朱元璋建立明朝以後，為了加強中央集權，對中央和地方的官僚機構，進行了一系列的改革。

在中央，明初設中書省，置丞相，統率百官，總理政務。大都督府管軍事，都察院與大理寺掌糾察、刑法。1380年，朱元璋殺掉丞相胡惟庸之後，即廢除中書省，不再置丞相，而以吏、戶、禮、兵、刑、工六部分別掌理全國政務。

軍事上，分都督府為五，管理衛所，負責軍隊的訓練與管理。有戰事則由兵部徵調，派將軍統領出徵；事成後則上所佩將印於朝，而官軍則各散歸本衛。

司法上，由都察院司糾劾，刑部掌刑獄，大理寺主審查。有大獄則由三法司共同審處。這樣，朝廷的行政、軍事與司法大權被分割而隸屬於幾個獨立的機關分掌，以互相牽制，防止專權。這些機構的官員都直接向皇帝負責，重大事件，必須報請皇帝批准才能實行。

事權過分地集中於皇帝個人身上，必然使他窮於應付，而需要有人協助。1402年，朱棣繼位後，特命翰林侍讀解縉、編修黃淮、侍讀胡廣、修撰楊榮、編修楊士奇、檢討金幼孜、胡儼等七人入值文淵閣，參與機務，稱之為“內閣”。但他們官品不高，只是皇帝的顧問。內閣也不置官屬，不能管轄諸司；諸司奏事也不向他們通知。

仁宗繼位，因閣臣楊士奇、楊榮是東宮的舊臣，便升楊士奇為禮部侍郎兼華蓋殿大學士，楊榮為太常卿兼謹身殿大學士。他們不久都升任尚書。從此閣臣或加太師太保、尚書、侍郎仍兼學士、大學士銜，內閣職權漸重。

英宗九歲當皇帝，朝廷大政都得由閣臣事先代擬詔令旨意。從此，內閣大學士雖無宰相之名，而有宰相之實。孝宗對閣臣更加尊重，在朝會時，也將閣臣的班位排在六部尚書之前。世宗信任嚴嵩，內閣大學士的權力與宰相完全相同。皇帝口述旨意，司禮監的秉筆太監用硃筆記錄（稱“批紅”），交給內閣，由內閣首席閣臣（稱“首輔”），依照“批紅”擬成詔諭（稱“票擬”），然後，再交皇帝批准頒佈。所以首輔的權力又超過其他閣臣。因此，內閣閣臣中爭奪首輔權力的鬥爭經常發生。

在地方，1376年，廢除行中書省，把全國分為十三布政使司，設立承宣布政使司、提刑按察使司和都指揮使司，合稱“三司”，分理地方政務。布政司，設左、右布政使各一人，下屬左、右參政等若干人，執掌一省的行政事務，把朝廷的政令下達所屬府（州）縣。按察司設按察使一人，副使、僉事若干人，掌一省的刑獄按察等事，凡有關官吏好壞，軍民利病，各種興革等，都可查問糾舉。但職權僅限於對布政司、府（州）縣的官吏“笞杖”以下的處罰，“徒、流”以上的處理，都必須交中央三法司審議。都指揮使司，是一省的軍事機構，設都指揮使等，管理本省的衛所。職權是訓練和管理地方衛所部隊，但沒有調遣權。平時，保衛地方政權，維護社會治安。遇有戰事，則聽從中央調動和指揮。

地方上布、按、都三司並立，分別掌管地方的行政、監察和軍事，互相制約，防止了地方專權的現象，達到了集權中央的目的。但也由此引起了三司相互掣肘、推諉，以至政權機器運轉不靈的弊端。明王朝為了改變這種狀況，又設定了巡撫、總督。

巡撫之名起於洪武時期，1391年，朱元璋派遣太子朱標以巡撫之名視察陝西地方。1421年朱棣派遣大臣分巡天下，瞭解軍民疾苦。1430年，朱瞻基派遣御史于謙等六人，分別以侍郎的官銜巡撫山西、河南等省。這時的巡撫，還屬臨時派遣，“事華覆命”。沒有固定的地區和任期，連家屬也不準攜帶。1453年，因巡撫與都察院派往地方的巡按御史不相統屬，時有矛盾。於是，朝廷加巡撫以都御史職銜。世宗嘉靖年間，又以巡撫兼提督軍務，任期往往三、五、七年，或一、二十年。管轄地區一省至數省不等。於是巡撫儼然成為某一地區總攬行政、監察和軍事的地方長官。原來地方三司長官的職權日小，變成了巡撫的屬員。

總督的設定始於英宗正統時，以兵部尚書王驥總督軍務，徵麓川。後來在兩廣及三邊等邊境地方為了加強對防禦和鎮壓的統一指揮，又設定總督或總制。巡撫以下總兵，都聽其節制。總督由朝廷派重臣擔任，綜理一省或數省的軍政事務，而且逐漸成為地方的專設官員，地位又在巡撫之上。 明朝廢宰相而又增設內閣大臣，廢行省丞相而又置總督、巡撫。廢而復設，並且一直為清代所沿襲，說明當時的政權設定本身存在有這樣一種需要。但是在廢、置之間，已有崇、卑的差別。宰相是百官的首領，內閣是皇帝個人的助手，行省是中樞在地方的分司，總督、巡撫只是受派遣的地方官長。因此，無論閣臣或總督、巡撫，都是明代中央集權體制的一個環節。

明代對於中央政權機構做出了一系列調整來鞏固其政權統治的穩定。

廢宰相，設內閣。明初沿用元制，在中央設中書省，由左、右丞相統率百官，總理政務。明太祖朱元璋認為丞相權勢過重，是導致小人專權亂政的重要因素，洪武十三年（1380 年）以擅權在法罪名處死左丞相胡惟庸後，下令廢除中書省，罷丞相不設。吏、戶、禮、兵、刑、工六部，作為中央行政機構直接對皇帝負責，由皇帝親自控制、指揮。但因六部事務繁雜，皇帝不可能一一總攬親裁，於是洪武十五年（1382 年）設文淵閣、武英殿、文華殿等五殿閣大學士，秩正五品，侍從左右，以備顧問，協助處理政務公文。這些大學士於宮內殿閣辦公，亦稱內閣學士，至永樂年間發展成較為正規的內閣制度。明初的內閣“不置官屬，不得專制諸司”，並無獨立裁決事務的權力，只是皇帝的助理、秘書班子。

健全司法監察機構。洪武十五年（1382 年），朱元璋將中央監察機構御史臺改為都察院，長官為左右都御史，負責“糾劾百官，辨明冤枉”。下轄十三道監察御史，設御史一百十人，監察朝廷和地方官僚機構。通政使司的設立。洪武十年（1377 年）創設通政使司，掌出納帝命受理臣民章奏，互相上下之情同，是皇帝的喉舌之司。

分割大都督府為五軍都督府。洪武十三年，朱元璋將中央總管軍權的大部督府一分為五，改為中、左、右、前、後五軍都督府，長官為左右部督，分領所屬各地都指揮使司和京師內外衛所，掌管軍籍、軍政，但無直接統率、調兵的權力。

明初對政權機構的改革調整，使得中央和地方在行政、監察司法和軍事三大系統的職權機構互相平行，彼此鉗制，而各自分別隸屬皇帝，直接對皇帝負責。總之，就其核心來講，明代實行的這一系列相關措施，使得各行政機構的權力被不斷制約，而皇權則越來越強大。