講述了時光在機緣巧合之下發現一個古老的棋盤，從而認識了褚嬴，並在他的熏陶下逐漸對圍棋產生興趣，勵志成為職業圍棋手的故事。

《棋魂》故事情節如下：

進藤光是一個小學6年級學生。有一天，小光跑到爺爺家裡尋寶，想賺些零用錢，沒想到偶然翻出了一個舊棋盤。就在他接觸棋盤的一瞬間，附身於棋盤中的平安時代天才棋士——藤原佐為的靈魂進入了小光的體內。佐為將圍棋視為生命，在他的熏陶下，小光也逐漸對圍棋產生了興趣。

小光在圍棋班上聽說圍棋愛好者經常出入圍棋會所，便帶著佐為前去下棋。在這裡，他結識了棋壇名人之子——天才少年塔矢亮。小光為了測試佐為的實力，貿然與塔矢亮對弈，結果小勝對手。他不知道塔矢亮的身份，誤以為佐為棋力平常，對此深為不滿。然而塔矢亮卻大受打擊，失意至極。數日後，塔矢亮再次向小光挑戰，雖然他對小光藐視圍棋的態度十分氣憤，但是無奈再次慘敗在佐為手下。塔矢亮連番受挫，內心更加苦悶。

小光應朋友之邀，前往葉瀨中學參加校慶活動。在會場上，他破解了圍棋部的棋譜問答，由此結識了將棋部的加賀。加賀發現小光棋藝高超，便拉攏他一起去參加初中校際圍棋賽。在團體賽的決賽中，小光借助佐為的力量連克強敵，結果葉瀨中學力挫名校海王中學，奪得了冠軍。可惜有人揭發小光還是個小學生，因此被大賽取消了名次。

不久之後，小光升入了初中，並加入了學校的圍棋部。雖然圍棋部只有會長筒井和小光兩個成員，但是小光決心依靠自己的力量參加下屆圍棋大賽，四處奔走積極為圍棋部招攬會員。與此同時，塔矢亮也考入了海王中學，為了和小光對局，他專程前往葉瀨中學挑戰。但是，小光深知自己遠遠不是塔矢亮的對手，斷然拒絕了挑戰。塔矢亮得知，小光即將參加校際圍棋比賽，為了與小光一決高下，他不惜加入海王中學圍棋部。但是，塔矢亮的棋藝高超，不亞於職業棋手，他的到來令學校圍棋部人心惶惶。

小光發現，同年級的三谷棋藝出眾，便主動邀請三谷加入圍棋部。可惜三谷經常在圍棋會所與大人賭博，並且作弊騙錢，小光本想前去阻止三谷胡作非為，不料三谷被對手以相同的作弊手法擊敗，騙去了一萬日元。小光借助佐為的力量，成功的幫助三谷奪回了被騙走的賭金。在小光的不懈努力下，三谷終於被他精誠所至的熱情所打動，同意參加校際圍棋團體賽。塔矢亮在海王中學圍棋部飽受老會員刁難，但是他依然堅持要與小光一決高下。他從老師口中聽說，小光將在團體賽中擔任葉瀨中學的末將，便不惜以退出圍棋部為條件，換得出任海王中學末將的機會。

在圍棋大賽上，三谷出任主帥，率領葉瀨中學過關斬將，與海王中學再次對陣。小光與塔矢亮第三次交鋒，他本想憑借自己的實力進行比賽，但無意間得知塔矢亮為了與佐為對局不惜代價，不由得心生猶豫，仍然將比賽託付給了佐為。比賽開始不久，小光突然靈機一動，想出了一著妙棋，他決定親自與塔矢亮對弈，以了解自己與對手的差距。但是，由於水平差距懸殊，結果以慘敗告終。筒井與三谷也不敵對手，葉瀨中學在第二回合便被淘汰出局。塔矢亮對小光的實力大為失望，決意參加職業棋士考試。

暑假來臨，為了幫助佐為尋找下棋的對手，剛剛學會網絡圍棋的小光在網上化名為sai四處挑戰。他擊敗了眾多海外圍棋高手，使得sai的名聲一時間不脛而走。不久之後，國際業餘圍棋賽在日本舉行，參賽選手紛紛詢問網上神秘高手sai的真正身份，令賽場一片譁然。塔矢亮到場參觀比賽，並得知了sai的存在。他向sai發起了挑戰，卻驚奇的發現sai的手法與小光如出一轍。為了不影響比賽進行，塔矢亮果斷的中途投降，要求改日再戰。

職業棋士考試第一天，塔矢亮不惜放棄當天的比賽，如約與sai展開對局。他雖然全力以赴步步為營，卻無奈佐為的棋藝出神入化，結果再次告負。塔矢亮懷疑 sai的真實身份便是小光，又聽說曾有人在網吧見過小光，急忙趕去確認。正巧小光在瀏覽網頁，他矢口否認自己曾在網上下棋，暗示塔矢亮不要追逐佐為的幻象，並正式向其發出挑戰，但塔矢亮不屑而去。

小光在學校圍棋部棋力日漸增強。一天，他偶遇海王中學圍棋部會長岸本，岸本告訴小光，塔矢亮已經通過職業棋士考試，如果不奮起直追，永遠也無法超越對手。岸本的一席話驚醒了小光，為了提高棋藝，他決定參加日本棋院院生考試。然而，小光忘記了一旦成為院生便無法參加業餘比賽一事，激起了三谷的不滿。最後，在將棋部會長加賀的建議下，小光以一敵三，同時與加賀、筒井、三谷對局，結果2勝1負，充分展示了自身的實力。他告別了圍棋部，邁向新的起點。

院生考試當天，小光因為心情緊張，未能發揮出理想的水平。但主考老師得知他學習圍棋不過一年時間，對其進步之快十分吃驚，並從小光以一敵三的棋譜中發現他有過人的素質，故破格給予其合格。小光跟隨老師參觀院生的教室時，無意中透露塔矢亮曾經視自己為競爭對手，引起眾人的警覺。但很快，小光便和和谷、伊角等人結為了好友，融入了新環境之中。

此時，塔矢亮已經正式晉升為初段，他聽說小光成為院生，心中再次燃起昂揚鬥志，決定遠遠將小光拋在身後。在與王座的例行比賽中，他為向小光展現兩人之間的實力差距，面對實力高於自己的對手毫不畏懼，步步緊逼鋒芒畢露，令王座陷入苦戰。雖然最後不敵對手，但給眾人留下了深刻印象。

一年一度的幼獅戰即將到來，這是一場年輕棋士與院生之間的錦標賽。為了能與塔矢亮再次交鋒，身為院生二組最後一名的小光必須在三個月內晉升至一組16名。他加入和谷的老師森下九段的圍棋研習會，努力鑽研棋藝，但是在院生研修課上卻屢戰屢敗，名次徘徊不前。佐為提醒小光，在對局中不能畏首畏腳，必須勇往直前。小光克服了心理障礙，狀態漸入佳境，名次穩步上升，終於如願以償地獲得了幼獅戰的參賽資格。小光十分清楚，只有在第一輪比賽中出線，才能與塔矢亮對陣。在比賽中，他巧妙地化惡手為妙手，對手陷入苦戰。雖然棋差一招最後未能出線，但小光真切的感受到了自身的成長，塔矢亮也從殘局中發現，小光的實力已經今非昔比。

參加職業棋手考試，是院生們的第一目標，伊角、和谷等人在院生中名列前茅，可免試參加正式考試，但小光仍然要突破預賽這一難關。他由於過於緊張，在前兩場比賽中連續告負，但此後狀態逐漸恢復，最後一場比賽輪空不戰而勝，以3勝2負的成績通過預賽。和谷等人為幫助小光積累經驗，3人組隊前往各個圍棋會所挑戰，擊敗眾多業餘高手，令小光受益匪淺。

在正式考試中，小光恢復了往日的平靜，他沉著應戰，十幾輪比賽過後，戰績始終位居前列。然而職業棋手的名額只有三人，激烈的決戰在積分位於榜首的越智、伊角、和谷和小光四人之間展開。由於戰績保持不敗的伊角在比賽時無意犯規，小光違心地獲得了1分。伊角情緒低落，連輸2輪比賽，但在與越智的比賽中再度燃起鬥志，擊敗了對手，令局勢更加撲朔迷離。塔矢亮為了解小光的實力，協助越智展開特訓，不料小光在對局中奇兵突襲，打亂了越智的陣腳，大敗對手。最終，小光以優異的成績，出人意料地通過了職業棋手考試。

小光沒有想到，自己首場職業比賽的對手竟是塔矢亮，他懷著滿腔的期待來到賽場，不料由於塔矢名人急病臥床，塔矢亮未能參加比賽。小光前往醫院探望塔矢名人，為滿足佐為的心願，他請求名人和sai在網上一決勝負。名人答應了小光的挑戰，與佐為在網上展開了一場空且絕後的鏖戰。兩人棋逢對手，戰局難分高下，最後佐為棋高一著，以半目之差取勝，完成了心中的夙願。

佐為早已發現，自己在人間的時日已經無多，他沒有告訴小光，只是默默的守護著小光的成長。一天，小光突然發現，整日與自己形影不離的佐為失去了蹤影。他四處尋找佐為，追尋本因坊秀策的足跡踏遍了全國各地，卻依然沒有找到佐為的下落。小光茫然若失，決意不再下棋，每天等待著佐為的歸來。此時，伊角從中國棋院回到日本，前來探望小光，他再三要求與小光對局，終於打動了小光。小光手執棋子，剎那間不禁淚如泉湧，他突然明白了一切，原來佐為已經融入了自己的心中。為了佐為，也為了自己，他決心將自己的一生奉獻給圍棋。

小光回到闊別數月的職業棋壇，他意氣風發捷報頻傳，再次與塔矢亮交鋒。這一戰雖然依然告負，但塔矢亮從小光的身上，清楚地看見了佐為的身影。兩位天才少年終於冰釋前嫌，結為了畢生的競爭對手。