協方差計算式為COV(X，Y)=E(XY)-E(X)E(Y)。這裡的E[X]代表變數X的期。

協方差用於表示變數間的相互關係，變數間的相互關係一般有三種：正相關，負相關和不相關。

正相關：假設有兩個變數x和y，若x越大y越大；x越小y越小則x和y為正相關。

負相關：假設有兩個變數x和y，若x越大y越小；x越小y越大則x和y為負相關。

不相關：假設有兩個變數x和y，若x和y變化無關聯則x和y為負相關。

協方差在農業上的應用：

農業科學實驗中，經常會出現可以控制的質量因子和不可以控制的數量因子同時影響實驗結果的情況，這時就需要採用協方差分析的統計處理方法，將質量因子與數量因子（也稱協變數）綜合起來加以考慮。

比如，要研究3種肥料對蘋果產量的實際效應，而各棵蘋果樹頭年的“基礎產量”不一致，但對試驗結果又有一定的影響。要消除這一因素帶來的影響，就需將各棵蘋果樹第1年年產量這一因素作為協變數進行協方差分析，才能得到正確的實驗結果。