微生物計數的方法主要有兩大類，一類是非培養的原位計數法，一類是培養後的計數法。

非培養的原位計數法，將適當稀釋的菌懸液滴在細胞計數板上(2微升，需要體積準確)，在顯微鏡下，通過顯微鏡觀察計數板每個小格子裡的細胞數量，統計出計數板上所有的細胞量。再根據稀釋倍數和液滴的體積計算出原樣品中1毫升中含有多少細菌細胞。

細菌細胞培養後計數方法有兩種，一種是固體培養法(CFU)，另一種是液體培養法(MPN)。

CFU法是梯度稀釋培養法，將樣品進行10倍的梯度稀釋，通常環境樣品稀釋至10的-8次冪，細胞比較好的分散度。兩所有的稀釋樣品取100微升均勻塗布在預製好的固體培養基平板上(2-3個平行)，然後置於適當的溫度(一般是25-30°)培養過夜，觀察所有的平板菌落生長情況，分散均勻的基本就是一個菌落就是一個細胞形成的，計數菌落就是樣品中的細胞數量，計數平板選擇生長數量在100個菌落左右的平板比較準確。將平板菌落數×稀釋倍數就得到原環境細胞數量。

MPN是細胞絕跡稀釋法，將樣品進行10倍的梯度稀釋，稀釋程度適當增加3-5個梯度，即一般稀釋至10的-10至-12次冪。將每個稀釋液分別取100微升轉接入3個平行的液體培養基(3-5毫升)中，置於適當溫度(一般25-30°)，過夜培養。觀察所有的稀釋培養試管，記錄絕跡生長最後三個稀釋度的情況，查MPN統計表，將查表數值×稀釋梯度，獲得原樣品細菌細胞數量。

最後說明，非培養的計數方法，是包含活細胞和死細胞的全部細胞的計數方法，而培養的計數方法，則是活細胞的計數方法。其中CPU法比MPN法準確，MPN法更具有現場操作的便捷性，各有優缺點，根據需要靈魂選擇。

微生物計數方法：

血細胞計數法

將稀釋的菌液樣品滴在血細胞計數板上，在顯微鏡下計算4~5個中格的細菌數，並求出每個小格所含細菌的平均數，再以此為依據，估算總菌數。

①此法的缺點是不能區分死菌和活菌。

②對壓在小方格界線上的細菌，應當取平均值計數。

③此法可用於測定培養液中酵母菌種群數量的變化

稀釋塗布平板法

每個活細菌在適宜的培養基和良好的生長條件下可以通過生長形成菌落.培養基表面生長的一個菌落,來源於樣品稀釋液中的一個活菌.

①這一方法常用來統計樣品中活菌的數目

②統計的菌落數往往比活菌的實際數目低,原因是當兩個活多個細胞連在一起時,平板上觀察到的只是一個菌落.因此統計結果一般用菌落數而不是用活菌數來表示.

③土壤、水、牛奶、食品和其他材料中所含細菌、酵母、芽孢與孢子等的數量均可用此法測定.但不適於測定樣品中絲狀體微生物,例如放線菌或絲狀真菌或絲狀藍細菌等的營養體等.

④此法若不培養成菌落,可通過將一定量的菌液均勻地塗布在玻片上的一定面積上,經固定染色後在顯微鏡下計數,這樣又稱塗片計數法.染色可用臺盼藍,臺盼藍能使死細胞染成藍色,可分別計數死細胞和活細胞.

濾膜法

濾膜法是當樣品中菌數很低時,可將一定體積的湖水、海水或飲用水燈樣品通過膜過濾器.然後將濾膜乾燥、染色,並經處理使膜透明,再在顯微鏡下計算膜上（或一定面積上）的細菌數.

此法也可以通過培養觀察形成的菌落數來推算樣品中的菌數.例如測定飲用水中大腸桿菌的數目：將已知體積的水過濾後,將濾膜放在伊紅美藍培養基上培養.在該培養基上大腸桿菌的菌落呈現黑色,可根據培養基上黑色菌落的數目,計算出水樣中大腸桿菌的數目.

此法也是統計樣品中活菌的數目.

比濁法

在一定範圍內,菌是懸液中細胞濃度與混濁度成正比,即與光密度成正比,菌越多,光密度越大.因此可借助與分光光度計,在一定波長下,測定菌懸液的光密度,以光密度表示菌量.實驗測量時一定要控制在菌濃度與光密度成正比的線性範圍內,否則不準確.

顯微鏡直接計數法

在課本生物選修1生物技術實踐P22中“除了上述活菌計數法外,顯微鏡直接計數也是測定微生物數量的常用方法.”這裡說的顯微鏡直接計數,我認為應該是在稀釋塗布的基礎上不培養成菌落而通過染色的方法在顯微鏡下直接計數.再如濾膜法也一樣,可以有兩種情況.

另外,微生物計數法發展迅速,多種多樣的快速、簡易、自動化的儀器和裝置等方法可以用來統計微生物的數目

微生物計數：

病毒以外的微生物的計數。樣品中可測到總的(死的和活的)細胞數，稱為總細胞數，樣品中可測到的活的細胞數稱活細胞數。

總細胞數可用電子儀器或直接計數法測定。含有低細胞濃度的液體樣品。可以用膜過濾並在膜上對細胞染色，在顯微鏡下計數活細胞數的側定。可由:(1)在計數室內測定用活體染色劑染色的樣品，(2)稀釋平板法，(3)菌落計數，樣品中活細胞數目由接種了樣品的，發育在適合培養基上的菌落數目推定。培養基和(或)培養條件的選擇，可以極大地影響形成菌落的活細胞數。某些類型的細胞，趨向於叢生或鏈生，這些微生物的準確的活細胞計數不能用上述方法，可依據“單位體積菌落形成單位，(cotony-formingunit/ valwne)來計數。 上述方法，一般適用於大部分細菌和泡子計數，其中一些方法，’可用於某些藻類、真菌和原生動物。在顯微鏡下，計數迅速運動的原生動物，可以用粘性懸浮培養基，如2-5I甲基纖維素。降低它們的運動逮度。