由於聚丙烯醯胺凝膠的濃度可以按要求配製，因此可以形成“連續系統”和“不連續系統”兩種電泳系統。“不連續系統”大的特點在於大大提高了樣品分離的解析度。這種電泳的主要特點是：
（1）使用兩種不同濃度的凝膠系統；（2）配製兩種凝膠的緩衝溶液成分及pH不同，並且與電泳槽中電泳緩衝液的成分、pH也不相同。在實驗中，電泳凝膠分為兩層：上層膠為低濃度的大孔膠，稱為濃縮膠或成層膠，配製此層膠的緩衝液是Tris-HCl，pH6.7；下層膠則是高濃度的小孔膠，稱為分離膠或電泳膠，成膠的緩衝液是Tris-HCl，pH8.9。電泳槽中的電極緩衝液則是Tris-甘氨酸，pH8.3。可見，凝膠濃度、成膠成分、pH與電泳液緩衝系統各不相同，形成了一個不連續系統。
電泳時，蛋白質樣品放置在濃縮膠上，為防止蛋白質樣品在電極緩衝液中擴散，因而加入等體積的40%蔗糖或50%甘油與之混合，以提高密度；為觀察蛋白質樣品泳動的情況，樣品中還加入溴酚藍等示蹤染料，這些有色物質的分子比任何一種大分子物質泳動的速度都快，只要染料未泳動出凝膠管，樣品就沒有走出膠管的危險。
在不連續系統中，當接通電源開始電泳時，系統中的甘氨酸、蛋白質、HCl中的氯離子和溴酚藍等均解離為陰離子，形成離子流向陽極泳動。其遷移率取決於離子的電荷數、分子量大小及形狀。然而，當電極緩衝液（pH8.3）中的甘氨酸離子在進入濃縮膠時，它們遇到了比pH8.3低的pH（6.7），pH下降了近兩個單位，幾乎接近於甘氨酸的等電點（5.97），於是甘氨酸的解離度突然降低，所帶電荷量明顯減少，遷移率減慢。血清樣品中個蛋白質成分也進入濃縮膠，pH的改變雖對其解離度有影響，但比對甘氨酸要小得多，其遷移率比甘氨酸要大，而且濃縮膠的膠孔較大對蛋白質分子不會造成阻礙。
濃縮膠中的Tris-HCl中的Cl-則全部解離，分子量很小，摩擦力不大，其遷移率比蛋白質、溴酚藍都快。於是在濃縮膠中各種離子的遷移率形成：甘氨酸<蛋白質<溴酚藍
甘氨酸分子進入濃縮膠後解離度的下降，造成移動離子流的突然缺失，出現電流減小電導率下降。然而，整個電泳系統中其他部分的電流仍維持不變，根據電導及電位梯度成反比（E=I/n，E為電位梯度，I為電流強度，n為電導率）的關係，於是在前導離子Cl-離子與慢離子甘氨酸離子之間突然形成了較高的區域性電位梯度。
處在這個區域性高電位梯度區域中的血清蛋白質各成分，在高電場作用下迅速以不同的速度（分子量不同、帶電量不同）泳向前導Cl-離子區域。當到達前導Cl-區域時因不缺少離子，大的電場強度減弱，離子移動速度急速減慢下來，其結果在甘氨酸和Cl-離子之間的蛋白質樣品就按其分子的大小堆積或濃縮成層。透過這個過程，是蛋白質樣品濃縮了好幾百倍，且蛋白質各成分也按一定的順序排列成層。
當離子流繼續向前，進入以pH8.9緩衝液配製的小孔膠時，蛋白質分子在小孔膠裡遇到阻力，遷移率減慢，同時在pH8.9條件下，甘氨酸又充分解離，其帶電量增加，消除了離子流缺失的現象，小分子的甘氨酸離子趕上了蛋白質。凝膠各部分恢復具有恆定的電場強度，蛋白質的分離完全按一般區帶點用方式進行。
由以上的原理可見，聚丙烯醯胺凝膠的不連續電泳主要的優點就是使蛋白質樣品經濃縮膠後，形成緊密地壓縮層進入分離膠。蛋白質各成分預先分開且壓縮成層，可以減少在電泳時，成分間由於自由擴散而造成的區帶相互重疊所帶來的干擾，這樣就提高了電泳的分辨能力。由於這個優點，少量的蛋白質樣品（1-100??g）也能分離得很好，解析度高使血清蛋白質可獲得近20多個區帶。
由於聚丙烯醯胺凝膠的濃度可以按要求配製，因此可以形成“連續系統”和“不連續系統”兩種電泳系統。“不連續系統”大的特點在於大大提高了樣品分離的解析度。這種電泳的主要特點是：
（1）使用兩種不同濃度的凝膠系統；（2）配製兩種凝膠的緩衝溶液成分及pH不同，並且與電泳槽中電泳緩衝液的成分、pH也不相同。在實驗中，電泳凝膠分為兩層：上層膠為低濃度的大孔膠，稱為濃縮膠或成層膠，配製此層膠的緩衝液是Tris-HCl，pH6.7；下層膠則是高濃度的小孔膠，稱為分離膠或電泳膠，成膠的緩衝液是Tris-HCl，pH8.9。電泳槽中的電極緩衝液則是Tris-甘氨酸，pH8.3。可見，凝膠濃度、成膠成分、pH與電泳液緩衝系統各不相同，形成了一個不連續系統。
電泳時，蛋白質樣品放置在濃縮膠上，為防止蛋白質樣品在電極緩衝液中擴散，因而加入等體積的40%蔗糖或50%甘油與之混合，以提高密度；為觀察蛋白質樣品泳動的情況，樣品中還加入溴酚藍等示蹤染料，這些有色物質的分子比任何一種大分子物質泳動的速度都快，只要染料未泳動出凝膠管，樣品就沒有走出膠管的危險。
在不連續系統中，當接通電源開始電泳時，系統中的甘氨酸、蛋白質、HCl中的氯離子和溴酚藍等均解離為陰離子，形成離子流向陽極泳動。其遷移率取決於離子的電荷數、分子量大小及形狀。然而，當電極緩衝液（pH8.3）中的甘氨酸離子在進入濃縮膠時，它們遇到了比pH8.3低的pH（6.7），pH下降了近兩個單位，幾乎接近於甘氨酸的等電點（5.97），於是甘氨酸的解離度突然降低，所帶電荷量明顯減少，遷移率減慢。血清樣品中個蛋白質成分也進入濃縮膠，pH的改變雖對其解離度有影響，但比對甘氨酸要小得多，其遷移率比甘氨酸要大，而且濃縮膠的膠孔較大對蛋白質分子不會造成阻礙。
濃縮膠中的Tris-HCl中的Cl-則全部解離，分子量很小，摩擦力不大，其遷移率比蛋白質、溴酚藍都快。於是在濃縮膠中各種離子的遷移率形成：甘氨酸<蛋白質<溴酚藍
甘氨酸分子進入濃縮膠後解離度的下降，造成移動離子流的突然缺失，出現電流減小電導率下降。然而，整個電泳系統中其他部分的電流仍維持不變，根據電導及電位梯度成反比（E=I/n，E為電位梯度，I為電流強度，n為電導率）的關係，於是在前導離子Cl-離子與慢離子甘氨酸離子之間突然形成了較高的區域性電位梯度。
處在這個區域性高電位梯度區域中的血清蛋白質各成分，在高電場作用下迅速以不同的速度（分子量不同、帶電量不同）泳向前導Cl-離子區域。當到達前導Cl-區域時因不缺少離子，大的電場強度減弱，離子移動速度急速減慢下來，其結果在甘氨酸和Cl-離子之間的蛋白質樣品就按其分子的大小堆積或濃縮成層。透過這個過程，是蛋白質樣品濃縮了好幾百倍，且蛋白質各成分也按一定的順序排列成層。
當離子流繼續向前，進入以pH8.9緩衝液配製的小孔膠時，蛋白質分子在小孔膠裡遇到阻力，遷移率減慢，同時在pH8.9條件下，甘氨酸又充分解離，其帶電量增加，消除了離子流缺失的現象，小分子的甘氨酸離子趕上了蛋白質。凝膠各部分恢復具有恆定的電場強度，蛋白質的分離完全按一般區帶點用方式進行。
由以上的原理可見，聚丙烯醯胺凝膠的不連續電泳主要的優點就是使蛋白質樣品經濃縮膠後，形成緊密地壓縮層進入分離膠。蛋白質各成分預先分開且壓縮成層，可以減少在電泳時，成分間由於自由擴散而造成的區帶相互重疊所帶來的干擾，這樣就提高了電泳的分辨能力。由於這個優點，少量的蛋白質樣品（1-100??g）也能分離得很好，解析度高使血清蛋白質可獲得近20多個區帶。