祖父——明世宗朱厚熜
祖母——孝恪聖皇太后杜氏
父親——明穆宗朱載垕
母親——李貴妃，李綵鳳，隆慶元年三月封貴妃，神宗即位，尊稱慈聖皇太后。死後諡曰：孝定貞純欽仁端肅弼天祚聖皇太后，居慈寧宮。既是(孝定聖皇后)。
皇后——孝端顯皇后王氏（1564年—1620年）：神宗原配，名王喜姐，萬曆六年冊為皇后，四十八年病逝，諡：孝端貞恪莊惠仁明媲天毓聖顯皇后，合葬定陵年，祔廟；生嫡長女榮昌公主朱軒媖。
孝靖皇后王氏（1565年－1611年）：初為宮女，封恭妃、皇貴妃，諡溫肅端靖純懿皇貴妃。熹宗諡：孝靖溫懿敬讓貞慈參天胤聖皇太后，遷葬定陵，祀奉慈殿；生明光宗朱常洛、四女雲夢公主朱軒嫄。
孝寧皇后鄭氏(1565年～1630年）即鄭貴妃。明神宗朱翊鈞之皇貴妃。大興（今北京大興）人。明萬曆初入宮，是萬曆皇帝最寵愛的妃子。生皇三子朱常洵後，進封皇貴妃，因太子久不立，外廷疑鄭氏有立己子謀。萬曆二十九年（1601年）太子冊立。萬曆四十一年，奸人孔學為陷害太子，牽連鄭貴妃，梃擊案又有鄭貴妃之太監參予其事。明神宗崩，遺命封鄭貴妃為皇后，以大臣反對乃止。崇禎三年七月，鄭貴妃薨，諡曰恭恪惠榮和靖皇貴妃，葬銀泉山。崇禎十七年秋七月戊子，明安宗追尊皇祖妣貴妃鄭氏曰孝寧溫穆莊惠慈懿憲天裕聖太皇太后。
孝敬皇后李氏（？---1597年）即李敬妃：萬曆二十二年冊封敬妃，二十五年三月薨，追封皇貴妃，諡恭順榮莊端靖。生六子惠王朱常潤、七子桂端王朱常瀛。明朝滅亡後她的孫子朱由榔登基為南明永曆皇帝，追尊“孝敬恭順榮莊瑞靖敬天光聖太皇太后”。
妃
宣懿太妃劉氏（1557年－1642年），即劉昭妃，萬曆六年選美入宮的三人之一，無子女。天啟、崇禎時封太妃，掌太后璽。諡宣懿康昭。
楊宜妃（？--1581年），萬曆六年選美入宮的三人之一，冊為宜妃，無出。八年十二月薨。
周端妃，萬曆十年（1582年）選美入宮的“九嬪”之一，封端嬪。萬曆二十二年十一月冊封為端妃，生皇子瑞王朱常浩。1644年六月，張獻忠攻占四川，殺了瑞王朱常浩全家和所有下屬官吏。十月李自成攻破北京，明朝滅亡。周端妃回到娘家居住，至順治年間尚存，壽已八十餘歲，卒年不詳。
常順妃（?－1594年），原是宮婢，萬曆十一年封順妃，十三年生皇二子邠哀王朱常漵，但朱常漵立即夭折,可能是死胎。萬曆二十二年去世，諡號溫靜。
李順妃（?－1623年），萬曆三十二年（1604年）八月冊封順妃。生有皇幼子朱常溥和皇幼女天台公主朱軒媺（皆早夭，次序不詳）。天啟三年薨逝，諡號清惠。
王榮妃（?－1591年），萬曆十年（1582年）選美入宮的“九嬪”之一，初封安嬪，萬曆十二年六月生皇三女靜樂公主朱軒媯，晉封為榮妃。次年，靜樂公主夭折。萬曆十九年正月，榮妃去世。年約20多歲，諡號端靖。
許德妃（？--1602年），萬曆十四年冊封為德妃，無出。萬曆三十年八月薨。諡號莊靖。
王僖妃（？--1589年），本為低級妃嬪，無出。萬曆十七年薨，追封僖妃。事見《國榷》。
嬪
萬曆十年（1582年）三月，萬曆皇帝在皇極殿宣布冊選以下九嬪：周氏為端嬪鄭氏為淑嬪王氏為安嬪邵氏為敬嬪李氏為德嬪梁氏為和嬪李氏為榮嬪張氏為順嬪魏氏為慎嬪。 九個嬪裡面，周端嬪、鄭淑嬪、王安嬪升格為妃（即周端妃、鄭貴妃、王榮妃），剩下六人一生是嬪。以下七嬪合葬於一墓，即神宗七嬪墓。這七人生平正史無記載，其事跡見於考古發掘出土的墓誌。
李德嬪（1567年－1628年）“九嬪”之一。河南開封府祥符縣人，生4個公主，但終其一生未得晉封。生於隆慶元年十一月十九日子時，萬曆九年選入內庭，十年三月冊封為德嬪，崇禎元年八月十八日寅時薨逝，二年六月二十日葬於金山之原。
魏慎嬪（1567年--1606年）“九嬪”之一。大名府魏縣人，父錦衣衛正千戶魏承志，母喬氏。生於隆慶元年十月初二，萬曆九年遴選入侍，十年三月冊封為慎嬪，萬曆三十四年正月二十七日薨，五月十七日葬於金山之原。

帝后
邵敬嬪（？--1606年）“九嬪”之一。直隸揚州府泰州人，父錦衣衛正千戶邵名，母齊氏。萬曆九年秋當選，十年三月冊封為敬嬪，萬曆三十四年三月十七日薨逝。五月十七日葬於金山之原。
張順嬪（1567年--1588年）“九嬪”之一。河南開封府大康縣人，父張榛授錦衣衛正千戶，母王氏。生於隆慶元年九月二十五日酉時，萬曆九年十二月二十一日選入內庭，十年三月六日冊封為順嬪，薨於萬曆十六年十二月二十四日辰時。皇帝輟朝一日，兩宮太后及皇后以下皆致祭，萬曆十七年七月四日葬於金山之原。
梁和嬪（1562年--1643年）“九嬪”之一。河南歸德府人，父錦衣衛正千戶梁慎，母潘氏。生於嘉靖四十一年三月十二日亥時，萬曆九年九月選入內庭，十年三月冊封為和嬪，薨於崇禎十六年正月十七日寅時，七月十八日葬於金山之原。
李榮嬪（1568年--1626年）“九嬪”之一。河南開封府祥符縣人，父李山授錦衣衛衣左所正千戶，母呂氏。生於隆慶二年八月十七日子時，薨於天啟六年四月二十一日辰時，同年閏六月十二日葬於金山之原。
耿悼嬪（1568年－1589年）不是萬曆十年冊選的“九嬪”，估計是宮女進封的。直隸保定府安肅縣人，父耿大享，母王氏。生於隆慶三年十二月二十二日酉時。萬曆十一年五月十五日選為偉嬪，無出。十七年六月初四日未時薨逝，年二十有一，皇帝憫之，特賜號悼嬪，輟朝一日，兩宮太后及皇后以下皆致祭，同年八月初九日葬於金山之原。
兒女
皇子
長子朱常洛，明光宗，母孝靖皇后王氏
次子朱常漵，邠哀王，母孝寧皇后鄭氏，死產。
三子朱常洵，福恭王，母孝寧皇后鄭氏
四子朱常治，沅懷王，母孝寧皇后鄭氏，早夭。
五子朱常浩，瑞王，母周端妃
六子朱常潤，惠王，母孝敬皇后李氏
七子朱常瀛，桂端王，母孝敬皇后李氏
八子朱常溥，永思王，母李順妃，早夭。
公主
長女榮昌公主朱軒媖，神宗第一女，母孝端皇后王氏，萬曆九年十二月生。萬曆二十四年下嫁楊春元。四十四年，春元卒。久之，主薨。
次女雲和公主朱軒姝，神宗第二女，母孝寧皇后鄭氏，生於萬曆十一年十一月乙巳，七歲病薨。
三女靜樂公主朱軒媯，神宗第三女，母王榮妃，兩歲夭折。
四女雲夢公主朱軒嫄，神宗第四女，母孝靖皇后王氏，光宗同母妹也。四歲病薨。
五女仙居公主朱軒姞，神宗第五女母李德嬪，萬曆十二年薨，年不足半歲
六女靈丘公主朱軒姚，神宗第六女母孝寧皇后，生於萬曆十六年八月甲午，萬曆十七年五月庚申薨，未逾歲。
七女壽寧公主朱軒媁，神宗第七女，母孝寧皇后，二十七年下嫁冉興讓。主為神宗所愛，命五日一來朝，恩澤異他主。崇禎十六年薨，年六十。崇禎時，洛陽失守，毅宗命興讓同太監王裕民、給事中葉高標往慰福世子於河北。都城陷，興讓死於賊。
八女泰順公主朱軒姬，神宗第八女，母李德嬪。早夭。
九女香山公主朱軒嬁，神宗第九女，母李德嬪，萬曆二十七年正月庚戌賜名軒，六月庚寅即薨，年不逾歲。
十女天台公主朱軒媺，神宗第十女，母李順妃。早夭。
祖父——明世宗朱厚熜
祖母——孝恪聖皇太后杜氏
父親——明穆宗朱載垕
母親——李貴妃，李綵鳳，隆慶元年三月封貴妃，神宗即位，尊稱慈聖皇太后。死後諡曰：孝定貞純欽仁端肅弼天祚聖皇太后，居慈寧宮。既是(孝定聖皇后)。
皇后——孝端顯皇后王氏（1564年—1620年）：神宗原配，名王喜姐，萬曆六年冊為皇后，四十八年病逝，諡：孝端貞恪莊惠仁明媲天毓聖顯皇后，合葬定陵年，祔廟；生嫡長女榮昌公主朱軒媖。
孝靖皇后王氏（1565年－1611年）：初為宮女，封恭妃、皇貴妃，諡溫肅端靖純懿皇貴妃。熹宗諡：孝靖溫懿敬讓貞慈參天胤聖皇太后，遷葬定陵，祀奉慈殿；生明光宗朱常洛、四女雲夢公主朱軒嫄。
孝寧皇后鄭氏(1565年～1630年）即鄭貴妃。明神宗朱翊鈞之皇貴妃。大興（今北京大興）人。明萬曆初入宮，是萬曆皇帝最寵愛的妃子。生皇三子朱常洵後，進封皇貴妃，因太子久不立，外廷疑鄭氏有立己子謀。萬曆二十九年（1601年）太子冊立。萬曆四十一年，奸人孔學為陷害太子，牽連鄭貴妃，梃擊案又有鄭貴妃之太監參予其事。明神宗崩，遺命封鄭貴妃為皇后，以大臣反對乃止。崇禎三年七月，鄭貴妃薨，諡曰恭恪惠榮和靖皇貴妃，葬銀泉山。崇禎十七年秋七月戊子，明安宗追尊皇祖妣貴妃鄭氏曰孝寧溫穆莊惠慈懿憲天裕聖太皇太后。
孝敬皇后李氏（？---1597年）即李敬妃：萬曆二十二年冊封敬妃，二十五年三月薨，追封皇貴妃，諡恭順榮莊端靖。生六子惠王朱常潤、七子桂端王朱常瀛。明朝滅亡後她的孫子朱由榔登基為南明永曆皇帝，追尊“孝敬恭順榮莊瑞靖敬天光聖太皇太后”。
妃
宣懿太妃劉氏（1557年－1642年），即劉昭妃，萬曆六年選美入宮的三人之一，無子女。天啟、崇禎時封太妃，掌太后璽。諡宣懿康昭。
楊宜妃（？--1581年），萬曆六年選美入宮的三人之一，冊為宜妃，無出。八年十二月薨。
周端妃，萬曆十年（1582年）選美入宮的“九嬪”之一，封端嬪。萬曆二十二年十一月冊封為端妃，生皇子瑞王朱常浩。1644年六月，張獻忠攻占四川，殺了瑞王朱常浩全家和所有下屬官吏。十月李自成攻破北京，明朝滅亡。周端妃回到娘家居住，至順治年間尚存，壽已八十餘歲，卒年不詳。
常順妃（?－1594年），原是宮婢，萬曆十一年封順妃，十三年生皇二子邠哀王朱常漵，但朱常漵立即夭折,可能是死胎。萬曆二十二年去世，諡號溫靜。
李順妃（?－1623年），萬曆三十二年（1604年）八月冊封順妃。生有皇幼子朱常溥和皇幼女天台公主朱軒媺（皆早夭，次序不詳）。天啟三年薨逝，諡號清惠。
王榮妃（?－1591年），萬曆十年（1582年）選美入宮的“九嬪”之一，初封安嬪，萬曆十二年六月生皇三女靜樂公主朱軒媯，晉封為榮妃。次年，靜樂公主夭折。萬曆十九年正月，榮妃去世。年約20多歲，諡號端靖。
許德妃（？--1602年），萬曆十四年冊封為德妃，無出。萬曆三十年八月薨。諡號莊靖。
王僖妃（？--1589年），本為低級妃嬪，無出。萬曆十七年薨，追封僖妃。事見《國榷》。
嬪
萬曆十年（1582年）三月，萬曆皇帝在皇極殿宣布冊選以下九嬪：周氏為端嬪鄭氏為淑嬪王氏為安嬪邵氏為敬嬪李氏為德嬪梁氏為和嬪李氏為榮嬪張氏為順嬪魏氏為慎嬪。 九個嬪裡面，周端嬪、鄭淑嬪、王安嬪升格為妃（即周端妃、鄭貴妃、王榮妃），剩下六人一生是嬪。以下七嬪合葬於一墓，即神宗七嬪墓。這七人生平正史無記載，其事跡見於考古發掘出土的墓誌。
李德嬪（1567年－1628年）“九嬪”之一。河南開封府祥符縣人，生4個公主，但終其一生未得晉封。生於隆慶元年十一月十九日子時，萬曆九年選入內庭，十年三月冊封為德嬪，崇禎元年八月十八日寅時薨逝，二年六月二十日葬於金山之原。
魏慎嬪（1567年--1606年）“九嬪”之一。大名府魏縣人，父錦衣衛正千戶魏承志，母喬氏。生於隆慶元年十月初二，萬曆九年遴選入侍，十年三月冊封為慎嬪，萬曆三十四年正月二十七日薨，五月十七日葬於金山之原。

帝后
邵敬嬪（？--1606年）“九嬪”之一。直隸揚州府泰州人，父錦衣衛正千戶邵名，母齊氏。萬曆九年秋當選，十年三月冊封為敬嬪，萬曆三十四年三月十七日薨逝。五月十七日葬於金山之原。
張順嬪（1567年--1588年）“九嬪”之一。河南開封府大康縣人，父張榛授錦衣衛正千戶，母王氏。生於隆慶元年九月二十五日酉時，萬曆九年十二月二十一日選入內庭，十年三月六日冊封為順嬪，薨於萬曆十六年十二月二十四日辰時。皇帝輟朝一日，兩宮太后及皇后以下皆致祭，萬曆十七年七月四日葬於金山之原。
梁和嬪（1562年--1643年）“九嬪”之一。河南歸德府人，父錦衣衛正千戶梁慎，母潘氏。生於嘉靖四十一年三月十二日亥時，萬曆九年九月選入內庭，十年三月冊封為和嬪，薨於崇禎十六年正月十七日寅時，七月十八日葬於金山之原。
李榮嬪（1568年--1626年）“九嬪”之一。河南開封府祥符縣人，父李山授錦衣衛衣左所正千戶，母呂氏。生於隆慶二年八月十七日子時，薨於天啟六年四月二十一日辰時，同年閏六月十二日葬於金山之原。
耿悼嬪（1568年－1589年）不是萬曆十年冊選的“九嬪”，估計是宮女進封的。直隸保定府安肅縣人，父耿大享，母王氏。生於隆慶三年十二月二十二日酉時。萬曆十一年五月十五日選為偉嬪，無出。十七年六月初四日未時薨逝，年二十有一，皇帝憫之，特賜號悼嬪，輟朝一日，兩宮太后及皇后以下皆致祭，同年八月初九日葬於金山之原。
兒女
皇子
長子朱常洛，明光宗，母孝靖皇后王氏
次子朱常漵，邠哀王，母孝寧皇后鄭氏，死產。
三子朱常洵，福恭王，母孝寧皇后鄭氏
四子朱常治，沅懷王，母孝寧皇后鄭氏，早夭。
五子朱常浩，瑞王，母周端妃
六子朱常潤，惠王，母孝敬皇后李氏
七子朱常瀛，桂端王，母孝敬皇后李氏
八子朱常溥，永思王，母李順妃，早夭。
公主
長女榮昌公主朱軒媖，神宗第一女，母孝端皇后王氏，萬曆九年十二月生。萬曆二十四年下嫁楊春元。四十四年，春元卒。久之，主薨。
次女雲和公主朱軒姝，神宗第二女，母孝寧皇后鄭氏，生於萬曆十一年十一月乙巳，七歲病薨。
三女靜樂公主朱軒媯，神宗第三女，母王榮妃，兩歲夭折。
四女雲夢公主朱軒嫄，神宗第四女，母孝靖皇后王氏，光宗同母妹也。四歲病薨。
五女仙居公主朱軒姞，神宗第五女母李德嬪，萬曆十二年薨，年不足半歲
六女靈丘公主朱軒姚，神宗第六女母孝寧皇后，生於萬曆十六年八月甲午，萬曆十七年五月庚申薨，未逾歲。
七女壽寧公主朱軒媁，神宗第七女，母孝寧皇后，二十七年下嫁冉興讓。主為神宗所愛，命五日一來朝，恩澤異他主。崇禎十六年薨，年六十。崇禎時，洛陽失守，毅宗命興讓同太監王裕民、給事中葉高標往慰福世子於河北。都城陷，興讓死於賊。
八女泰順公主朱軒姬，神宗第八女，母李德嬪。早夭。
九女香山公主朱軒嬁，神宗第九女，母李德嬪，萬曆二十七年正月庚戌賜名軒，六月庚寅即薨，年不逾歲。
十女天台公主朱軒媺，神宗第十女，母李順妃。早夭。