古箏行動是《三體》第一部當中的一個重頭戲：為了完整地獲得儲存有三體世界和ETO組織資料的電腦硬碟，作戰中心採納了史強的方案，在巴拿馬運河用汪淼的奈米中心所提供的奈米材料“飛刃”將ETO的大本營——油輪“審判日號”切割成一堆薄板，徹底摧毀了ETO組織。
在這個過程中，油輪上的人員也會被全部殲滅，死亡的方式是被奈米絲切割成兩或三段。船員的死亡並不僅僅是奈米絲切割船體時不可避免的“順帶”結果，實際上還是行動計劃中本來就包括的部分——為了避免ETO成員破壞硬碟，必須保證在他們反應過來之前，就把他們全部消滅掉。
所以史強才說必須讓油輪在白天過運河，因為這時船員不睡覺，人體不處於躺平狀態，才可以保證間隔50釐米的奈米絲能夠穿過人體。說白了，這確實就是有意的謀殺。
在書中的特定場景中，相關人員都知道是怎麼回事。由於行動的特殊性質，相當於對敵作戰，計劃中考慮如何消滅敵人是很正常的事。但對於普通人來說，面對這樣有計劃的奪人生命還是會感到不適。書中汪淼就是這樣，雖然理智上他能理解並接受這樣的安排，但是親眼目睹自己研製的奈米材料成為“殺人工具”的過程，還是讓他幾乎徹底崩潰。
汪淼作為一名理性的科學家，而且是全程參與作戰中心計劃，對事情性質一清二楚的核心人員，尚且如此，完全不知道《三體》或三體為何物的普通觀眾就更難以接受這樣的情節了。所以，我一直懷疑電視劇是沒法展現古箏行動的。即使要展現，估計也是含含糊糊地一筆帶過。但這樣的話，書裡最精彩的部分之一就沒了，劇版的吸引程度必然大打折扣，至少不會讓書迷滿意。
沒想到劇版最後還是展現出來了，而且遠超期待，劇粉大開眼界，書粉心滿意足。
這當中，劇版的一個改編顯然起了不小的作用。就是題主所說的“將船員定性為無可救藥的罪犯”，這一來就規避了書中令汪淼十分難受的那個“會不會傷及無辜”的問題，也讓觀眾心安理得，可以不帶思想負擔地專心觀賞這場視覺盛宴。
現在題主的問題是，越是深入讀《三體》，越會碰到類似汪淼那種普通人的困惑。古箏行動在整套書中還不是最顛覆的，這次可以這麼改編，但以後的情節怎麼辦？要知道在書中，殺死“無辜者”的情況並不在少數，很難次次都解釋成死者並非無辜啊。
文字和影片是資訊傳輸的不同載體，在我看來，二者影響受眾的方式不盡一致，影響的範圍也不一樣。一般來說，影片資訊直接透過感官接收，迅速然而表淺。文字則需要先從眼睛到達大腦，再由大腦進行解析，也就是“閱讀理解”，這個過程就要曲折一些，但也讓人有更從容的時間去思考和咀嚼。
所以，影片適合不那麼喜歡思考，更願意對資訊“照單全收”的人們，而文字適合喜歡深層思考，透過反覆的思考沉澱完成“閱讀理解”的人們。總體而言，文字的受眾大概要比影片的受眾更“陽春白雪”一點，更深層次，卻也更小眾。相對而言，影片的受眾範圍更廣，但層次大概就要淺一些。
書籍和電視劇，可以看成是文字和影片的代表。前者的受眾面比後者要小，也就是書籍的讀者要比電視劇的觀眾少。如果把觀眾看成普羅大眾，那麼讀者大概就是小眾一點的“讀書人”。但相對來說“讀書人”的認知範圍反而會被認為比普通人大一點，這跟“讀書人”被預設為層次高一點、能夠選擇和接觸的資訊種類多一點有關係。
這大概就是現實中圖書出版的稽核尺度要比電視劇發行的稽核尺度寬鬆一點的緣故吧，畢竟後者面對普羅大眾，允許展示的東西必然是“向下傾斜”的。也就是要照顧大多數人的情緒，要保證政治正確的“正能量”，說白了就是寧可天真幼稚，不可觸碰普通人認知中的“死理”。
不可濫殺無辜，便是人們普遍認可的“死理”之一。古箏行動無可避免地要“濫殺無辜”，就跟這個“死理”相牴觸。放在書裡沒問題，讀者能理解其中緣由。但放在面向大眾的電視劇，估計過審都成問題，所以劇版《三體》為了播出必須要做一些妥協，進行相應的改編，這個大家都能理解。
真正的難題在於，如何改編得既能過審，又不跟原著的精神有明顯矛盾——題主想問的其實也就是這個問題。
我覺得目前劇版《三體》就是個成功的例子，也可以作為以後製作第二部、第三部的參考。
劇中怎麼改編的呢？就是汪淼和斯坦頓上校在巴拿馬運河現場觀看古箏行動執行過程中，借斯坦頓上校之口告訴汪淼——其實也就是告訴觀眾，“審判日號”就是“惡魔之谷”，船員盡是十惡不赦的犯罪分子、沒人性的惡魔，比如將斯坦頓上校的孩子開膛破肚的恐怖分子……
這一段是書中沒有的，在劇中專門加入的原創。很顯然，目的就是過審——在普羅大眾的道德認知中，這種程度的罪大惡極，完全就是魔鬼化身，那麼這些船員本來就該千刀萬剮下地獄，所以奈米絲切掉他們是理所當然的正義行為。沒有了“會不會傷及無辜”的心理負擔，觀眾就可以放心地欣賞古箏行動這一精彩的重頭戲了。
只是從書粉的角度來較真，這一段強行加入的解釋固然是不得已而為之，但始終是無意義的畫蛇添足，況且也不合邏輯：一艘船怎麼可能所有人都是罪大惡極的呢？總有隻負責維護船隻執行的普通打工人吧，真要是一船頂級罪犯，以他們那種橫行霸道的心態，會甘於做默默幹活的船員？他們可沒有伊文斯那樣的信仰，才不會乖乖聽命於伊文斯。要他們呆在船上以避追捕可以，但代價是老實當船員，那他們就未必肯了。實際上，伊文斯網羅一幫無法無天的罪犯在自己身邊，本身就是極不合理之事，也跟ETO成員基本上是人類精英的原著設定不符。
但普通觀眾不會有這樣的思考邏輯，只有樸素的道德觀：ETO是壞的，“審判日號”是壞的，伊文斯是壞的，他身邊的船員自然也都是壞的。背叛人類的組織成員得是怎麼個壞法？自然就是殺人不眨眼的那種惡魔式的壞咯！
所以這段改編雖然不合邏輯，但是很符合大眾的“想象”。其實劇中已經有自相矛盾的地方，比如那個對其他人的行徑看不過眼、向伊文斯告狀的小船員，顯然就是一朵未經罪惡浸染的小白花，不屬於該死的“惡魔”行列。但觀眾這時會自動忽略掉這點，畢竟剛剛斯坦頓描述的那個惡魔恐怖分子太可恨，對觀眾情緒刺激太大，已經想不到其他人了。
仔細看劇，會發現除了這段原創，古箏行動這段戲，基本上完全照搬原著，包括討論計劃時史強和眾人的對話，編劇都不用另外寫臺詞，直接使用書中原話。這不但讓書迷非常滿意，還可以對沖那段改編情節的虛假邏輯，保證整場戲總體而言依然是相當忠實於原著的。
具體的技巧把握，表現為兩點。
一是篇幅的控制。原創情節，也就是汪淼和斯坦頓上校的對話，以及船上船員的鏡頭，總共也就幾分鐘吧。也就是用來安撫觀眾情緒，告訴普通觀眾“不用擔心傷害無辜，船上的人都該死”的資訊，只用了幾分鐘，不會喧賓奪主。而高度還原原著的情節，包括行動前的會議和整個行動過程的磅礴展示——這裡面就有“奈米絲切人”的展示，卻足足用了幾十分鐘，一集都放不下。這樣的比例，也足夠安撫原著粉，讓他們可以原諒那看似不合邏輯的幾分鐘原創。
具體就是史強在會議上強調一定要讓船在白天過運河，好確保船上人員都被消滅的那一段。如果為了突出“不濫殺無辜”的主題，這一段本來可以不提的。就算要提，也可以含糊一點，不必把想象中的殺人場景描摹得那麼細緻。就算為了解釋奈米絲如何運作才那麼詳細圖解，那也不必讓史強在闡述計劃時那麼眉飛色舞，好像計劃殺人是一件多麼愉快的事似的，也不必讓在場的那些軍官一邊假惺惺說大史是魔鬼，一邊做著各種心照不宣的得意表情以表示他們也都跟大史一樣對這個“殺人計劃”很滿意。
所有這些，如果是為了強調聖母心的“不濫殺無辜”，完全可以不展現，甚至不應該展現——按照普通觀眾的聖母心理，殺戮總是不好的，即使物件是十惡不赦的壞蛋，也不應該仔細玩味殺人過程，這麼殘暴嘛。
但劇版就是展現了，這恰恰是對原著的尊重。
書迷都知道《三體》的一大特點就是跳出傳統道德觀的束縛，在冷峻的宇宙尺度背景下，讓人思考那些習以為常的“道理”是否符合邏輯。有人說《三體》價值觀有問題，太黑暗，其實是沒讀懂這書。《三體》的故事並不站在人本角度，不遵循“人類就是最高正義”這一許多人認為理所當然的設定，而是跳出人類自身的視野，把人類放在茫茫宇宙中普通一分子的位置來審視。所以才能那麼深刻地刻畫人性，所以才毫不吝嗇地最後讓人類走向滅亡——不是不熱愛人類，而是人類意志不能高於宇宙規律，如果死抱著宇宙萬物都為人類服務的傲慢態度，最後的結局也是註定的。
這是對人性的反思和警醒，而不是單純的肯定或否定。全書都在講一個道理：人不比天大。
投射到某個具體的小層面，就是主觀情緒不比客觀規律大。“傷害”與“正義”不能共存，本來就是一種主觀願望或者說情緒，在客觀世界，確實是無法保證的。史強和那些軍官因為職業緣故，對這一點非常清楚，所以不需要浪費時間討論無意義的聖母問題，心照不宣的微笑也不代表他們喜歡殺戮，只是職業上的放鬆表現——解決了一件工作難題。作為普通人代表的汪淼感到不適是正常的，但理性依然使他接受了這種安排。
電視機前的觀眾更為普通，恐怕連汪淼那種理性都不會有，所以需要照顧他們的感受。但一味遷就照顧，就跟原著要表達的反思和警醒背道而馳了。一味迎合觀眾的聖母心，這樣改編的《三體》就變味了，不是《三體》了。
我想這就是劇版《三體》最後呈現成這種樣子的原因：最大限度地保留原著內容，包括那些可能引起爭議的內容，這才是對原著的尊重——原著的價值就在於這些一般人不願意細思的“爭議”中。同時為了過審，照顧普通觀眾，適當加入改編情節，但努力不讓這些情節喧賓奪主，篡改原著精神。
這大概就是劇版《三體》得到多方認可的原因，真的很良心很誠意了。主創顯然是完全讀懂了不走尋常路的《三體》，同時也知道電視劇的一些預設“規則”，在二者之間做了不錯的平衡。於是我們觀劇時會覺得葉文潔的黑化可以理解、伊文斯對人類的憤恨可以理解、三體人不顧一切要佔領地球可以理解、人類一定要清除ETO更是可以理解……諸多對立，卻都可以理解，那就沒有白看《三體》了。
說了那麼多，歸根結度一句話：就劇版《三體》來看，可以相信主創團隊的水準了，包括對原著的尊重和把握，以及對電視劇尺度的尊重和把握。如果還是同樣的團隊來操刀第二部、第三部，我覺得也可以延續這種信任。題主擔心的問題，比如將來章北海殺人那一段怎麼處理，團隊自會解決。非要具體回答，我覺得參照第一部的處理方式未嘗不可，一方面保留書中的核心設定和主要內容，比如讓章北海孤膽英雄的人設立得穩穩的，另一方面進行適當的改編，比如把那幾個元老描述得並不那麼無辜，或者把章北海的刺殺結果處理成巧合的意外。
具體怎樣，就到時再看吧。
總的來說，這是一個充滿智慧與創造力的改編，它展示出對原著精神的深刻理解，同時極大地縮小了素材在影視表現中的差距，讓古箏行動有了更加逼真的場景體現。
古箏行動是《三體》第一部當中的一個重頭戲：為了完整地獲得儲存有三體世界和ETO組織資料的電腦硬碟，作戰中心採納了史強的方案，在巴拿馬運河用汪淼的奈米中心所提供的奈米材料“飛刃”將ETO的大本營——油輪“審判日號”切割成一堆薄板，徹底摧毀了ETO組織。
在這個過程中，油輪上的人員也會被全部殲滅，死亡的方式是被奈米絲切割成兩或三段。船員的死亡並不僅僅是奈米絲切割船體時不可避免的“順帶”結果，實際上還是行動計劃中本來就包括的部分——為了避免ETO成員破壞硬碟，必須保證在他們反應過來之前，就把他們全部消滅掉。
所以史強才說必須讓油輪在白天過運河，因為這時船員不睡覺，人體不處於躺平狀態，才可以保證間隔50釐米的奈米絲能夠穿過人體。說白了，這確實就是有意的謀殺。
在書中的特定場景中，相關人員都知道是怎麼回事。由於行動的特殊性質，相當於對敵作戰，計劃中考慮如何消滅敵人是很正常的事。但對於普通人來說，面對這樣有計劃的奪人生命還是會感到不適。書中汪淼就是這樣，雖然理智上他能理解並接受這樣的安排，但是親眼目睹自己研製的奈米材料成為“殺人工具”的過程，還是讓他幾乎徹底崩潰。
汪淼作為一名理性的科學家，而且是全程參與作戰中心計劃，對事情性質一清二楚的核心人員，尚且如此，完全不知道《三體》或三體為何物的普通觀眾就更難以接受這樣的情節了。所以，我一直懷疑電視劇是沒法展現古箏行動的。即使要展現，估計也是含含糊糊地一筆帶過。但這樣的話，書裡最精彩的部分之一就沒了，劇版的吸引程度必然大打折扣，至少不會讓書迷滿意。
沒想到劇版最後還是展現出來了，而且遠超期待，劇粉大開眼界，書粉心滿意足。
這當中，劇版的一個改編顯然起了不小的作用。就是題主所說的“將船員定性為無可救藥的罪犯”，這一來就規避了書中令汪淼十分難受的那個“會不會傷及無辜”的問題，也讓觀眾心安理得，可以不帶思想負擔地專心觀賞這場視覺盛宴。
現在題主的問題是，越是深入讀《三體》，越會碰到類似汪淼那種普通人的困惑。古箏行動在整套書中還不是最顛覆的，這次可以這麼改編，但以後的情節怎麼辦？要知道在書中，殺死“無辜者”的情況並不在少數，很難次次都解釋成死者並非無辜啊。
文字和影片是資訊傳輸的不同載體，在我看來，二者影響受眾的方式不盡一致，影響的範圍也不一樣。一般來說，影片資訊直接透過感官接收，迅速然而表淺。文字則需要先從眼睛到達大腦，再由大腦進行解析，也就是“閱讀理解”，這個過程就要曲折一些，但也讓人有更從容的時間去思考和咀嚼。
所以，影片適合不那麼喜歡思考，更願意對資訊“照單全收”的人們，而文字適合喜歡深層思考，透過反覆的思考沉澱完成“閱讀理解”的人們。總體而言，文字的受眾大概要比影片的受眾更“陽春白雪”一點，更深層次，卻也更小眾。相對而言，影片的受眾範圍更廣，但層次大概就要淺一些。
書籍和電視劇，可以看成是文字和影片的代表。前者的受眾面比後者要小，也就是書籍的讀者要比電視劇的觀眾少。如果把觀眾看成普羅大眾，那麼讀者大概就是小眾一點的“讀書人”。但相對來說“讀書人”的認知範圍反而會被認為比普通人大一點，這跟“讀書人”被預設為層次高一點、能夠選擇和接觸的資訊種類多一點有關係。
這大概就是現實中圖書出版的稽核尺度要比電視劇發行的稽核尺度寬鬆一點的緣故吧，畢竟後者面對普羅大眾，允許展示的東西必然是“向下傾斜”的。也就是要照顧大多數人的情緒，要保證政治正確的“正能量”，說白了就是寧可天真幼稚，不可觸碰普通人認知中的“死理”。
不可濫殺無辜，便是人們普遍認可的“死理”之一。古箏行動無可避免地要“濫殺無辜”，就跟這個“死理”相牴觸。放在書裡沒問題，讀者能理解其中緣由。但放在面向大眾的電視劇，估計過審都成問題，所以劇版《三體》為了播出必須要做一些妥協，進行相應的改編，這個大家都能理解。
真正的難題在於，如何改編得既能過審，又不跟原著的精神有明顯矛盾——題主想問的其實也就是這個問題。
我覺得目前劇版《三體》就是個成功的例子，也可以作為以後製作第二部、第三部的參考。
劇中怎麼改編的呢？就是汪淼和斯坦頓上校在巴拿馬運河現場觀看古箏行動執行過程中，借斯坦頓上校之口告訴汪淼——其實也就是告訴觀眾，“審判日號”就是“惡魔之谷”，船員盡是十惡不赦的犯罪分子、沒人性的惡魔，比如將斯坦頓上校的孩子開膛破肚的恐怖分子……
這一段是書中沒有的，在劇中專門加入的原創。很顯然，目的就是過審——在普羅大眾的道德認知中，這種程度的罪大惡極，完全就是魔鬼化身，那麼這些船員本來就該千刀萬剮下地獄，所以奈米絲切掉他們是理所當然的正義行為。沒有了“會不會傷及無辜”的心理負擔，觀眾就可以放心地欣賞古箏行動這一精彩的重頭戲了。
只是從書粉的角度來較真，這一段強行加入的解釋固然是不得已而為之，但始終是無意義的畫蛇添足，況且也不合邏輯：一艘船怎麼可能所有人都是罪大惡極的呢？總有隻負責維護船隻執行的普通打工人吧，真要是一船頂級罪犯，以他們那種橫行霸道的心態，會甘於做默默幹活的船員？他們可沒有伊文斯那樣的信仰，才不會乖乖聽命於伊文斯。要他們呆在船上以避追捕可以，但代價是老實當船員，那他們就未必肯了。實際上，伊文斯網羅一幫無法無天的罪犯在自己身邊，本身就是極不合理之事，也跟ETO成員基本上是人類精英的原著設定不符。
但普通觀眾不會有這樣的思考邏輯，只有樸素的道德觀：ETO是壞的，“審判日號”是壞的，伊文斯是壞的，他身邊的船員自然也都是壞的。背叛人類的組織成員得是怎麼個壞法？自然就是殺人不眨眼的那種惡魔式的壞咯！
所以這段改編雖然不合邏輯，但是很符合大眾的“想象”。其實劇中已經有自相矛盾的地方，比如那個對其他人的行徑看不過眼、向伊文斯告狀的小船員，顯然就是一朵未經罪惡浸染的小白花，不屬於該死的“惡魔”行列。但觀眾這時會自動忽略掉這點，畢竟剛剛斯坦頓描述的那個惡魔恐怖分子太可恨，對觀眾情緒刺激太大，已經想不到其他人了。
仔細看劇，會發現除了這段原創，古箏行動這段戲，基本上完全照搬原著，包括討論計劃時史強和眾人的對話，編劇都不用另外寫臺詞，直接使用書中原話。這不但讓書迷非常滿意，還可以對沖那段改編情節的虛假邏輯，保證整場戲總體而言依然是相當忠實於原著的。
具體的技巧把握，表現為兩點。
一是篇幅的控制。原創情節，也就是汪淼和斯坦頓上校的對話，以及船上船員的鏡頭，總共也就幾分鐘吧。也就是用來安撫觀眾情緒，告訴普通觀眾“不用擔心傷害無辜，船上的人都該死”的資訊，只用了幾分鐘，不會喧賓奪主。而高度還原原著的情節，包括行動前的會議和整個行動過程的磅礴展示——這裡面就有“奈米絲切人”的展示，卻足足用了幾十分鐘，一集都放不下。這樣的比例，也足夠安撫原著粉，讓他們可以原諒那看似不合邏輯的幾分鐘原創。
具體就是史強在會議上強調一定要讓船在白天過運河，好確保船上人員都被消滅的那一段。如果為了突出“不濫殺無辜”的主題，這一段本來可以不提的。就算要提，也可以含糊一點，不必把想象中的殺人場景描摹得那麼細緻。就算為了解釋奈米絲如何運作才那麼詳細圖解，那也不必讓史強在闡述計劃時那麼眉飛色舞，好像計劃殺人是一件多麼愉快的事似的，也不必讓在場的那些軍官一邊假惺惺說大史是魔鬼，一邊做著各種心照不宣的得意表情以表示他們也都跟大史一樣對這個“殺人計劃”很滿意。
所有這些，如果是為了強調聖母心的“不濫殺無辜”，完全可以不展現，甚至不應該展現——按照普通觀眾的聖母心理，殺戮總是不好的，即使物件是十惡不赦的壞蛋，也不應該仔細玩味殺人過程，這麼殘暴嘛。
但劇版就是展現了，這恰恰是對原著的尊重。
書迷都知道《三體》的一大特點就是跳出傳統道德觀的束縛，在冷峻的宇宙尺度背景下，讓人思考那些習以為常的“道理”是否符合邏輯。有人說《三體》價值觀有問題，太黑暗，其實是沒讀懂這書。《三體》的故事並不站在人本角度，不遵循“人類就是最高正義”這一許多人認為理所當然的設定，而是跳出人類自身的視野，把人類放在茫茫宇宙中普通一分子的位置來審視。所以才能那麼深刻地刻畫人性，所以才毫不吝嗇地最後讓人類走向滅亡——不是不熱愛人類，而是人類意志不能高於宇宙規律，如果死抱著宇宙萬物都為人類服務的傲慢態度，最後的結局也是註定的。
這是對人性的反思和警醒，而不是單純的肯定或否定。全書都在講一個道理：人不比天大。
投射到某個具體的小層面，就是主觀情緒不比客觀規律大。“傷害”與“正義”不能共存，本來就是一種主觀願望或者說情緒，在客觀世界，確實是無法保證的。史強和那些軍官因為職業緣故，對這一點非常清楚，所以不需要浪費時間討論無意義的聖母問題，心照不宣的微笑也不代表他們喜歡殺戮，只是職業上的放鬆表現——解決了一件工作難題。作為普通人代表的汪淼感到不適是正常的，但理性依然使他接受了這種安排。
電視機前的觀眾更為普通，恐怕連汪淼那種理性都不會有，所以需要照顧他們的感受。但一味遷就照顧，就跟原著要表達的反思和警醒背道而馳了。一味迎合觀眾的聖母心，這樣改編的《三體》就變味了，不是《三體》了。
我想這就是劇版《三體》最後呈現成這種樣子的原因：最大限度地保留原著內容，包括那些可能引起爭議的內容，這才是對原著的尊重——原著的價值就在於這些一般人不願意細思的“爭議”中。同時為了過審，照顧普通觀眾，適當加入改編情節，但努力不讓這些情節喧賓奪主，篡改原著精神。
這大概就是劇版《三體》得到多方認可的原因，真的很良心很誠意了。主創顯然是完全讀懂了不走尋常路的《三體》，同時也知道電視劇的一些預設“規則”，在二者之間做了不錯的平衡。於是我們觀劇時會覺得葉文潔的黑化可以理解、伊文斯對人類的憤恨可以理解、三體人不顧一切要佔領地球可以理解、人類一定要清除ETO更是可以理解……諸多對立，卻都可以理解，那就沒有白看《三體》了。
說了那麼多，歸根結度一句話：就劇版《三體》來看，可以相信主創團隊的水準了，包括對原著的尊重和把握，以及對電視劇尺度的尊重和把握。如果還是同樣的團隊來操刀第二部、第三部，我覺得也可以延續這種信任。題主擔心的問題，比如將來章北海殺人那一段怎麼處理，團隊自會解決。非要具體回答，我覺得參照第一部的處理方式未嘗不可，一方面保留書中的核心設定和主要內容，比如讓章北海孤膽英雄的人設立得穩穩的，另一方面進行適當的改編，比如把那幾個元老描述得並不那麼無辜，或者把章北海的刺殺結果處理成巧合的意外。
具體怎樣，就到時再看吧。