醫生為宋教仁做了二次手術，但是最終宋教仁還是因為傷勢過重不幸於1913年3月22日凌晨4時48分逝世。