從現代醫學的角度看來，他的直接死因很可能是破傷風感染。 孫策之死，直接原因在於孫策殺死了前吳郡太守許貢，而隨後許貢的三個門人刺殺了孫策替許貢報仇。

許貢當時偷偷給曹操送了一個檔案，裡面要求曹操故意以漢獻帝的名義徵召孫策去朝廷任職，如果去了自然被曹操納入手中；

如果不去，曹操直接可以將孫策打為叛逆，這樣一來，孫策剛剛打下的江東肯定會四分五裂。這一計可以說非常毒辣。

但是許貢的這一個檔案被孫策半路截到，於是孫策一怒之下絞死了許貢。之後才引出許貢門客隱藏多年，終於為主報仇的故事。

孫策死因如下：

據《江表傳》載，許貢上表給漢帝，說孫策驍勇，應該召回京師，控制使用，免生後患。此表被孫策的密探獲得，孫策便責備許貢，並下令將其殺死。許貢死後，其門客潛藏在民間，尋機為他報仇，在一次打獵中被暗算中毒箭。後毒迸發而死。

史書上是這麼寫他的死亡的：未發，會為故吳郡太守許貢客所殺。先是，策殺貢，貢小子與客亡匿江邊。策單騎出，卒與客遇，客擊傷策。

創甚，請張昭等謂曰：“中國方亂，夫以吳、越之眾，三江之固，足以觀成敗。公等善相吾弟!”呼權佩以印綬，謂曰：“舉江東之眾，決機於兩陳之間，與天下爭衡，卿不如我。舉賢任能，各盡其心，以保江東，我不如卿。”至夜卒，時年二十六。——《三國志·孫破虜討逆傳》

擴充套件資料：

在新一版的電視劇《三國演義》中，得知孫策死訊，孫權第一反應是連夜趕回都城，封鎖訊息，同時派人嚴密監視周瑜的動向。這一點，有點司馬昭之心的意思了。

後來，孫權聯絡反戰的張昭等人，迅速奪權，矯詔繼位，等到事情已定，由張昭出面，勸說大喬帶孫策的兒子遠走他鄉避開政治清算，同時派人通知周瑜。

周瑜回來，一切為時已晚，大局已定。即便周瑜一世英雄，也已經無力迴天。周瑜回到都城，孫權第一句話是問：“他帶回多少兵馬？”屬下回答是：“大軍駐紮城外，周瑜一人入城！”

周瑜帶兵返回，用意是為了提防什麼，很是明顯！不過，聰明的人不辦糊塗的事，等到達都城之下，周瑜知道大局已定，也算識時務者為俊傑，獨自進城，眼睜睜看著大喬母子被迫離核心圈子。

至此，一場精心圖謀的政治行動完美畫上句號。

公元200年4月，孫策在丹徒狩獵時被刺客射中面部，不治身亡，年僅26歲。孫策遇刺的經過是這樣的，他騎著一匹上等好馬，隨從被遠遠甩後面。突然，樹林中走出三人彎弓搭箭，孫策面部中箭從馬上跌落。

就在此時，隨從趕到將三名刺殺殺死。三名刺客是許貢的門客，他們之所以刺殺孫策，是因為孫策殺了許貢，他們是為主人報仇。這個理由看似合情合理，但是又破綻百出。孫策一生殺人無數，為何偏偏是許貢這個門客來報仇，而且最終還成功了。

孫策在中箭後受傷後，醫生告訴他，說這傷可治，但應好好養護，一百天不能有劇烈活動。

孫策拿過鏡子自照面目，對左右說：“臉成了這個樣子，還能建功立業嗎?”奮起虎威，推幾大吼，傷口都裂開了。當夜死去。

《搜神記》則說孫策死於于吉為祟：孫策殺死於吉，此後，每一獨坐，都感到于吉好像就在左右，心中惱火。這次調治箭傷剛有起色，引鏡自照，又見於吉立在鏡中，回頭看，不見於吉，如是再三。孫策摔破鏡子，奮力大吼，傷口崩裂而死。

遇刺身亡

建安五年（200年），曹操與袁紹在官渡對壘相持，孫策暗中盤算襲擊許都，迎取漢獻帝，便秘密整頓軍隊、部署將領。當初，孫策殺死許貢。許貢的幼子與門客逃亡到江邊。

建安五年四月四日（200年5月5日）孫策在丹徒山中打獵。他騎的是一匹快馬，扈從騎兵被遠遠的甩在後面。這時忽然碰到三個人，這三人都是被孫策所殺的吳郡太守許貢的門客，孫策問：“你們是什麼人？”三人回答說：“我們是韓當計程車兵，在這裡射鹿。”孫策說：“韓當計程車兵我全部認識，從沒見過你們”。說完向其中一個射箭，那個人隨著弓弦的聲音而倒下。餘下二人非常恐慌當即彎弓搭箭，向孫策射來。孫策面頰中箭。之後不久而亡，孫權接手。