故事主線: 名偵探柯南』原名叫工藤新一，是一個高中生名偵探，在一次追查一個穿黑衣歹徒行徑時，被設計強迫吃下毒藥而致身體縮小成一個國小學生模樣，為了使自己身體回覆原狀，計誘歹徒現身找到解藥，工藤新一於是開始設法隱藏身份，有一天他在阿笠博士的家中恰好看到了書架上『江戶川亂步 』全集，而他爸爸又『柯南道爾』的書迷，於是靈感一動，就以『江戶川柯南』之名來掩飾身份。並住進女友小蘭家裡，想找出那些害他變小的黑衣人。又結識吉田步美等人，組成少年偵探團。並與大坂的高中生偵探服部平次成為好友。後藥物設計者與他同樣變小的灰員哀也加入進來。至今仍在尋找黑衣組織那些人…… 主線情節按順序排列 vol1 GIN&VODKA初次登場，讓新一一夜之間縮水變成了柯南。變小後住進了小蘭家裡。 vol2 《奇怪的尋親殺人事件》宮野明美第一次也是最後一次正面出場。柯南對組織有了初步認識。 vol3 蘭第一次懷疑柯南的身份，阿笠博士幫忙解圍。 vol4 GIN&VODKA再次登場，柯南知道了二人的代號。 vol10 新一再次登場！就此知道了感冒+白乾能使他恢復原狀，不過時間不長。 vol12 龍舌蘭登場，旋即被炸死。原來組織在尋找程式設計員。 vol14 小蘭再一次懷疑柯南身份，這次是有希子幫的忙。 vol16 基德閃亮登場。究竟基德在柯南里只是客串還是最終會和主線聯絡上還是未知數。 vol18 灰原登場亮相。柯南第一次知道了藥的名字是aptx4869。藥的資料卻由於病毒完全給刪除了. vol19 從灰原那裡得知了組織的計劃始於半個世紀前，但究竟是什麼不得而知了。“人是不能違逆時光洪流的”，這句話在後面還會出現。 vol24 新出醫生登場，誰也不會想到，一場看似普通的謀殺案竟然會為近二十卷之後才出現的情節埋下伏筆。 峰迴路轉，高潮迭起的《與黑衣組織的再次重逢》！灰原解釋了aptx4869原來是細胞程式性死亡。vermouth在這裡第一次露面。皮斯克與灰原的父母很熟悉，藥的開發在灰原父親的時代就開始了。GIN提到了“那位先生”，在以後會經常出現。 vol26 蘭再一次懷疑柯南的身份，這一次的情節被很多柯迷奉為經典。 vol27 茱蒂老師登場，身份可以的外國女人。 vol28 在人魚島上發現了宮野志保的簽名，究竟有何隱情？ vol29 vermouth再次露面，“黑的和黑的混在一起，只會變得更黑”。茱蒂，新出同時出現在了巴士上，令灰原感到了前所未有的恐懼。赤井秀一第一次登場。 vol32 熊貓車事件，Mr Black登場。灰原在與赤井擦肩而過的瞬間竟然露出了恐懼。 vol33 赤井出現在了佐藤相親的地方，繼而又在監視偵探事務所，究竟有何目的？茱蒂老師提到“FBI”。 vol34 vermouth的箭靶上貼上了柯南，蘭，灰原的照片。柯南和平次去拜訪茱蒂老師，可是神秘的女人還真不容易參透。 vol35 金蘋果事件隆重登場！時間回到一年前，當時的赤井還是一頭長髮。沙朗登場，她和有希子曾經同門學過易容。新一和蘭救了殺人魔，一處精心準備的伏筆。 vol37,38 白色的雪，黑暗的影子，黑衣組織再度出場，這次他們的目標是程式設計師板倉。柯南和GIN的第一次正面交手，柯南一度陷入危機，可最後不知是GIN放水還是疏忽，柯南僥倖逃過一劫。板倉的日記裡內容豐富，有“態度高傲討厭貓的女王”，還有“我們要違逆時光的洪流，讓死人復活”。組織的目的起始浮出水面。 vol41 可以的人物的活動更加頻繁了，看不見的包圍圈正一步一步縮小，於是灰原又感冒了。明美在人們的回憶裡再度登場，留給了妹妹幾盤錄音帶，可是內容只有灰原知道了。灰原的父母浮出水面，“Hell Angle”由此而來。 vol42 滿月之夜的二元推理！精彩的高潮，揭開了很多的密題，許多人物的身份水落石出，但是又提出了新的懸疑。vermouth的手機按鍵音成了日後劇情發展的新線索。 vol46 原來那個手機按鍵音是《七個孩子》！ vol48,49 與黑衣組織魔掌碰觸的瞬間，組織的成員Kir,Chianti,Korn登場。本堂英佑登場，在以後的發展中，他和水無憐奈成為了主要線索。
故事主線: 名偵探柯南』原名叫工藤新一，是一個高中生名偵探，在一次追查一個穿黑衣歹徒行徑時，被設計強迫吃下毒藥而致身體縮小成一個國小學生模樣，為了使自己身體回覆原狀，計誘歹徒現身找到解藥，工藤新一於是開始設法隱藏身份，有一天他在阿笠博士的家中恰好看到了書架上『江戶川亂步 』全集，而他爸爸又『柯南道爾』的書迷，於是靈感一動，就以『江戶川柯南』之名來掩飾身份。並住進女友小蘭家裡，想找出那些害他變小的黑衣人。又結識吉田步美等人，組成少年偵探團。並與大坂的高中生偵探服部平次成為好友。後藥物設計者與他同樣變小的灰員哀也加入進來。至今仍在尋找黑衣組織那些人…… 主線情節按順序排列 vol1 GIN&VODKA初次登場，讓新一一夜之間縮水變成了柯南。變小後住進了小蘭家裡。 vol2 《奇怪的尋親殺人事件》宮野明美第一次也是最後一次正面出場。柯南對組織有了初步認識。 vol3 蘭第一次懷疑柯南的身份，阿笠博士幫忙解圍。 vol4 GIN&VODKA再次登場，柯南知道了二人的代號。 vol10 新一再次登場！就此知道了感冒+白乾能使他恢復原狀，不過時間不長。 vol12 龍舌蘭登場，旋即被炸死。原來組織在尋找程式設計員。 vol14 小蘭再一次懷疑柯南身份，這次是有希子幫的忙。 vol16 基德閃亮登場。究竟基德在柯南里只是客串還是最終會和主線聯絡上還是未知數。 vol18 灰原登場亮相。柯南第一次知道了藥的名字是aptx4869。藥的資料卻由於病毒完全給刪除了. vol19 從灰原那裡得知了組織的計劃始於半個世紀前，但究竟是什麼不得而知了。“人是不能違逆時光洪流的”，這句話在後面還會出現。 vol24 新出醫生登場，誰也不會想到，一場看似普通的謀殺案竟然會為近二十卷之後才出現的情節埋下伏筆。 峰迴路轉，高潮迭起的《與黑衣組織的再次重逢》！灰原解釋了aptx4869原來是細胞程式性死亡。vermouth在這裡第一次露面。皮斯克與灰原的父母很熟悉，藥的開發在灰原父親的時代就開始了。GIN提到了“那位先生”，在以後會經常出現。 vol26 蘭再一次懷疑柯南的身份，這一次的情節被很多柯迷奉為經典。 vol27 茱蒂老師登場，身份可以的外國女人。 vol28 在人魚島上發現了宮野志保的簽名，究竟有何隱情？ vol29 vermouth再次露面，“黑的和黑的混在一起，只會變得更黑”。茱蒂，新出同時出現在了巴士上，令灰原感到了前所未有的恐懼。赤井秀一第一次登場。 vol32 熊貓車事件，Mr Black登場。灰原在與赤井擦肩而過的瞬間竟然露出了恐懼。 vol33 赤井出現在了佐藤相親的地方，繼而又在監視偵探事務所，究竟有何目的？茱蒂老師提到“FBI”。 vol34 vermouth的箭靶上貼上了柯南，蘭，灰原的照片。柯南和平次去拜訪茱蒂老師，可是神秘的女人還真不容易參透。 vol35 金蘋果事件隆重登場！時間回到一年前，當時的赤井還是一頭長髮。沙朗登場，她和有希子曾經同門學過易容。新一和蘭救了殺人魔，一處精心準備的伏筆。 vol37,38 白色的雪，黑暗的影子，黑衣組織再度出場，這次他們的目標是程式設計師板倉。柯南和GIN的第一次正面交手，柯南一度陷入危機，可最後不知是GIN放水還是疏忽，柯南僥倖逃過一劫。板倉的日記裡內容豐富，有“態度高傲討厭貓的女王”，還有“我們要違逆時光的洪流，讓死人復活”。組織的目的起始浮出水面。 vol41 可以的人物的活動更加頻繁了，看不見的包圍圈正一步一步縮小，於是灰原又感冒了。明美在人們的回憶裡再度登場，留給了妹妹幾盤錄音帶，可是內容只有灰原知道了。灰原的父母浮出水面，“Hell Angle”由此而來。 vol42 滿月之夜的二元推理！精彩的高潮，揭開了很多的密題，許多人物的身份水落石出，但是又提出了新的懸疑。vermouth的手機按鍵音成了日後劇情發展的新線索。 vol46 原來那個手機按鍵音是《七個孩子》！ vol48,49 與黑衣組織魔掌碰觸的瞬間，組織的成員Kir,Chianti,Korn登場。本堂英佑登場，在以後的發展中，他和水無憐奈成為了主要線索。