增值稅專用發票，只限於增值稅一般納稅人領購使用，既作為納稅人反映經濟活動中的重要會計憑證，又是作為購貨方抵扣進項稅額的合法證明。對購貨方“非善意”取得的增值稅專用發票向稅務機關申報抵扣稅款或者申請出口退稅的，應當按偷稅、騙取出口退稅處理，依法追繳稅款，並處以逃稅、騙稅數額五倍以下的罰款。但對購貨方“善意”取得虛開增值稅專用發票，其涉稅問題應當如何處理？　　一、“善意”與“非善意”的界定　　根據《國家稅務總局關於納稅人取得虛開的增值稅專用發票處理問題的通知》（國稅發[1997]134號）、《國家稅務總局關於納稅人取得虛開的增值稅專用發票處理問題的通知的補充通知》（國稅發[2000]182號）以及《國家稅務總局關於納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票處理問題的通知》（國稅發[2000]187號）規定：對納稅人取得虛開增值稅專用發票涉及增值稅的處理作了明確規定，並對”善意“及”非善意“作了政策界定。”善意“是指購貨方與銷售方存在真實的交易，銷售方使用的是其所在省、自治區、直轄市和計劃單列市的專用發票，專用發票註明的銷售方名稱、印章、貨物數量、金額及稅額等全部內容與實際相符，且沒有證據表明購貨方知道銷售方提供的專用發票是以非法手段獲得的。不符合上述條件的即為”非善意“取得增值稅專用發票。納稅人如果接受的專用發票符合規定要求，可以判定為”善意“取得虛開的增值稅專用發票。　　二、善意取得虛開增值稅專用發票的違法行為的處罰　　根據《發票管理辦法實施細則》第四十九條規定：取得不符合規定的發票屬於未按規定取得發票的行為，應根據《發票管理辦法》第三十六條之規定處罰，即處10000元以下的罰款。並且國稅發[1997]134號檔案規定：“取得專用發票未申報抵扣稅款或者未申請出口退稅的，應當依照《發票管理辦法》及有關規定，按所取得專用發票的份數，分別處以1萬元以下的罰款；但知道或者應當知道取得的是虛開的專用發票，或者讓他人為自己提供虛開的專用發票的，應當從重處罰。”該規定遵循了“一事不再罰”的原則，即對應當按逃稅、騙取出口退稅處理的，不再按發票管理規定處罰，但對未形成逃稅、騙稅後果的區分不同情況處罰：對不知道即善意取得虛開增值稅專用發票的，按所取得專用發票的份數，分別處以1萬元以下的罰款；對知道或者應當知道取得的虛開的專用發票從重處罰。　　三、善意取得虛開增值稅專用發票的進項稅不允許抵扣　　根據國稅發[2000]187號檔案規定，對於“善意”取得增值稅專用發票的，對購貨方不以逃稅或者騙取出口退稅論處，但應按有關法規不予抵扣進項稅額或者不予出口退稅；購貨方已經抵扣的進項稅額或者取得的出口退稅，應依法追繳。但對納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票，如能重新取得合法、有效的專用發票，准許其抵扣進項稅額；如不能重新取得合法、有效的專用發票，不準其抵扣進項稅額或追繳其已抵扣的進項稅款。“重新取得合法、有效的專用發票”要符合國稅發[2000]187號檔案的規定，即購貨方能夠重新從銷售方取得防偽稅控系統開出的合法、有效專用發票的，或者取得手工開出的合法、有效專用發票且取得了銷售方所在地稅務機關已經或者正在依法對銷售方虛開專用發票行為進行查處證明的，購貨方所在地稅務機關應依法准予抵扣進項稅額或者出口退稅。　　四、善意取得虛開增值稅專用發票已扣稅款造成少繳的不加收滯納金　　根據《國家稅務總局關於納稅人善意取得虛開增值稅專用發票已抵扣稅款加收滯納金問題的批覆》（國稅函[2007]1240號）規定：納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票被依法追繳已抵扣稅款的，不屬於稅收徵管法第三十二條“納稅人未按照規定期限繳納稅款”的情形，不適用該條“稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金”的規定。也就是說，對納稅人善意取得的增值稅專用發票已經抵扣增值稅，即造成少繳的稅款不加收滯納金。　　五、善意取得虛開增值稅發票所支付的貨款應允許稅前扣除　　善意取得虛開增值稅專用發票所支付的貨款是否允許在企業所得稅前列支的問題，在實踐中有三個“版本”：第一個版本是不允許稅前扣除。其理由是《發票管理辦法》第二十二條規定：“不符合規定的發票，不得作為財務報銷憑證，任何單位和個人有權拒收。”因為取得虛開增值稅專用發票不論是善意取得還是非善意取得，均為不符合規定的發票，所以支付的貨款不允許稅前扣除。　　第二個版本是納稅人在稅務機關責令限期改正的期限內重新取得合法、有效的專用發票允許納稅人作為業務發生年度的成本費用在稅前扣除，否則不允許稅前扣除。在彙算清繳期間取得發票的，可以重新辦理年度所得稅申報和彙算清繳，調減應納稅所得額；在彙算清繳結束後取得發票的，根據《稅收徵管法》的規定，納稅人超過應納稅額繳納的稅款，納稅人自結算繳納稅款之日起三年內發現的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款並加算銀行同期存款利息。　　第三個版本是非善意取得的發票不允許稅前扣除，但對善意取得的增值稅發票不論是否重新取得增值稅發票都應當允許稅前扣除。其理由是：發生的支出能夠作為成本、費用扣除的關鍵條件是，支出必須真實、合法，並且有證明該支出真實、合法的適當憑據。對於取得不符合規定的發票所包含的貨物金額，能否在結轉成本時在稅前列支，關鍵是要掌握兩條，即：發票所代表的業務是否真實、合法。如果違反了其中的任何一條，也就是說，只要不是真實性的業務發生所取得的發票，或者是取得的發票是不合法的，均不得在稅前列支。企業取得第三方虛開的增值稅專用發票，雖然業務是真實發生的，但由於該發票並不是合法的憑證，且並不是“善意”取得發票，故發票所含貨物金額在結轉成本時不得在稅前列支。但對“善意”取得虛開發票，即意味著稅務機關已經認定雖然該增值稅專用發票系虛假開具的，增值稅專用發票所反應的購銷交易活動是真實的、合法的，其貨物的交易金額、款項的支付也不存在問題。發票的虛假只是發票本身的問題，但並不能必然否定發票背後交易本身的真實性與合法性。如果支出的真實性、合法性已經得到確認。　　筆者更傾向於第三個版本。因為新企業所得稅法，企業所得稅稅前扣除強調是三個基本扣除原則，即實際發生、相關性、合理性。“善意”取得虛開發票的實際發生是確定無疑的，它的發生與企業取得生產經營收入直接相關，其發生支出的計算和分配方法也完全符合一般經營常規，具有合理性。新所得稅法在強調真實性原則的同時，不再強調憑證的合法性，意即只要是真實發生，就應該允許扣除。稅務機關認可的善意取得虛開增值稅專用發票，其發生成本的真實性也是認可的，就沒有理由不再允許扣除。對於納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票的這種情形，稅務機關已經判定納稅人存在真實的交易，這種購銷活動也一定與取得應稅收入相關，其支出也符合一般的經營常規。也就是說，完全符合新企業所得稅法稅前扣除的主要條件和基本原則，所以，對善意取得虛開增值稅專用發票未重新取得增值稅發票也應允許稅前扣除。　　六、善意取得虛開增值稅發票超過三年追徵期限不應再補稅　　根據《稅收徵管法》第五十二條規定：“因稅務機關的責任，致使納稅人、扣繳義務人未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內可以要求納稅人、扣繳義務人補繳稅款，但是不得加收滯納金。因納稅人、扣繳義務人計算錯誤等失誤，未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內可以追徵稅款、滯納金；有特殊情況的，追徵期可以延長到五年。對偷稅、抗稅、騙稅的，稅務機關追徵其未繳或者少繳的稅款、滯納金或者所騙取的稅款，不受前款規定期限的限制。”　　而實施細則第八十條規定：“稅收徵管法第五十二條所稱稅務機關的責任，是指稅務機關適用稅收法律、行政法規不當或者執法行為違法”以及第八十一條規定：“稅收徵管法第五十二條所稱納稅人、扣繳義務人計算錯誤等失誤，是指非主觀故意的計算公式運用錯誤以及明顯的筆誤”和第八十三條規定：“稅收徵管法第五十二條規定的補繳和追徵稅款、滯納金的期限，自納稅人、扣繳義務人應繳未繳或者少繳稅款之日起計算”。而作為善意取得虛開的增值稅專用發票的納稅人，將不能抵扣或者不能獲得出口退稅的稅款均予以抵扣或者實際退回，從而不繳或者少繳國家稅款的，應當不屬於“因納稅人、扣繳義務人計算錯誤等失誤”，也不屬於“因稅務機關的責任”，更非因“偷稅、抗稅、騙稅”造成未繳或者少繳稅款的情形，因此，對其所抵扣或者獲得的出口退稅款的追徵期限問題，法律上的規定並不明確。　　根據法定主義原則，在法律無明文規定，或者法律的明文規定不能完全適用的情況下，應當從有利於納稅人的角度適用相關規定。在必須追徵稅款而法律又未規定追徵期情況下，按照“偷稅、抗稅、騙稅”的規定無限期追徵肯定是不公允的，況且納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票，主觀上既非故意也無過失。在必須追徵稅款而法律又未規定追徵期情況下也不應適用“因納稅人、扣繳義務人計算錯誤等失誤”的情形確定追徵期，否則納稅人還將承擔不應當支出的滯納金。　　所以，筆者認為，在法律無明確規定的情況下，應當自納稅人實際申報抵扣或者獲得出口退稅之日起，在三年的期限內追徵稅款，並不得加收滯納金。也就是說，企業取得的虛開的增值稅專用發票所記載之進項稅額，雖然依照法律規定不能抵扣而應補稅，但因該行為自實際獲得抵扣之日起已超過三年，稅務機關已無權要求納稅人再予補稅。

根據國稅發【2000】187號《國家稅務總局關於納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票處理問題的通知》，在有真實的貨物交易情況下沒有證據證明納稅人知道該發票為虛開的，作進項稅額轉出處理。　　國稅發【2000】187號　　各省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局、地方稅務局:　　近接一些地區反映：在購貨方(受票方)不知道取得的增值稅專用發票(以下簡稱專用發票)是銷售方虛開的情況下，對購貨方應當如何處理的問題不夠明確。經研究，現明確如下：　　購貨方與銷售方存在真實的交易，銷售方使用的是其所在省(自治區、直轄市和計劃單列市)的專用發票，專用發票註明的銷售方名稱、印章、貨物數量、金額及稅額等全部內容與實際相符，且沒有證據表明購貨方知道銷售方提供的專用發票是以非法手段獲得的，對購貨方不以偷稅或者騙取出口退稅論處。但應按有關規定不予抵扣進項稅款或者不予出口、退稅；購貨方已經抵扣的進項稅款或者取得的出口退稅，應依法追繳。　　購貨方能夠重新從銷售方取得防偽稅控系統開出的合法、有效專用發票的，或者取得手工開出的合法、有效專用發票且取得了銷售方所在地稅務機關或者正在依法對銷售方虛開專用發票行為進行查處證明的，購貨方所在地稅務機關應依法准予抵扣進項稅款或者出口退稅。　　如有證據表明購貨方在進項稅款得到低扣、或者獲得出口退稅前知道該專用發票是銷售方以非法手段獲得的，對購貨方應按《國家稅務總局關於納稅人取得虛開的增值稅專用發票處理問題的通知》(國稅發[1997]134號)和《國家稅務總局關於〈國家稅務總局關於納稅人取得虛開的增值稅專用發票處理問題的通知〉的補充通知》(國稅發[2000]182號)的規定處理。　　本通知自印發之日起執行。　　國家稅務總局　　二������年十一月十六日

納稅人有真實交易、善意取得“大頭小尾”發票的，如果開票方納稅人所在地主管稅務機關回函證明，該發票確屬開票方自發售稅務機關購買，且購票方、開具方、業務交易、收款屬於同一方，實際交易金額與發票上所列金額一致的，其取得的發票准予作為稅前扣除的憑據。