這個問題我覺得應該在特定的時間線上去分析，蒙古騎兵天下無敵時還沒有明軍。而在元末時期，蒙古騎兵已經不能稱之為天下無敵了。

在鐵木真時代，不光成吉思汗是一代天驕，軍事能力政治能力達到了世界頂峰。就連他手下的那一眾將領所表現出的能力也是碾壓所有對手的。這種人才儲備是蒙古大軍戰無不勝的保障，決定著軍隊能力的上限。

到了元末，蒙古軍隊已經沒什麼拿得出手的將軍了。這些士兵其實還是沒問題的，否則一個王保保不可能堅持那麼長時間。只是當時的皇帝太坑了，一個王保保獨木難支。

再一個元末內部實在混亂，中央集權很差，部隊各自為戰，很多甚至直接投降了朱元璋。這就造成蒙古人打蒙古人的局面，而且投降的蒙古騎兵有吃有喝裝備精良。

這些投降的蒙古騎兵作為前鋒，成為了明軍攻城拔寨的利器，加上漢人的火器和新研發的弓弩，這就是加強版的蒙古鐵騎。他們依靠出色的軍事素質和升級的裝備，打得曾經的戰友毫無還手之力。

所以說蒙古騎兵從單兵上並不存在所謂的衰落，只是內外部環境的改變，讓他們不具備以前一枝獨秀的威力了。

任何事物都有一個由弱變強，由強轉衰的過程。封建社會的朝代更替就是遵循著這樣的規律。在忽必烈建立元朝之前，蒙古騎兵能征善戰，縱橫天下。但在忽必烈滅掉南宋，統一全國之後的時期裡，一方面，元朝統治者排斥具有四千多年悠久歷史的漢文化，採取民族壓迫，激起了被壓迫民族的反抗，為元朝的滅亡創造了條件。另一方面，元朝的統治者只貪圖享樂，不思進取，而且苛政猛於虎，喪失了民心。當元朝末年農民起義暴發時，立即遍及全國。廣大農民為了推翻元朝的民族壓迫，紛紛參加起義軍，個個都奮勇殺敵，最終打敗了蒙元軍隊，推翻了元朝，建立了明朝。

因為明軍裡就包括了大量的蒙古騎兵，而且跟著農耕民族混，這批人吃的好穿的好裝備也精良，打了勝仗有獎勵，萬一掛掉家裡婆娘和娃還有國家照顧，和對面那些破衣爛衫連鐵器都只能靠搶的同胞比，顯然更有作戰動力。

早在北伐之時，朱元璋的軍事系統裡就吸納了大量的蒙古騎士，本來當時的大元已經四分五裂，幾股勢力間打的不可開交，朱元璋好整以暇從容北伐之下 ，除了少部分跟隨順帝遠遁大漠外，很多人打累了打煩了就自動留了下來，加之明代優容色目蒙古人，所以這部分人很快就融入了新的朝代，成為最初明軍中機動騎兵部隊的中堅力量。

後來的靖難之役裡，朱棣自北地起兵的最大支柱之一就是從寧王那裹挾來的朵顏三衛，這一萬多蒙古鐵騎佔燕軍總數的十分之一，但卻在四年內戰中表現格外出色，由他們開散出來的蒙古軍魂也就此在明軍裡紮下了根。

明末，李成梁等名將手下都有為數不少的蒙古騎兵精銳，各位領軍大員要麼和邊地蒙古貴族聯姻，要麼把弓馬嫻熟的蒙古騎手延攬到自己麾下充當親軍，像滿桂等名將本身就是蒙古騎士出身，像祖大壽等人家族中也不乏蒙古血統。所以，明代以來，明軍至少邊軍系統的戰鬥力其實一點不弱，補給充分、士氣正常的情況下，和蒙古騎兵滿清騎兵過招基本都是能一對一不落下風的存在。

舉個比較接近現代的例子，當時的蒙古與其他國家就好比二戰中的德國和蘇聯，初期德國憑藉裝甲優勢勢如破竹，後期蘇聯的軍工製造全開了，德國就再無勝算了，這和蒙古用騎兵致勝是一樣的，明朝也組建了強大的騎兵，步兵也找到了對付騎兵的一些方法。