1、傳導原理不同
光學內窺鏡內部結構為物理光學系統，目鏡由光學透鏡、鏡管內部由柱狀光學透鏡、或半軟/軟性光學纖維，以光學的物理原理組成。整條光學內窺鏡傳導的是光。
電子內窺鏡內部結構為電路系統，目鏡為微型攝像頭芯片，鏡管內部為信號電線，通過目鏡攝像頭芯片採集圖像信號，信號通過鏡管電線傳遞，從鏡子尾端傳出到攝像主機。整條電子內窺鏡傳導的是電信號。
2、組成結構不同
光學內窺鏡由光學成像系統和照明系統組成。光學成像系統由物鏡、轉像系統、目鏡系統三大系統組成，照明系統為光學纖維束。被觀察物經物鏡所成的圖像，通過轉像系統傳輸到目鏡，再由目鏡或者目鏡外接攝像系統放大用於觀察。照明部分採用冷光源用光導纖維的方法，為了傳送清晰圖像, 有效不鏽鋼插入部分內設計為若干光學元件的轉像透鏡系統，將內部的物象通過光的傳輸，沒有失真的傳到檢測者的眼睛，所以光學內窺鏡成像非常的保真，清晰度最高的。
光學內窺鏡包含：光學硬管鏡，光學半硬鏡，光學軟鏡。
電子內窺鏡不通過光學鏡頭導像，也不通過光纖傳像，而是通過內窺鏡前端的電荷耦合元件(CCD)或者互補金屬氧化物半導體(CMOS)作為圖像傳感器，將光信號轉變為電信號，再經由圖像處理器處理後在監視器上獲取出色彩真實、高清晰的畫面。電子內窺鏡的外徑更細，圖像顯示清晰度高，照明亮度強。電子內窺鏡系統主要由光源、圖像處理器、監視器、電子內鏡及附件組成。電子內窺鏡在監視器上進行圖像顯示，特點在於亮度高、壽命長，探頭可彎曲，能夠任意改變觀測方向，圖像清晰，便於觀察，方便圖像數據的保存和後期處理。
電子內窺鏡包含：電子硬鏡，電子軟鏡。
3、應用不同
醫用光學硬鏡主要包括：
口腔科：牙內窺鏡
耳鼻喉頸科：耳鏡、鼻竇鏡、喉鏡、甲狀腺鏡
神經科：腦室鏡、神經內鏡
消化科：食道鏡、直腸鏡
外科：腹腔鏡、胸腔鏡、縱膈鏡、膽道鏡
泌尿科：膀胱鏡、電切鏡、經皮腎鏡
婦科：宮腔鏡
骨科：關節鏡、椎間孔鏡、椎間盤鏡
其他：3D內窺鏡
醫用電子內窺鏡主要包括：
消化科：電子食道鏡、超聲電子食道鏡、電子胃鏡、超聲電子胃鏡、電子腸鏡（十二指腸、小腸、結腸）
呼吸科：電子鼻咽鏡、電子支氣管鏡
外科：電子腹腔鏡、電子膽道鏡
泌尿科：電子輸尿管鏡
其他：膠囊內窺鏡、3D電子鏡
1、傳導原理不同
光學內窺鏡內部結構為物理光學系統，目鏡由光學透鏡、鏡管內部由柱狀光學透鏡、或半軟/軟性光學纖維，以光學的物理原理組成。整條光學內窺鏡傳導的是光。
電子內窺鏡內部結構為電路系統，目鏡為微型攝像頭芯片，鏡管內部為信號電線，通過目鏡攝像頭芯片採集圖像信號，信號通過鏡管電線傳遞，從鏡子尾端傳出到攝像主機。整條電子內窺鏡傳導的是電信號。
2、組成結構不同
光學內窺鏡由光學成像系統和照明系統組成。光學成像系統由物鏡、轉像系統、目鏡系統三大系統組成，照明系統為光學纖維束。被觀察物經物鏡所成的圖像，通過轉像系統傳輸到目鏡，再由目鏡或者目鏡外接攝像系統放大用於觀察。照明部分採用冷光源用光導纖維的方法，為了傳送清晰圖像, 有效不鏽鋼插入部分內設計為若干光學元件的轉像透鏡系統，將內部的物象通過光的傳輸，沒有失真的傳到檢測者的眼睛，所以光學內窺鏡成像非常的保真，清晰度最高的。
光學內窺鏡包含：光學硬管鏡，光學半硬鏡，光學軟鏡。
電子內窺鏡不通過光學鏡頭導像，也不通過光纖傳像，而是通過內窺鏡前端的電荷耦合元件(CCD)或者互補金屬氧化物半導體(CMOS)作為圖像傳感器，將光信號轉變為電信號，再經由圖像處理器處理後在監視器上獲取出色彩真實、高清晰的畫面。電子內窺鏡的外徑更細，圖像顯示清晰度高，照明亮度強。電子內窺鏡系統主要由光源、圖像處理器、監視器、電子內鏡及附件組成。電子內窺鏡在監視器上進行圖像顯示，特點在於亮度高、壽命長，探頭可彎曲，能夠任意改變觀測方向，圖像清晰，便於觀察，方便圖像數據的保存和後期處理。
電子內窺鏡包含：電子硬鏡，電子軟鏡。
3、應用不同
醫用光學硬鏡主要包括：
口腔科：牙內窺鏡
耳鼻喉頸科：耳鏡、鼻竇鏡、喉鏡、甲狀腺鏡
神經科：腦室鏡、神經內鏡
消化科：食道鏡、直腸鏡
外科：腹腔鏡、胸腔鏡、縱膈鏡、膽道鏡
泌尿科：膀胱鏡、電切鏡、經皮腎鏡
婦科：宮腔鏡
骨科：關節鏡、椎間孔鏡、椎間盤鏡
其他：3D內窺鏡
醫用電子內窺鏡主要包括：
消化科：電子食道鏡、超聲電子食道鏡、電子胃鏡、超聲電子胃鏡、電子腸鏡（十二指腸、小腸、結腸）
呼吸科：電子鼻咽鏡、電子支氣管鏡
外科：電子腹腔鏡、電子膽道鏡
泌尿科：電子輸尿管鏡
其他：膠囊內窺鏡、3D電子鏡