主要和種子內的酶有關,適宜的溫度下酶的活性增強,這時如果再有適宜的水分和充足的空氣,細胞內的物質就會在酶的催化作用下發生反應。

溫度影響種子萌發的原因是多方面的。在溫度過低或過高的情況下，種子的一切生命活動都大大減弱。因為溫度過低會妨礙種子吸收水分；而溫度過高或過低時，還會降低酶的活性，從而妨礙種子進行旺盛的呼吸，進而妨礙種子裡有機物的轉化。因此，即使種子得到了充足的水分和空氣，如果溫度不適宜，還是不能萌發。

　　種子發芽必需要土壤、適宜的溫度、肥料，種子萌發時，首先是吸水。種子浸水後使種皮膨脹、軟化，可以使更多的氧透過種皮進入種子內部，同時二氧化碳透過種皮排出，裡面的物理狀態發生變化；其次是空氣，種子在萌發過程中所進行的一系列複雜的生命活動，只有種子不斷地進行呼吸，得到能量，才能保證生命活動的正常進行；最後是溫度，溫度過低，呼吸作用受到抑制，種子內部營養物質的分解和其它一系列生理活動，都需要在適宜的溫度下進行的。　　種子的萌發的外界條件，除了種子本身要具有健全的發芽力以及解除休眠期以外，也需要一定的環境條件，主要是充足的水分、適宜的溫度和足夠的氧氣。　　充足的水分　　休眠的種子含水量一般只佔乾重的10%左右。種子必須吸收足夠的水分才能啟動一系列酶的活動，開始萌發。不同種子萌發時吸水量不同。含蛋白質較多的種子如豆科的大豆、花生等吸水較多；而禾穀類種子如小麥、水稻等以含澱粉為主，吸水較少。一般種子吸水有一個臨界值，在此以下不能萌發。一般種子要吸收其本身重量的25%～50%或更多的水分才能萌發，例如水稻為40%，小麥為50%、棉花為52%，大豆為120%，豌豆為186%。種子萌發時吸水量的差異，是由種子所含成分不同而引起的。為滿足種子萌發時對水分的需要，農業生產中要適時播種，精耕細作，為種子萌發創造良好的吸水條件。　　適宜的溫度　　各類種子的萌發一般都有最低、最適和最高三個基點溫度。溫帶植物種子萌　　種子萌發和種子的休眠　　發，要求的溫度範圍比熱帶的低。如溫帶起源植物小麥萌發的三個基點溫度分別為：0～5℃， 25～31℃， 31～37℃；而熱帶起源的植物水稻的三基點則分別為10～13℃，25～35℃，38～40℃。還有許多植物種子在晝夜變動的溫度下比在恆溫條件下更易於萌發。例如小糠草種子在21℃下萌發率為53%，在28℃下也只有72%，但在晝夜溫度交替變動於28℃和21℃之間的情況下發芽率可達95%。種子萌發所要求的溫度還常因其他環境條件（如水分）不同而有差異，幼根和幼芽生長的最適溫度也不相同。　　不同植物種子萌發都有一定的最適溫度。高於或低於最適溫度，萌發都受影響。超過最適溫度到一定限度時，只有一部分種子能萌發，這一時期的溫度叫最高溫度；低於最適溫度時，種子萌發逐漸緩慢，到一定限度時只有一小部分勉強發芽，這一時期的溫度叫最低溫度。了解種子萌發的最適溫度以後，可以結合植物體的生長和發育特性，選擇適當季節播種。　　足夠的氧氣　　種子吸水後呼吸作用增強，需氧量加大。一般作物種子要求其周圍空氣中含氧量在10%以上才能正常萌發。也叫含油種子，如大豆、花生等的種子萌發時需氧更多。空氣含氧量在5%以下時大多數種子不能萌發。土壤水分過多或土面板結使土壤空隙減少，通氣不良，均會降低土壤空氣的氧含量，影響種子萌發。　　充足的Sunny(少數植物)　　一般種子萌發和光線關系不大，無論在黑暗或光照條件下都能正常進行，但有少數植物的種子，需要在有光的條件下，才能萌發良好，如黃榕、菸草和萵苣的種子在無光條件下不能萌發。這類種子叫需光種子。有些植物如早熟禾、月見草屬的Oenothera bicnusis和毛蕊花等的種子在有光條件下萌發得好些。還有一些百合科植物和洋蔥、番茄、曼陀羅的種子萌發則為光所抑制，這類種子稱為嫌光種子。需光種子一般很小，貯藏物很少，只有在土面有光條件下萌發，才能保證幼苗很快出土行光合作用，不致因養料耗盡而死亡。嫌光種子則相反，因為不能在土表有光處萌發，避免了幼苗因表土水分不足而乾死。此外還有些植物如萵苣的種子萌發有光周期現象。