結構基因是一類編碼蛋白質或RNA的基因.在大腸桿菌乳糖代謝的基因調節系統中有3個連鎖在一起的結構基因。 其包括：編碼序列——外顯子，插入外顯子之間的非編碼區——內含子

(一)編碼區

自起始密碼至終止密碼的一般DNA序列稱為編碼區。編碼區含有若干段編碼/頃序，是該基因表達為多肽 鏈的部分，稱為外顯子。外顯子是不連續的，其間有不編碼的間隔順序隔開，間隔順序稱為內含子。轉錄後的內含子順序，在初級轉錄物加工時被切掉；因此，結構基因又稱為不連續基因或斷裂基因。如果一個結構基因含有n個內含子，那麼，將含有n+1個外顯子，但內含子的核苷酸的數量可比外顯子多許多倍，也有少數真核生物的結構基因沒有內含子，如組蛋白基因、干擾素基因等。

每個外顯子和內含子的接頭區有一段高度保守的序列，即內含子5’端以GT開始，3’端以AG結束，這種結構稱為GT—AG法則。轉錄後，GT、AG在hnRNA上的相應序列是RNA畫按的識別訊號，

(二)側翼序列

側翼序列包括前導區、尾部區、調控區，調控區又包括啟動子、增強子、終止子等：

1、前導區和尾部區 此二區被轉錄並參與成熟mRNA的組成，但不被翻譯，前者位於轉錄起始點和第一外顯子之間，相當於mRNA5’端的非翻譯區(5’UT)；後者位於最末外顯子和終止子之間，相當於mRNA3’端非翻譯區(3'UT)。前導區和尾部區轉錄後的相應序列在mRNA中起維持mRNA穩定性的作用。

2、啟動子 啟動子是指能與RNA聚合酶結合的DNA序列，此序列能啟動基因的轉錄，是RNA聚合酶識別轉錄起始部位的訊號，目前已發現3種啟動子序列，均位於轉錄起始點的上游，包括：TATA框(P1)，位於轉錄起始點上游19-27bp處；CAAT框(P2)。位於轉錄起始點上游70—80bp處；GC框(P3)，有2個複製，位於CAAT框的兩側。

3、增強子 增強子指雖不能啟動基因的轉錄，但有增強轉錄作用的DNA序列．增強子的位置不固定，可以是在轉錄起始點的上游，也可以是下游，甚至可以插在內含子中；增強子通常有組織特異性，可與不同組織的特異性因子結合，從而對基因表達因組織器官的不同而起不同的調節作用。

4、終止子 終止子是尾部區和轉錄終止點間的一段特定序列，具有終止轉錄的功能。其共同結構特徵是：

(1)AATAAA序列：是終止子的起始序列，稱為mRNA裂解訊號，其作用是指導核酸內切酶在訊號下游10—15bp的特定位點上裂解mRNA。

(2)迴文序列：是一段長約7-20個核苷酸對的反向重複順序，也稱為終止訊號，是RNA聚合酶轉錄終止的訊號，位於AATAAA的下游，其對稱軸距轉錄終止點約16-24bp。

(3)A—T對序列：是自迴文序列末端起至轉錄終止點的一段序列，有6-8個A—T對。迴文序列和A—T對經轉錄後可形成髮夾結構及與A互補的一串U，髮夾結構的存在阻礙RNA聚合酶的移動，而A—U之間氫鍵結合較弱，故RNA/DNA雜交部分易於拆開，有利於轉錄物從DNA模板上釋放出來。結構基因基本上由編碼區和非編碼區兩部分組成，非編碼區位於編碼區的上游和下游，故又稱側翼序列。