費耶阿本德的《反對方法》一書從意圖上可以分為兩個部分：

(a) 從“導言”到第3章，以及第5章到第16章，主要論證對科學研究進行方法論的“邏輯重建”之不可能，並且由於“在科學哲學家所‘重建的’檢驗法則和科學家在實際研究中所應用的程式之間有著一種十分明顯的差別”(p.134)，因此假如把科學哲學中諸如“歸納-確證”、“猜想-反駁”、“科學研究綱領方法論”這樣的方法論模型應用到實際的科學研究中去，勢必要阻礙科學事業的進步；

(b) 第4、17、18章討論的是“文化相對性”問題主要對科學與其它“生活方式”進行比較，認為科學本質上是與神話、宗教相同的意識形態，而“意識形態的取捨應當讓個人去決定”(p.255)，甚至必要時可用“政治干預”來“克服科學沙文主義”(p.24)。

如果用那個著名的口號來概括，則(a)部分論證在科學研究過程中（即在堅持某一科學理論與否的問題上）“anything goes”，而(b)部分則論證在科學與非科學之間進行選擇時“anything goes”。

費氏否定了科學哲學中邏輯學進路（或方法論進路）的可行性，是通過歷史學的辦法完成的。歷史學進路無疑來自於“庫恩轉向”。一方面，在這之前，科學哲學討論更多的是概念分析、邏輯重建、詞項歸類等等問題，而50~60年代以後，文字的引證、歷史情境的重構則成為了科學哲學著作中的主幹內容；另一方面，庫恩以前的科學史/科學思想史作者，如柯瓦雷等，關心的是“科學思想如何演變”、“科學如何發展而來”，勾勒關於“the becoming of science”的線索，而庫恩則試圖考察歷史給出“being”：“科學是什麼”、“什麼是科學的本質”，並認為這一追問只有通過歷史學方法才能達到。所以如今有一種常見的說法：“透過對16~17世紀科學革命的瞭解，可以讓我們更好地把握科學的本質。”

但是《反對方法》所採用的科學史分析的手段，對科學的認識論與方法論基礎的消解，至少存在三方面可疑之處。

可疑處之一，是對“科學革命”階段與“常規科學”階段進行案例考察時的不平衡性。《反對方法》中所考察的科學史案例計有：哥白尼-伽利略天文學、開普勒-巴羅-牛頓光學、熱力學第二定律-布朗運動、狹義相對論-洛倫茨解釋、廣義相對論、哥本哈根解釋-隱變數解釋，無一不與16~17世紀、19世紀末~20世紀兩次重大科學革命有關，而庫恩《科學革命的結構》中作為“常規科學”示例提到的“卡文迪許儀器”、“阿特伍德機”、以及“為了處理兩個以上互相吸引的物體的運動以及探討受擾動軌道的穩定性”而殫精竭慮的歐洲數學家們等等，則完全沒有提及。

但是，對“科學革命”案例的考察，是否可以代替對“科學”的考察？或者說：當我們問“什麼是科學的本質”時，我們所要問的究竟是什麼？“科學革命”是否使我們通達“科學”的本質？“科學革命哲學/科學革命史”是否等於“科學哲學/科學史”？“常規科學”真的是無足輕重的嗎？我們所談論的“科學”，究竟更應該是“科學革命”，還是“常規科學”？

第二個可疑之處，是對16~17世紀科學發展的過分關注和對“後17世紀科學”(《反對方法》p.173)相應的忽略引起的誤導。比較費氏對伽利略案例的使用和量子力學-相對論案例的使用可以發現，有幾個對他來說相當重要的論點，只能透過伽利略案例獲得，而一直沒有用19~20世紀的案例加以論證。如：

(1) 堅持一種理論而非另一種理論，並非如“維特根斯坦、漢森或其他人”所認為的“起因於證據本身的差異”，而完全是由於“對現有證據的無動於衷”(p.106以下)。

——日心說的提出符合這種說法，但無法證明相對論或量子力學是在沒有任何現有證據的支援下提出的（而實際發生的事情恰恰支援相反的結論，如果沒有“反常”的出現與支援，根本不可能有相對論或量子力學的提出）；

(2) “對新思想的歸順將不得不借助論證以外的手段促成。它的實現將不得不依賴非理性的手段，諸如宣傳、情感、特設性假說以及訴諸形形色色偏見……正是在這種背景之下，一個新的世俗階級的興起變得如此重要”(p.123)。

——前半句雖然與庫恩有關正規化間選擇的看法類似，實則對非理性因素作用的強調遠遠超過了庫恩（庫恩只是說，“為了知道科學革命是如何實現的，我們不但要考察自然現象和邏輯的推動和影響，也要研究那些在各特殊的科學家共同體中有效的說服論辯技巧”）；後半句則明顯只適用於伽利略時代而非愛因斯坦時代。

“專業化”是理解對16~17世紀過分關注導致對科學本質的誤解之關鍵所在。默頓《十七世紀英格蘭的科學、技術與社會》指出，“只是在經過一段特徵性的長期發展之後，各種社會的體制包括科學體制，才會獲得一種程度可觀的自主性”，而“科學正處在體制化的過程中”與“科學已徹底體制化”這兩種“事態”是完全不同的。這樣的情況當然只能發生一次（造成“後17世紀科學”與之前“科學”的區別），而以後的科學革命則不再具有這樣的作用；甚至庫恩的“前科學-科學革命-常規科學-科學革命-……”的鏈條也提示了“前科學”的唯一性——“前科學-科學革命”的“科學革命”與“常規科學-科學革命”的“科學革命”能否簡單地等同？

許多歷史學進路的研究者恰恰忽視了這個問題，他們透過研究16~17世紀的科學得出一個個關於科學“如何”與“應該如何”的論斷（就如《反對方法》或許多科學史論著所做的那樣），而沒有考慮到，本質應該在當下尋求，科學只有作為體制化、專業化的科學，才得以成為現在的科學與將來的科學；向體制化之前或“體制化的過程中”的科學追問“科學的本質”，只能是緣木求魚，南轅北轍。

前述對非理性手段作用的誇大就來自於此，由於哥白尼-伽利略案例的巨大影響，使得人們以為，非理性的手段才是從舊正規化向新正規化的轉換的決定性因素——“無知或懶散又是極大的幸事”，“正是同時代人的這種思想麻木，使伽利略獲得如是的成功”(p.93)等等。事實上這樣的“無知”、“懶散”和“麻木”只能出現在尚未專業化的共同體之中。因此，對16~17世紀的過分關注可能使我們通達“前科學”的本質，卻很難說能對把握“科學”的本質有所裨益。

第三個可疑之處，見於費耶阿本德的這段話：“無知、冥頑不化、依賴偏見、撒謊等都決不阻礙知識前進，相反，凡此種種都是科學的必要前提”(p.227)。——這裡他透露出這樣的資訊：歷史學方法可以證明，對於科學而言什麼是“必要”的。但這一觀點可以成立嗎？

當我們論證A是B的必要條件時，無非是使用兩種方法，一是邏輯分析，如“某甲活著”是“某甲在說話”的必要條件；二是事實歸納——為了保證歸納的可靠性，需要採取一定的措施，如“重複實驗”和“設定對照組”等等。但是，這些保證可靠性的措施恰恰是歷史學考察無法採用的，因為歷史只發生一次，而且只能發生一次。歷史學方法所給出的只能是“歷史上發生的情況”，這並不見得就使它成為“不可或缺的條件”。